菜鳥(niǎo)博士

Pymol學(xué)習(xí)筆記（一）：軟件安裝

Pymol是一款用python編寫(xiě)的蛋白質(zhì)高級(jí)結(jié)構(gòu)分析軟件。這個(gè)軟件功能十分強(qiáng)大，可以對(duì)于pdb格式的蛋白質(zhì)文件進(jìn)行一些基本處理?？梢阅M一些蛋白質(zhì)和其他小分子的互作狀態(tài)，可以測(cè)試蛋白質(zhì)點(diǎn)突變之后對(duì)于整個(gè)結(jié)構(gòu)的影響，還可以繪制一些需要的“概念圖”用于組會(huì)匯報(bào)或者論文撰寫(xiě)?？傊且粋€(gè)十分有力的工具，這里我就分享一下我的學(xué)習(xí)筆記。

1.anaconda安裝

如果你電腦上仍舊未安裝python，則可以用anaconda進(jìn)行安裝，可以解決很多手動(dòng)安裝中的麻煩。

anaconda官網(wǎng)：https://www.anaconda.com/

anaconda是一款商業(yè)化極強(qiáng)的軟件，但是仍舊有免費(fèi)科研用版本，可以在如圖位置下載。

anaconda的個(gè)人版本是免費(fèi)開(kāi)源的

在這個(gè)界面的最下面就可以根據(jù)自己電腦的系統(tǒng)選擇不同的版本。

anaconda支持三個(gè)主流系統(tǒng)

anaconda會(huì)幫助你安裝目前python作者認(rèn)為最好的python版本，并且裝載了很多預(yù)裝軟件，比如次次安裝需要用到的pip，如果后續(xù)步驟找不不到pip了，建議重裝anaconda。直接用就可以啦。并且anaconda還會(huì)自動(dòng)裝載Jupyter和Spyder，兩個(gè)輕量化的、功能足夠用的IDE。

2. 安裝pymol

pymol官方網(wǎng)址：https://www.pymol.org/pymol.html?

pymol是一款商業(yè)開(kāi)發(fā)軟件，但是其仍舊有著用于學(xué)術(shù)的免費(fèi)開(kāi)源版本，被作者放在了github上（https://github.com/schrodinger/pymol-open-source）。這種開(kāi)源的python拓展工具包可以到加州大學(xué)歐文分校 Christoph Gohlke實(shí)驗(yàn)室做的一個(gè)非官方python拓展工具下載網(wǎng)站（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/）下載。

python拓展工具下載網(wǎng)址

由于pymol是極其依賴于python環(huán)境的，所以我們要下載和自己電腦安裝的python版本相符合的版本。在電腦命令行中輸入python查看電腦安裝的python版本。

我的電腦安裝的是python3.8

在剛剛的網(wǎng)站中找到合適自己python版本的whl文件，下載到本地即可。

如前所說(shuō)，只有官方付費(fèi)版才有最新最全的使用文檔。PyMOLWiki是一個(gè)學(xué)習(xí)的地方，還有比較老的（2004）用戶手冊(cè)可以在這找到

PyMOL Users Manualpymol.sourceforge.net/newman/user/toc.htmlpymol.sourceforge.net/newman/user/toc.html

如果這個(gè)打不開(kāi)的話，pdf版的可以在下面鏈接找到。

pymol 知道多少？pymol技巧匯總（內(nèi)附PDF手冊(cè)）blog.sciencenet.cn/blog-355217-279196.htmlblog.sciencenet.cn/blog-355217-279196.html

軟件分為2.5.0版本和2.4.0版本，都可以的，cp后面的值對(duì)應(yīng)著python版本

在D:\ProgramData\Anaconda3文件中新建了一個(gè)pymol文件夾，將下載好的whl文件拷貝進(jìn)入這個(gè)地址。

1.通過(guò)網(wǎng)址下載Pymol的wheel文件以及必須的wheel文件

（https://www.lfd.uci.edu/~gohlke/pythonlibs/#pymol-open-source）

2.將下載好的三個(gè)文件放在一個(gè)英文路徑下的文件夾中，在目錄下進(jìn)入cmd界面，依次輸入：

C:\Python27\python.exe -m pip install C:/pymol/numpy-1.16.6+mkl-cp27-cp27m-win_amd64.whl

出現(xiàn)successfully installed字樣說(shuō)明安裝成功

3. 本地安裝

在下載了.whl安裝文件的文件夾中，shift+鼠標(biāo)右鍵，打開(kāi)Powershell窗口。命令行輸入“pip install pmw”。如果執(zhí)行不成功，建議檢查網(wǎng)絡(luò)連接或者直接在任何一個(gè)cmd窗口中輸入這條指令。

接著輸入“pip install pymol-2.4.0a0-cp38-cp38m-win_amd64.whl”（這里是文件名字）。執(zhí)行結(jié)束，即安裝完成。

最后建議創(chuàng)建一個(gè)快捷方式，形成桌面圖標(biāo)。在Anaconda3\Scripts文件夾中找到pymol.exe執(zhí)行文件，并創(chuàng)建快捷方式。如果不想讓桌面太亂，打開(kāi)軟件只需要在cmd中輸入pymol指令即可。

打開(kāi)軟件的指令

軟件的首頁(yè)界面

如果出現(xiàn)了上述的可視化界面，就說(shuō)明軟件安裝成功，可以開(kāi)始自己探索啦！！