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MS軟件模塊翻譯-分析GULP結(jié)果顯示軌跡和圖表數(shù)據(jù)

2023-06-13 17:11 作者:邱新龍分子模擬小破屋  | 我要投稿

當(dāng)作業(yè)已完成并且所有輸出文件已成功下載到合適的結(jié)果文件夾時(shí),可以開(kāi)始分析GULP結(jié)果。

注意:從通過(guò)網(wǎng)關(guān)在服務(wù)器上運(yùn)行的已完成GULP作業(yè)成功下載輸出文件后,結(jié)構(gòu)和/或力場(chǎng)庫(kù)將自動(dòng)更新,同時(shí)創(chuàng)建軌跡文件(如果適用)。對(duì)于在獨(dú)立模式下運(yùn)行的作業(yè),這種情況不會(huì)自動(dòng)發(fā)生。所有其他分析功能必須使用GULP分析對(duì)話(huà)框上的控件手動(dòng)執(zhí)行。



顯示軌跡和圖表數(shù)據(jù)

根據(jù)執(zhí)行的計(jì)算類(lèi)型,GULP運(yùn)行可能會(huì)生成軌跡文檔和一個(gè)或多個(gè)圖表文檔。這些文檔彼此之間有著特殊的關(guān)聯(lián),因?yàn)閳D上的每個(gè)點(diǎn)都對(duì)應(yīng)于軌跡中的一個(gè)幀。

無(wú)論何時(shí)運(yùn)行幾何優(yōu)化或動(dòng)力學(xué)計(jì)算,GULP都會(huì)生成軌跡(.xtd)文件。在所有情況下,優(yōu)化的歷史記錄都會(huì)在一個(gè)名為[seedname(計(jì)算命名時(shí)的文件名)].xtd的文件中返回。

當(dāng)您運(yùn)行幾何優(yōu)化時(shí),會(huì)生成兩個(gè)圖表文檔:

l [seedname]Energies.xcd-包含總能量與優(yōu)化步驟的關(guān)系圖

l [seedname]Convergence.xcd-包括以對(duì)數(shù)尺度顯示,總能量變化和梯度與優(yōu)化步驟的關(guān)系(還顯示了幾何優(yōu)化運(yùn)行的收斂標(biāo)準(zhǔn))


當(dāng)你運(yùn)行分子動(dòng)力學(xué)模擬時(shí),會(huì)生成三個(gè)或四個(gè)圖表文件(取決于模型的維度):

l [seedname]Constant.xcd-包含運(yùn)動(dòng)常數(shù)與模擬時(shí)間的關(guān)系圖。

l 運(yùn)動(dòng)常數(shù)的性質(zhì)取決于所使用的系綜,在最簡(jiǎn)單的NVE情況下,它只是總能量。更復(fù)雜的組合將恒溫器和氣壓計(jì)的貢獻(xiàn)添加到總能量中,以構(gòu)成運(yùn)動(dòng)常數(shù)。

l [seedname]Energy.xcd-包含動(dòng)能和勢(shì)能與模擬時(shí)間的關(guān)系圖

l [seedname]Temperature.xcd-包含溫度與模擬時(shí)間之間的關(guān)系圖

l [seedname]Pressure.xcd-包括壓力與模擬時(shí)間之關(guān)系圖(僅適用于3D周期性結(jié)構(gòu))


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