從1989年開始，F(xiàn)IA禁止了渦輪增壓的賽車參賽，統(tǒng)一改為3.5L 自吸發(fā)動機，于是新賽車的研發(fā)就被各大車隊提上了日程，法拉利也不例外，他們在1988年就開始研發(fā)新的賽車，也就是法拉利640也叫F1-89。

這臺賽車由F1的新設(shè)計總監(jiān)約翰巴納德著手打造。這也是他來到車隊之后打造的第一款F1賽車，該車采用了尖頭車鼻，狹窄的單體殼和一個凸起的側(cè)箱。這樣的設(shè)計是為了讓賽車的散熱器達到最大的的效率，搭載一臺Tipo 035/5式3.5L自吸發(fā)動機，最大馬力為660馬力，和之前的Tipo 033A大致相同，不過由于是自吸所以油耗更低，在圍場中這臺發(fā)動機的輸出排在第二僅次于本田。不過，該車的最大的特點其實是采用了一項革命性技術(shù)：半自動變速箱，這是順序式撥片變速箱第一次出現(xiàn)在的F1賽場上。在速度上這臺賽車很快，在首站巴西，因為車隊車手矛盾從威廉姆斯來到法拉利的車手曼塞爾獲得冠軍。但是，那臺半自動變速箱技術(shù)十分不可靠以至于讓法拉利丟了一大堆積分：中間是一大票退賽，格哈德·伯格在上半賽季甚至沒完過賽！不過這車也是離譜，由于創(chuàng)新的變速箱設(shè)計和賽車優(yōu)秀的空動以及發(fā)動機強勁動力，該車只要不退賽就是前三完賽。曼塞爾在法國，英國獲得第二，在德國和比利時獲得第三，中間還夾了一個匈牙利的第一。格哈德·伯格則是意大利，葡萄牙和西班牙三站，兩個第二夾了一個第一，這幾場比賽一共給法拉利帶來了59分，積分榜上位列年度第三。

隨后的1990賽季法拉利在640的基礎(chǔ)上推出了641賽車（又叫F1-90），這臺車在各個方面進行了優(yōu)化，改進的空動，用了改進的Tipo036發(fā)動機，提升馬力到680匹（當時圍場最高的邁凱倫本田為690匹），在那臺變速箱上更是下了功夫，穩(wěn)定性也確實提高了不少。同時在這一年，“教授”阿蘭·普羅斯特來到了車隊，這位1989年的世界冠軍是由于和塞納的矛盾離開了邁凱倫來到了法拉利，和曼塞爾可以說是難兄難弟，而他在邁凱倫的位置則是由格哈德·伯格頂替。這位賽車教授在641的開發(fā)過程中可是幫了很多忙，他致力于提升賽車的發(fā)動機的可靠性，同時讓整個團隊工作更加高效，他這樣的幫助也使得法拉利可以打造出一臺有力爭奪冠軍的賽車。這個賽季，他的對手是自己的前隊友：“車神”埃爾頓·塞納，沒錯，是他，在前一年，他們因為內(nèi)斗導致普羅斯特出走，在這個賽季，位于不同的車隊，他們的戰(zhàn)斗會更加激烈。

果然，在新的賽季，這臺車的表現(xiàn)十分強勢，雖然在首站美國收獲了個雙退，但是第二站巴西，普羅斯特就拿下了在法拉利的第一個冠軍，曼塞爾則獲得第四，隨后，法拉利的賽車就在賽道上和邁凱倫本田展開了激烈競爭，雖然在摩納哥兩人雙退，但是普羅斯特強勢的在墨西哥，法國，英國斬下一波三連冠，而表現(xiàn)較遜色的曼塞爾也在加拿大和墨西哥拿下3-2。這也使得法拉利在車隊積分榜上也是咬緊了邁凱倫本田車隊。但是在賽季中期，兩位車手發(fā)生了矛盾，此時普羅斯特已經(jīng)利用曼塞爾的性格弱點擠掉了他一號車手的位置，在英國大獎賽，普羅斯特覺得自己底盤沒曼塞爾的好操控，就讓車隊偷偷換了兩人的底盤，曼塞爾在排位賽就覺得不對勁，但他還是拼盡全力拿下桿位，隨后正賽里，普羅斯特獲得第四，曼塞爾則因為機械故障退賽，氣憤的他對著一眾英國媒體宣布自己當場退役，但礙于合同不得不繼續(xù)比賽。在夏休后的主場意大利，法拉利的設(shè)計師設(shè)計了一套簡單的牽引力控制系統(tǒng)，并在兩周后的葡萄牙亮相，幫助曼塞爾獲得賽季唯一一個冠軍，又在隨后的西班牙站讓他們實現(xiàn)了1-2帶回，在倒數(shù)第二站日本站，普羅斯特想要奪冠，就必須完賽并且排名高于塞納，然而在發(fā)車后一號彎的碰撞結(jié)束了冠軍的爭奪，法拉利也最終在車隊積分榜上屈居第二。不過這一年的進步，大家都看到了，他們正期待著在1991年看到法拉利大戰(zhàn)邁凱倫的戲碼。

然而世事難料，第二年，相同的戲碼不僅沒有發(fā)生，法拉利的成績出現(xiàn)了大倒退，新賽季的642賽車是在641的基礎(chǔ)上修改的，而對手邁凱倫MP4/6和威廉姆斯FW14都是全新設(shè)計的，這就導致法拉利在開始就落后，起初，這臺車還可以登上第二，第三的領(lǐng)獎臺，但在隨后速度就奇慢無比還在加拿大和墨西哥連續(xù)兩站全部退賽。直到第八站法國站，法拉利才拿出了全新的643賽車，但是管理層的混亂讓研發(fā)過程中無法收集到正確的數(shù)據(jù)，這臺車不是在隊伍中間偏前一點點就是退賽，完全沒有和威廉姆斯和邁凱倫競爭的能力。而法拉利和普羅斯特之間又在不斷地爭吵更是影響了賽車的發(fā)揮，在日本站排位賽，普羅斯特說這臺賽車開起來“像部貨車”，其實那是因為他的懸掛壞了，并不是說這臺車操控性差，但是這句吐槽這給法拉利公司抓把柄把他給解雇掉了，一年后他去到了威廉姆斯開高智能方程式去了。在最后一站是由試車手詹尼·莫比德利完賽，整個賽季一共獲得了8個領(lǐng)獎臺，以55分位列年度第三，遠遠落后于威廉姆斯和邁凱倫。

這時候，法拉利的主力車手是讓·阿萊西，這位車手是意大利人，從小就是法拉利的車迷，在之后也拒絕了其他車隊的邀請選擇了法拉利，這也算是“兒法夢”了，然而從現(xiàn)在的角度看來，加入法拉利或許是個錯誤的選擇。在這段法拉利的職業(yè)生涯里，他就只獲得了一個分站冠軍，爛車卻開了不少。

而另一位車手也是來自意大利的卡佩利（Ivan Capelli），這家伙在之前的中游車隊中經(jīng)常扮演巨人殺手的角色，如今，他來到了法拉利。駕駛F92A賽車，這臺賽車采用了一個比較特別的設(shè)計就是雙底板，顧名思義就是在賽車上安裝兩個底盤讓氣流通過以增加下壓力，這個設(shè)計理念很好，然而，當賽車使上賽道且完全跟不上威廉姆斯和邁凱倫，甚至被貝納通甩在身后時，這樣的設(shè)計卻成為了法拉利車隊成員批評的對象，其實，真正的原因并不在底盤，而是發(fā)動機，當年法拉利引擎動力嚴重不足，比預期少了50匹馬力，排位賽可以比頭名慢2s以上，同時可靠性也爛的一批，16場比賽兩位車手一共20次DNF。但是擁有高貴血統(tǒng)的法拉利發(fā)動機，又是怎么能夠批評的呢？所以，底盤就變成了擋箭牌了。這個賽季，讓阿萊西獲得了兩個第三，但是別的比賽都表現(xiàn)不怎樣，而卡佩利只獲得了3分，賽季結(jié)束后他就離開了車隊，這家伙事后也吐槽：這是我開過的最爛的一部賽車。車隊一共拿到21分獲得第四。

與此同時，法拉利的內(nèi)斗也在不斷進行，之前的1991年，法拉利公司里矛盾頻發(fā)，使得曼塞爾和普羅斯特兩位曾經(jīng)的功臣離開車隊，而隨之離去的，還有大量的技術(shù)人才，這些人的離開讓法拉利失去了大量技術(shù)人才，同時頻繁換人也讓本來就糟糕的法拉利雪上加霜，1993年，他們的賽車F93A依舊是競爭力全無，這臺車發(fā)動機達到了745馬力，但是表現(xiàn)依舊沒有起色，全年無冠，只有阿萊西在摩納哥和回歸的格哈德·伯格在匈牙利的第三，還有阿萊西在主場意大利的第二。這也是法拉利第三個沒有冠軍的賽季?？偡e分28，排位仍然第四。

在1994年，法拉利從已經(jīng)退出的本田的賽車部門那里挖來了一些人手，包括前本田F1首席發(fā)動機設(shè)計師Osamu Goto，在克勞迪奧·隆巴迪（Claudio Lombardi）的協(xié)助下從頭重新設(shè)計了賽車，法拉利設(shè)計了一種Tipo 043型發(fā)動機，這臺發(fā)動機每缸四氣門一共十二缸，所以被命名為412T1，而T代表著橫置變速箱，和312T中的T一個意思，在1994年圣馬力諾大獎賽搭載該發(fā)動機資格賽上首次亮相，并首次在霍根海姆投入使用，同時對賽車的空力設(shè)計的修改也貫穿了整個賽季。這臺車的外觀偏向于貝納通的賽車的高鼻錐設(shè)計，而不是威廉姆斯的圓頭低鼻椎。

這一年，法拉利終于走上正軌，由于邁凱倫用了動力不足的標致發(fā)動機以及法拉利自身的提升，法拉利的賽車開始具有了速度，在賽季初連續(xù)多次登上領(lǐng)獎臺，在完賽的比賽中也基本上保持在前五，在英國，格哈德·伯格也終于登上領(lǐng)獎臺為終結(jié)了法拉利自從1990西班牙以來58場無冠的黑歷史。最終車隊有了較大進步，以71分位列年度第三。

隨后的1995年，因為塞納的意外，F(xiàn)IA修改了賽事規(guī)則，把原來3.5L 發(fā)動機的排量降低到了3.0L，在駕駛員頭盔周圍增加了新的側(cè)面保護結(jié)構(gòu)，以避免悲劇再次發(fā)生。法拉利也推出了新的賽車412T2，他們把發(fā)動機的材質(zhì)從鑄鐵換成了鋼，這就使得發(fā)動機比前一年輕了20kg，回來的巴納德也放棄了法拉利在前三個賽季一直使用的“凸鼻”設(shè)計，賽車的擋板變得更大更復雜，同時為了減少下壓力，前翼也進行了修改，這臺車相比于之前的412T1，速度快上了很多，已經(jīng)成為了領(lǐng)先者。

賽季開始之后，兩位車手多次登上領(lǐng)獎臺，在圣馬力諾，他們2-3完賽雙車登臺，表明法拉利競爭力已經(jīng)回來了，隨后的加拿大，讓·阿萊西獲得了在法拉利的第一個也是唯一一個冠軍，這還讓法拉利一度領(lǐng)跑車隊積分榜，但是，可靠性問題卻在這個賽季一直困擾著法拉利，在斯帕，兩臺車鎖定排頭，但都因為故障退賽。在主場意大利，他們表現(xiàn)強勢，但是阿萊西尾翼上的電視攝像頭飛出并破壞了伯格的懸架，伯格退賽，阿萊西則是領(lǐng)跑比賽，但是在比賽還剩下8圈時，他因為車輪軸承故障退賽。最終，法拉利以73分獲得年度第三。隨后的一年，已經(jīng)是兩屆世界冠軍的邁克爾·舒馬赫，還有前標致賽車領(lǐng)隊讓·托德，等創(chuàng)造法拉利王朝的王牌班底來到了法拉利，法拉利的這段悲慘而且混亂的時期才算正式結(jié)束。

理性分析一下，造成法拉利這樣糟糕的戰(zhàn)績的主要原因在于法拉利內(nèi)部集團的混亂內(nèi)斗，這樣的內(nèi)斗不僅讓賽車的性能爛了一地，還讓他們失去了諸如曼塞爾和普羅斯特這樣的優(yōu)秀車手，而糟糕的戰(zhàn)績又引發(fā)新一輪內(nèi)斗，就這樣形成惡性循環(huán)。戰(zhàn)績也再也沒法拉上去。另外，法拉利在電控懸掛方面的技術(shù)落后讓他們更是雪上加霜。唯一可以拯救他們的怕也只能是向讓·托德這樣有經(jīng)驗的管理者和舒馬赫這樣的賽車手了，對了，還要有一個可以發(fā)現(xiàn)這些有才之人并有效管理運營的上司，只有一個車隊中每一個人都可以相處融洽，車隊才可以完美運作，好成績才會隨之而來。