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分泌蛋白質(zhì)組學(xué)研究工具——疊氮基糖

2023-03-27 09:34 作者:愛必信_absin  | 我要投稿

分泌蛋白質(zhì)組(secretome)是指細胞、組織等分泌的全部蛋白質(zhì)。分泌蛋白(如細胞因子、生長因子和激素等)在細胞間信號傳遞等過程中發(fā)揮著關(guān)鍵的作用,其動態(tài)變化通常反映了細胞的生長情況和病理狀態(tài)。分泌蛋白構(gòu)成了很大一部分藥物靶標(biāo),同時也是重要的生物標(biāo)志物[1]。細胞的條件培養(yǎng)基是分泌蛋白質(zhì)組研究的重要樣本。

目前,基于生物質(zhì)譜的蛋白質(zhì)組學(xué)分析可以實現(xiàn)對分泌蛋白的系統(tǒng)研究[2],但該方法無法富集分泌蛋白,導(dǎo)致分泌蛋白的鑒定數(shù)目較少。此外,常規(guī)的分泌蛋白質(zhì)組分析為了降低樣品的復(fù)雜性會使用無血清培養(yǎng)基進行細胞培養(yǎng),而長時間無血清培養(yǎng)容易使細胞活性狀態(tài)改變。

圖1 蛋白糖基化后結(jié)合質(zhì)譜分析的分泌蛋白富集流程圖[3]

近年來,含有生物正交基團(如疊氮基)的非天然糖已被用于代謝標(biāo)記糖基化蛋白質(zhì),從而實現(xiàn)對糖蛋白的細胞成像或選擇性富集并用于蛋白質(zhì)組學(xué)分析。


該策略分為兩個步驟:疊氮基糖類似物(圖1a)被添加到細胞培養(yǎng)基中,通過細胞內(nèi)的聚糖生物合成途徑引入到糖蛋白上;然后通過點擊化學(xué)反應(yīng)特異性地與成像探針或親和探針進行共價標(biāo)記(圖1b)。由于分泌蛋白通常是糖蛋白,這種糖代謝標(biāo)記已被用于分泌蛋白的標(biāo)記和富集。N-疊氮乙酰半乳糖胺(GalNAz)、N-疊氮乙酰葡萄糖胺(GlcNAz)和N-疊氮乙酰甘露糖胺(ManNAz)是最經(jīng)典的疊氮基糖類似物,其應(yīng)用見表1。

表1?幾種常用疊氮基糖代謝探針[4-6]

疊氮基糖的特點:

※?生物正交性——疊氮基基團較小,無反應(yīng)性且不存在于生命系統(tǒng)中,因此疊氮基-糖化合物不會干擾內(nèi)源性細胞通路和取代其自然發(fā)生的類似物;

※?兼容性——在簡單的緩沖液條件下可有效使用磷酸化合物進行反應(yīng)化學(xué),不需要銅或還原劑等輔助試劑;

※?化學(xué)選擇性——疊氮化物和膦基團不會與生物樣品的組分反應(yīng)或干擾此類組分,而是彼此高效偶聯(lián);

※?通用性——疊氮化物標(biāo)記可用于檢測、固定、偶聯(lián)或親和純化,具體取決于其與哪種膦活化化合物反應(yīng)。

這些糖是天然單糖的疊氮化物衍生物,細胞使用翻譯后修飾生化途徑使蛋白糖基化。疊氮化物官能團很小且不與內(nèi)源性分子發(fā)生反應(yīng)。當(dāng)輸送到細胞時,這些化合物被糖基化事件整合,以便有效地使用疊氮化物基團“標(biāo)記”糖蛋白。然后疊氮化物基團可專門用于使用炔烴活化試劑(“點擊”化學(xué))或膦活化試劑(Staudinger連接)進行檢測或偶聯(lián)。

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當(dāng)與膦活化熒光染料、生物素試劑或其他化合物結(jié)合使用時,這些疊氮基修飾的糖有助于研究涉及糖基化的細胞通路。

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