個(gè)人學(xué)習(xí)記錄：建樹(shù)流程2——Bayes建樹(shù)前模型選擇（Mrmodeltest2的使用）
2023.12.8加筆置頂
替代模型是一樣的，不同軟件可能基于的標(biāo)準(zhǔn)不同，大多都是AIC標(biāo)準(zhǔn)，但是MEGA好像就不是。所以最佳模型是根據(jù)序列得到的，不是說(shuō)換個(gè)軟件就不同了，沒(méi)有說(shuō)貝葉斯要用的模型就必須是MrModeltest得到的。
核算替代模型和氨基酸替代模型都推薦使用?Modelfinder，操作簡(jiǎn)單不用幾個(gè)軟件反復(fù)搗騰，好用的軟件層出不窮，說(shuō)不定還會(huì)有更簡(jiǎn)單的一鍵式軟件出現(xiàn)。
下面的基本上不用看了，都已經(jīng)是歷史了，用處不大。
用MEGA將fas文件轉(zhuǎn)換為PAUP的分析文件：
分析好的序列點(diǎn)進(jìn)去
點(diǎn)保存，保存為PAUP? 4.0的格式，保存到本地就行了。
2.下載MrModeltest2 （https://github.com/nylander/MrModeltest2）
直接打包下載到本地，解壓使用，找到他的執(zhí)行文件。
作者讓你改名字，按照他說(shuō)的來(lái)就好，我懶，改成了mt2.exe。（改成什么，之后運(yùn)行的時(shí)候輸入的命令就是什么，相當(dāng)于重命名命令的名字）
doc文件夾里有個(gè)MrModelblock文件，看一眼，右面要用到。
2.下載使用PAUP完成scores文件的輸出
下載安裝PAUP（window版本：http://phylosolutions.com/paup-test/paup4-setup.msi）
打開(kāi)PAUP，把剛剛保存的? .nexus文件拖入打開(kāi)，把上面那個(gè)MrModelblock文件也拖進(jìn)去，在Output Display的框下輸入命令載入。
輸入exe?MrModelblock ，回車(chē)運(yùn)行。運(yùn)行結(jié)果輸出文件mrmodel.scores
出現(xiàn)如下報(bào)錯(cuò)，可以先檢查一下序列數(shù)據(jù)是否有成功導(dǎo)入，有的時(shí)候序列命名不規(guī)范可能導(dǎo)致數(shù)據(jù)導(dǎo)入失敗。
3.使用Mrmodeltest2來(lái)分析模型的選擇。
將mrmodel.scores復(fù)制到Mrmodeltest2執(zhí)行文件所在目錄
打開(kāi)命令提示符，cd? 到該目錄下，然后輸入執(zhí)行命令行mrmodeltest2 < mrmodel.scores > out
這個(gè)命令的第一部分是?mrmodeltest2_32bit.exe 這個(gè)執(zhí)行文件我起名為 mt2.exe 所以使用mt2調(diào)用，< mrmodel.scores >表示分析對(duì)象是之前我們用paup得到的那個(gè)文件，后面跟輸出文件名，建議起名為.txt 格式文件方便查看。
可以打開(kāi)查看一下
22.8.6 補(bǔ)充奇怪的bug示例
PAUP應(yīng)該是對(duì)序列根據(jù)各模型的計(jì)算打分，這里需要注意的一點(diǎn)是，生成的mrmodel.scores文件里不同的版本可能對(duì)模型的描述略有偏差，較新的MrModeltest能夠識(shí)別，但是稍微舊一些的版本可能無(wú)法識(shí)別，導(dǎo)致輸入指令后并沒(méi)有顯示已經(jīng)完成，并輸出一個(gè)空的文件。不過(guò)這個(gè)不能識(shí)別的解釋只是推測(cè)，總之使用最新的版本就不會(huì)遇到這種情況（大概）。
如果mrmodel.scores文件為空或數(shù)據(jù)不全，輸出的文件里會(huì)提示你不全或有問(wèn)題。
這兩種情況在命令框里都會(huì)直接換行，正常情況會(huì)返回program is done
