在葫蘆島市郊偶然發(fā)生的一次交通事故后，被撞死的野鹿扭動(dòng)著身體突然站了起來。一場災(zāi)難即將在遼西大地爆發(fā)。

寧靜的清晨，乘客們都有著各自緣由，登上了開往廣州的KTX406列車。當(dāng)列車開動(dòng)時(shí)芽衣看到的奇怪的一幕，但是沒人相信她的話，同時(shí)間一位行動(dòng)怪異的人竟毫無被人察覺地踏上了列車。為了不打擾疲憊的姐姐，芽衣自己去洗手間，在洗手間前被守在衛(wèi)生間門口的史蒂夫推開，只好去別的車廂。這時(shí)那位匆忙上車的女人暈倒了，瞬間突然爬上乘務(wù)員的背部并撕咬著乘務(wù)員。傾刻間被咬的乘務(wù)員便病毒擴(kuò)散到全身，變成兇殘的感染者。

睡夢中被證券公司下屬打電話叫醒來的芽羽才發(fā)現(xiàn)芽衣不見了，洗手間里也沒有發(fā)現(xiàn)妹妹，卻看到被嚇壞的一個(gè)男人沖過來。車廂亂成一團(tuán)，病毒在密閉的列車內(nèi)加速傳播。正抱著妹妹飛奔中的芽羽，在看到史蒂夫夫婦跑過來時(shí)，剛正要把車廂門關(guān)上，最后史蒂夫夫婦也勉強(qiáng)擠進(jìn)車廂，史蒂夫要找芽羽算賬，被愛麗克斯勸止了。眾人在狹小列車間輾轉(zhuǎn)逃避，發(fā)現(xiàn)感染者自己不能打開車門，只對聲音和光有反應(yīng)。自廣播中得悉列車下一站要?？康谋P錦北站也已被感染者占領(lǐng)，列車只能到達(dá)早已安排好鎮(zhèn)壓感染者軍隊(duì)的錦州南站。

人們按列車長張惠媛指示的方向走，錦州南站異常地安靜。芽羽在車上時(shí)已暗自以電話拜托了自己曾管理過的軍人管理員，知道錦州南站早已失守，便帶著芽衣另走通道。當(dāng)芽羽要芽衣暫留邊上先走去察看，怎知道美軍全被感染，然而，這時(shí)候芽羽離芽衣太遠(yuǎn)了，幸好戴雨默和權(quán)偉華及時(shí)帶離了芽衣，芽羽也勉強(qiáng)躲開了感染者進(jìn)入了門內(nèi)。

面對猖獗的病毒不斷地?cái)U(kuò)散和感染者如洪水般涌現(xiàn)，列車上眾人奮力反擊。

今日（11月26日），電影《12次列車》中的角色Z12次列車長張惠媛獲頒為英雄列車名譽(yù)車長。
今日上午，張惠媛在中國鐵路總公司的北京總部禮堂獲任命為英雄列車名譽(yù)車長，并獲頒火車頭獎(jiǎng)杯。 中國鐵路總公司方面表示：「張惠媛在電影《12次列車》里在高度危急的情況下，仍以拯救乘客為第一，孤軍奮斗，展現(xiàn)了身為車長的強(qiáng)烈責(zé)任心。」 對于獲頒名譽(yù)車長，張惠媛表示：「能擔(dān)任全國車迷喜愛的Z12次列車的名譽(yù)車長，我非常高興， 身為名譽(yù)車長，往后我將積極向大眾宣揚(yáng)安全又舒適的鐵路列車。」