免疫治療反應(yīng)和藥敏性分析現(xiàn)在已經(jīng)成為腫瘤相關(guān)生信的固定內(nèi)容了，免疫治療反應(yīng)分析一般會用到免疫治療隊列或者一些免疫相關(guān)評分（比如TIDE、IPS），化療藥敏性分析會相對簡單一些，通常會用到一些數(shù)據(jù)庫（ps：化療藥敏性分析有各種數(shù)據(jù)庫的支持，分析門檻低一些，所以生信文章中做化療藥敏性分析的比較普遍，而免疫治療反應(yīng)預(yù)測會相對少一些）

那生信里常用的藥敏性分析數(shù)據(jù)庫都有哪些呢？

看完小云的數(shù)據(jù)庫匯總就知道啦~?~

p?GDSC數(shù)據(jù)庫

數(shù)據(jù)庫簡介：藥物敏感性基因組學(xué)項目(GDSC)是關(guān)于癌癥細(xì)胞藥物敏感性和藥物反應(yīng)分子標(biāo)記的數(shù)據(jù)庫，GDSC提供了一個獨特的資源，結(jié)合了藥物敏感性和基因組數(shù)據(jù)集，以促進(jìn)發(fā)現(xiàn)新的治療生物標(biāo)志物的癌癥治療。該數(shù)據(jù)庫中的癌基因組突變信息包括癌基因點突變、基因擴增與丟失、組織類型以及表達(dá)譜等，數(shù)據(jù)庫已經(jīng)對1000 種人類癌細(xì)胞系進(jìn)行了表征，并用100 多種化合物對其進(jìn)行了篩選。GDSC是個開源、免費的在線數(shù)據(jù)庫，網(wǎng)址為https://www.cancerrxgene.org/

p?Cell Miner數(shù)據(jù)庫

n?數(shù)據(jù)庫簡介：CellMiner數(shù)據(jù)庫，主要是通過國家癌癥研究所癌癥研究中心(NCI)所列出的60種癌細(xì)胞為基礎(chǔ)而建立的。NCI-60細(xì)胞系是目前使用最廣泛的用于抗癌藥物測試的癌細(xì)胞樣本群。CellMiner是一個免費的在線工具，為廣泛研究的?NCI-60 癌細(xì)胞組的分子和藥理學(xué)特征數(shù)據(jù)提供一站式資源，包括DNA、RNA、蛋白質(zhì)和藥理學(xué)水平的多種分子特征。網(wǎng)址為https://discover.nci.nih.gov/cellminer/home.do?

p?CTRP數(shù)據(jù)庫

n?數(shù)據(jù)庫簡介：癌癥治療反應(yīng)門戶（The Cancer Therapeutics Response Portal，CTRP)將癌癥細(xì)胞系的遺傳、譜系和其他細(xì)胞特征與小分子敏感性聯(lián)系起來，目的是加速發(fā)現(xiàn)與患者匹配的癌癥治療方法。數(shù)據(jù)庫生成了一個由?481 個小分子探針和藥物組成的“Informer Set”，它們選擇性地靶向細(xì)胞通路中的不同節(jié)點，并共同調(diào)節(jié)廣泛的細(xì)胞過程，定量測量了 860 種深度表征的癌細(xì)胞系對 Informer Set 化合物的敏感性，并進(jìn)行了將敏感性與癌癥特征聯(lián)系起來的分析，包括突變、基因表達(dá)、拷貝數(shù)變異和譜系。網(wǎng)址為http://portals.broadinstitute.org/ctrp/?

p?CMAP數(shù)據(jù)庫??

n?數(shù)據(jù)庫簡介：Connectivity map (簡稱CMAP)，是由Broad研究所開發(fā)建構(gòu)，該數(shù)據(jù)庫基于164種藥物/小分子化合物和過表達(dá)或基因敲除工具處理的細(xì)胞表達(dá)譜數(shù)據(jù)，借助L1000分析平臺，探討藥物/小分子化合物、基因和疾病狀態(tài)之間的交互網(wǎng)絡(luò)關(guān)系。實際應(yīng)用中，可將差異表達(dá)基因列表上傳cMap與數(shù)據(jù)庫參考基因集比對，根據(jù)差異表達(dá)基因在參考基因集富集情況獲得相關(guān)性分?jǐn)?shù)，數(shù)值在-100~100之間，正數(shù)表示差異表達(dá)基因與參考基因集正相關(guān)，負(fù)數(shù)差異表達(dá)基因與參考基因集負(fù)相關(guān)。網(wǎng)址為：https://clue.io/?

p?GSCALite在線分析平臺

n?數(shù)據(jù)庫簡介：GSCALite 是一個基于web的基因集癌癥分析平臺。GSCALite整合了來自TCGA 的 33 種癌癥類型的癌癥基因組學(xué)數(shù)據(jù)、來自GDSC 和 CTRP的 藥物反應(yīng)數(shù)據(jù)以及來自GTEx的正常組織數(shù)據(jù)，用于基因集分析的一體化數(shù)據(jù)分析工作流程。分析完成后，用戶可以將所有結(jié)果和數(shù)據(jù)下載為交互式 HTML 報告。網(wǎng)址為http://bioinfo.life.hust.edu.cn/web/GSCALite/?（ps：GDSC、CTRP、CAMP等數(shù)據(jù)在生信分析中通常會被下載下來，再用R包分析。但這個在線平臺是整合上面多個數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)，可以直接零代碼在線完成各種藥敏性分析，非常好用哦）

p?Drug Bank數(shù)據(jù)庫

n?數(shù)據(jù)庫簡介：DrugBank 是一個全面的、免費訪問的在線數(shù)據(jù)庫，包含有關(guān)藥物和藥物靶點的信息。將詳細(xì)的藥物（即化學(xué)、藥理學(xué)和藥學(xué)）數(shù)據(jù)與全面的藥物靶點（即序列、結(jié)構(gòu)和途徑）信息相結(jié)合，結(jié)果都是有實驗驗證過的，真實可靠的生物信息學(xué)和化學(xué)信息學(xué)數(shù)據(jù)庫。網(wǎng)址：https://go.drugbank.com/?

p?結(jié)語

看完小云分享的6個數(shù)據(jù)庫，你對藥敏性分析心中有數(shù)了嗎？簡單來說，如果想用R包分析，可以下載GDSC、CTRP、CAMP等多個數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)來綜合分析，比較適合生信分析熟手；如果想用更簡單的方法，推薦使用GSCALite在線分析平臺，直接分析出圖，操作更簡單，更適合新手小白！