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CheckCIF-PLAT161-170

2020-05-10 10:19 作者:DJ_Tokyo  | 我要投稿

PLAT161 Type_4 Missing x-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on x-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

x坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。檢查所有處于一般位置的非氫原子的位置參數(shù)是否存在非零標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)。這包括用于固定極性空間群中原點(diǎn)的固定參數(shù),當(dāng)使用現(xiàn)代程序(例如SHELXL、XTAL等)進(jìn)行精修時(shí),就不再需要這些參數(shù)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT161.html)

警告原因:x坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。

解決策略:一般不會出現(xiàn),用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT162 Type_4 Missing y-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on y-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups (e.g. P21) which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

y坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。檢查所有處于一般位置的非氫原子的位置參數(shù)是否存在非零標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)。這包括用于固定極性空間群(例如P21)中原點(diǎn)的固定參數(shù),當(dāng)使用現(xiàn)代程序(例如SHELXL、XTAL等)進(jìn)行精修時(shí),就不再需要這些參數(shù)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT162.html)

警告原因:y坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。

解決策略:一般不會出現(xiàn),用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT163 Type_4 Missing z-coordinate s.u.

Missing or Zero s.u. (esd) on z-coordinate. Positional parameters for all non-hydrogen atoms in general positions are checked for the presence of a non-zero s.u. on them. This includes parameters fixed to fix the origin in polar space-groups (e.g. P41) which is no longer necessary when refinement is done with modern programs (e.g. SHELXL, XTAL).

z坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。檢查所有處于一般位置的非氫原子的位置參數(shù)是否存在非零標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)。這包括用于固定極性空間群(例如P41)中原點(diǎn)的固定參數(shù),當(dāng)使用現(xiàn)代程序(例如SHELXL、XTAL等)進(jìn)行精修時(shí),就不再需要這些參數(shù)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT163.html)

警告原因:z坐標(biāo)的標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)(或估計(jì)標(biāo)準(zhǔn)偏差esd, estimated standard deviation)缺失或?yàn)?。

解決策略:一般不會出現(xiàn),用SHELXL精修重新生成CIF文件即可。

PLAT164 Type_4 Check for Refined C-H H-Atoms

Warning: Refined C-H H-atoms in heavy-atom structure (i.e. containing an element beyond element #18). Such H-atoms are in general better refined at calculated positions riding on the atoms they are attached to. A better data over parameter ratio will be achieved.

警告:重原子結(jié)構(gòu)(即包含原子序數(shù)大于18的元素)中所精修的C-H類型的氫原子。一般來說,當(dāng)這種氫原子騎在它們所連接原子的計(jì)算位置上時(shí)會得到更好的精修結(jié)果。這樣可以獲得更好的數(shù)據(jù)參數(shù)比。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT164.html)

警告原因:重原子結(jié)構(gòu)中存在C-H類型的氫原子。

解決策略:一般不會出現(xiàn),對C-H類型的氫原子采用理論加氫即可。

PLAT165 Type_3 Check for R-flagged Non-H Atoms

Report on restrained (riding) Non-Hydrogen atoms. Note: This may lead to non meaningfull bond and angle s.u.'s (ALERTS _751, _752). R-flagged atoms may arise unintentional being caused by an "AFIX 0" line being missing in a shelxl.ins file (SHELXL-97 refinement). Alternatively, the number of refined parameters may have been limited deliberately (e.g. by refinement of C-F with fixed known geometry, similar to C-H) in order to keep the data/parameter ratio acceptable.

報(bào)告被限制的(騎式)非氫原子。注意:這可能會導(dǎo)致無意義的鍵長和鍵角的標(biāo)準(zhǔn)偏差(警告_751、_752)。帶有R標(biāo)記的原子可能是由于shelxl.ins文件(由SHELXL-97精修程序所產(chǎn)生)中不小心缺失"AFIX 0"行所產(chǎn)生。或者,為了使數(shù)據(jù)/參數(shù)比保持在可接受范圍內(nèi),可以故意限制精修參數(shù)的數(shù)量(例如,通過固定已知幾何結(jié)構(gòu)的C-F鍵長,類似于C-H鍵)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT165.html)

警告原因:結(jié)構(gòu)中存在R標(biāo)記原子。

解決策略:有合理解釋即可。

PLAT166 Type_4 Check for calc flagged atoms with s.u.'s on coordinates

Calc-flagged atoms are not supposed to carry s.u.'s on their coordinates.

帶有Calc標(biāo)記的原子,其坐標(biāo)不應(yīng)具有標(biāo)準(zhǔn)偏差(s.u.)。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT166.html)

警告原因:帶有Calc標(biāo)記的原子其坐標(biāo)具有標(biāo)準(zhǔn)偏差。

解決策略:一般不會出現(xiàn),將其標(biāo)準(zhǔn)偏差改為0即可。

PLAT169 Type_4 Check for AFIX 1 Record(s) in CIF-Embedded shelxl.res

The use of 'AFIX 1' record(s) in the SHELXL .res file should be documented in the experimental section of the associated publication.

在SHELXL .res文件中使用'AFIX 1'的記錄應(yīng)標(biāo)注于有關(guān)出版物的實(shí)驗(yàn)部分。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT169.html)

警告原因:使用了'AFIX 1'。

解決策略:有合理解釋即可。

PLAT170 Type_4 Check for sufficient data in in Atom data loop

Insufficient data encountered in coordinate loop. A possible cause might be the use of a SHELX style '=' continuation line.

坐標(biāo)循環(huán)中遇到數(shù)據(jù)不足。一個可能的原因是使用了SHELXL式樣的續(xù)行符號'='。

(http://journals.iucr.org/services/cif/checking/PLAT170.html)

警告原因:坐標(biāo)循環(huán)中數(shù)據(jù)不足。

解決策略:一般不會出現(xiàn),重新精修生成CIF即可。


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