各位小伙伴大家好，小云和大家又見面了，今天呢小云來教大家如何利用Xena下載TCGA數(shù)據(jù)。小云下面的內(nèi)容將從以下方面展開：什么是TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)，利用Xena下載TCGA數(shù)據(jù)。

1. 什么是TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)？

TCGA全稱為The Cancer Genome Atlas，中文名稱為癌癥基因組圖集，它是一個(gè)具有里程碑意義的癌癥基因組學(xué)項(xiàng)目，對(duì)20,000多種原發(fā)性癌癥進(jìn)行了分子表征，并匹配了橫跨33種癌癥類型的正常樣本。除此之外還有多組學(xué)數(shù)據(jù)，包括基因表達(dá)數(shù)據(jù)、拷貝數(shù)變異、DNA甲基化等數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)地址為：https://www.cancer.gov/about-nci/organization/ccg/research/structural-genomics/tcga。

2. 利用Xena下載TCGA數(shù)據(jù)

關(guān)于TCGA數(shù)據(jù)下載，在這里小云以下載肝癌LIHC數(shù)據(jù)的基因表達(dá)數(shù)據(jù)，臨床數(shù)據(jù)和生存數(shù)據(jù)為例進(jìn)行數(shù)據(jù)下載。
第一步：進(jìn)入Xena網(wǎng)站首頁，地址為：http://xena.ucsc.edu/，依次點(diǎn)擊launch Xena，DATA SETS,到達(dá)數(shù)據(jù)集頁面。

第二步：選取肝癌數(shù)據(jù)集，如下所示，點(diǎn)擊進(jìn)入TCGA Liver Cancer（LIHC）數(shù)據(jù)集。

第三步：在LIHC中選擇自己想要下載的數(shù)據(jù)，比如說下載基因表達(dá)數(shù)據(jù)，點(diǎn)擊gene expression RNAseq下的IlluminaHiSeq (n=423) TCGA Hub，數(shù)據(jù)就會(huì)自動(dòng)開始下載了。

再比如說下載臨床數(shù)據(jù)和生存數(shù)據(jù)，找到phenotype，可以看到有生存數(shù)據(jù)：Curated survival data (n=438) TCGA Hub和臨床數(shù)據(jù)：Phenotypes (n=438) TCGA Hub，點(diǎn)擊就可以直接下載。

以上呢就是小云使用Xena下載TCGA數(shù)據(jù)的分享，小伙伴們快去試試吧。