大家好，歡迎觀看《時空日報》第34期。本期追蹤到時空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計3篇。以下是應(yīng)用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析和蛋白質(zhì)組學(xué)揭示IgG4相關(guān)疾病中廣泛的免疫系統(tǒng)激活

Single-cell transcriptome analysis and protein profiling reveal broad immune system activation in IgG4-related disease

JCI Insight; IF: 8.000; DOI: 10.1172/jci.insight.167602

內(nèi)容概要：通過對IgG4相關(guān)疾?。↖gG4-related disease，IgG4-RD）的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)組分析，發(fā)現(xiàn)IgG4-RD患者中漿細(xì)胞增生，CD4+和CD8+細(xì)胞增多，γδT細(xì)胞增加，這些細(xì)胞的活化和化學(xué)趨化作用增強(qiáng)，但抑制性受體受到抑制。此外，不同器官中存在不同組成的淋巴細(xì)胞浸潤。該研究揭示了IgG4-RD的免疫系統(tǒng)廣泛激活的特征，為該疾病的治療提供了潛在的靶點(diǎn)。

2、BEENE：基于深度學(xué)習(xí)的非線性嵌入改善批次效應(yīng)估計

BEENE: Deep learning based nonlinear embedding improves batch effect estimation

Bioinformatics; IF: 5.800; DOI: 10.1093/bioinformatics/btad479

內(nèi)容概要：介紹了一種名為BEENE的深度非線性自編碼網(wǎng)絡(luò)，用于RNA-seq數(shù)據(jù)中批次效應(yīng)的估計。BEENE可以同時學(xué)習(xí)批次和生物變量，生成適用于線性和非線性批次效應(yīng)的低維嵌入。與主成分分析（principal component analysis，PCA）嵌入相比，BEENE在檢測和量化批次效應(yīng)方面更加穩(wěn)健和敏感。該方法在多個模擬數(shù)據(jù)集和生物數(shù)據(jù)集上進(jìn)行了評估，包括鼠胚發(fā)育細(xì)胞、外周血單核細(xì)胞和胰島細(xì)胞等。

3、深度空間分析委內(nèi)瑞拉馬腦炎病毒：揭示神經(jīng)炎癥和細(xì)胞死亡中增加的遺傳多樣性

Deep spatial profiling of Venezuelan equine encephalitis virus reveals increased genetic diversity amidst neuroinflammation and cell death during brain infection

Journal of Virology; IF: 5.400; DOI: 10.1128/jvi.00827-23

內(nèi)容概要：通過對小鼠腦部8個區(qū)域進(jìn)行RNA測序，發(fā)現(xiàn)委內(nèi)瑞拉馬腦炎病毒（venezuelan equine encephalitis virus，VEEV）復(fù)制在5-6天后達(dá)到高峰，神經(jīng)元是主要的病毒復(fù)制位點(diǎn)。同時，病毒的遺傳多樣性也在5天后達(dá)到高峰，表明病毒在腦內(nèi)受到選擇壓力。炎癥反應(yīng)和免疫細(xì)胞的浸潤與病毒水平呈正相關(guān)，同時也與神經(jīng)元的損傷以及微膠質(zhì)細(xì)胞和星形膠質(zhì)細(xì)胞的活化有關(guān)。這些結(jié)果有助于理解VEEV的病理生理學(xué)和遺傳學(xué)變化，為開發(fā)治療VEEV感染提供重要的參考。

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