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R語言帶你探索單細胞表型信息

2023-08-02 09:12 作者:小云愛生信  | 我要投稿

爾云間? 一個專門做科研的團隊

原創(chuàng)?小果?生信果

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今天,小果要帶大家繼續(xù)探索單細胞測序相關(guān)R包的學習。之前為我們學習了scRNAseq包的安裝和簡單使用,那你知道如何使用它們并展示每個細胞基本的表型信息嗎。那就和小果一起來看一下吧!


1、scRNAseq包中有哪些數(shù)據(jù)?

首先,scRNAseq包中存放的是人類單細胞細胞,并將其分為四類細胞,這四類細胞分別是:

1.?neural progenitor cell (由pluripotent stem cells分化而成)

2.?GW16

3.?GW21

4.?GW21+3 (孕期細胞)

如果想要深入了解這些R包,同學們可以自行查閱資料了解,但如果是偏技術(shù)開發(fā)的同學也可以跳過這一部分的介紹哦,我們直接進入下面的正題。那就和小果一起來看一下吧!


2、數(shù)據(jù)載入

接下來,小果帶大家一起通過scRNAseq包來導入數(shù)據(jù)。

現(xiàn)在讓我們一起看一下導入后的數(shù)據(jù)矩陣吧!


3、數(shù)據(jù)的表型信息

在上面的描述中提到,scRNAseq包中將人類單細胞分為四大類細胞,本次實驗的數(shù)據(jù)集來自130個數(shù)據(jù)庫,其中每個細胞的測序深度均不同,那么我們怎么能直觀的看到每個細胞的具體統(tǒng)計指標呢?接下來小果用ggplot中的箱線圖來給大家展示一下!

注意啦!最后可視化的plot_grid()函數(shù)來自cowplot包哦,同學們需要提前下載并導入哦,不然最后一定會報錯!

現(xiàn)在讓我們一起看看結(jié)果吧:


o 需要注意的小問題:



小果在一開始進行可視化的時候,系統(tǒng)報錯:

因為想到同學們也可能和小果犯同樣的錯誤,所以小果在這里先給大家做個預(yù)防!

其實這不是什么很大的問題,如果經(jīng)常用R工具包畫圖,就可能會報這樣的錯誤哦,所以只要為我們把后臺的圖片緩存進行清理即可解決!


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