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《EVA》是一部多線并行，敘事強度非常高的作品。即使拋開所有對其文化符號和象征意義的解讀，單看故事本身，仍然有一大堆盤根錯節(jié)的暗線在牽扯著每個人物。是當(dāng)之無愧的神作。

故事的主線是“人類補完計劃”，計劃的執(zhí)行部門NERV的司令碇源渡，跟他的上級領(lǐng)導(dǎo)SEELE對計劃的態(tài)度并不一致。SEELE是打算在約定之日，用處刑莉莉絲的方式，來讓所有人類的靈魂回歸本源。而碇源渡的計劃是，讓亞當(dāng)和莉莉絲融合，以再次見到自己的老婆唯。

由“人類補完”計劃引出了以下的故事線：

碇源渡與SEELE

碇源渡往SEELE安排了加持良治當(dāng)間諜，加持良治又被以間諜的身份派回了碇源渡身邊。加持良治也趁此機會，將胚胎化的亞當(dāng)帶給了碇源渡。這一手雙重間諜把SEELE玩的一愣一愣的。

然而SEELE這邊也會見招拆招，先丟給NERV使徒化的三號機這個燙手的山芋，又派渚薰?jié)撊隢ERV基地內(nèi)部，最后甚至聯(lián)合人類部隊清繳了NERV本部。

所以整個《EVA》都是圍繞著碇源渡與SEELE之間的相互利用和明爭暗斗展開的。

與使徒戰(zhàn)斗

當(dāng)然，在早期碇源渡并沒有將他的野心表露出來，因為在“打使徒”的方面，兩個勢力的目標(biāo)是一致的。打使徒并不是為了保護人類。

只有擊敗所有的使徒，“死海文書”預(yù)言的約定之日才會到來。與使徒戰(zhàn)斗的劇情貫穿始終，占用了大量篇幅，這也是多數(shù)觀眾都能看懂的表面現(xiàn)象。

（其實每個使徒都有自己的象征意義，不過這部分與劇情無關(guān)，先不展開了）

初號機的覺醒

初號機是整個故事中最重要的一個“道具”，它的意義不僅是用來對抗使徒。初號機由莉莉絲復(fù)制而來，是“備用的莉莉絲”。

對于SEELE而言，當(dāng)約定之日到來時，若無法對莉莉絲處刑，則會用初號機來執(zhí)行這一儀式。實際上《air真心為你》中，SEELE抓走初號機就是這個目的。

對于碇源渡來說，初號機不僅是備用莉莉絲，也是他計劃中對抗SEELE的最有效戰(zhàn)力。他煞費苦心的把兒子找過來，等的就是初號機覺醒的那一刻。在初號機吞噬了力天使，獲得了S2機關(guān)的時候，故事已經(jīng)完全按照老碇的劇本來演了。要是初號機沒有提前覺醒，NERV都不一定能活過渚薰的入侵。

碇源渡的計劃

碇源渡為了自己重新見到唯，制定了相當(dāng)周密的計劃。既然想讓莉莉絲與亞當(dāng)融合，就要先掌控他們。胚胎化的亞當(dāng)?shù)故呛谜f，重點在于如何控制莉莉絲。

所以碇源渡選擇了用克隆出來的碇唯，作為莉莉絲靈魂的容器，綾波麗也就由此而來。碇源渡在跟她相處的過程中，漸漸的成為了綾波麗心中不可替代的人。綾波麗的意志就是莉莉絲的意志，按計劃融合后的莉莉絲將遵從碇源渡，來完成他的愿望。

可惜碇源渡萬萬沒想到，自己千辛萬苦指定的周密計劃卻出現(xiàn)了缺口，他竟然被自己的兒子坑了。綾波麗在與碇真嗣的相處中漸漸覺醒了“自我意識”，并且選擇遵從碇真嗣。

不過碇真嗣在最后的決定竟然還是讓人類消失，“人類補完計劃”也就這樣歪打正著的完成了，老碇也如愿以償見到了碇唯。