在日常工作中我們通過會需要使用到集成開發(fā)環(huán)境的工具（IDE，Integrated Development Environment ）去幫助我們更好的開發(fā)軟件。其中R、java和python則因各自的優(yōu)點而被生物學(xué)家廣泛應(yīng)用。眾所周知，這三個編程語言各自都擁有成熟并且繁多的IDE工具。本號也在經(jīng)過長期的開發(fā)練習(xí)，并綜合比較各個集成開發(fā)環(huán)境的優(yōu)劣之后，分別選擇了一種IDE工具用于輔助編程。

1、R之Rstudio

R是一個用于統(tǒng)計計算和圖形的自由軟件環(huán)境。換句話，這個編程語言基本上是為了數(shù)據(jù)分析和圖形繪制而量身定做的一門語言。豐富多樣的包（由統(tǒng)計學(xué)家開發(fā)的）使得這個編程語言廣受數(shù)據(jù)分析科學(xué)家的偏愛。不僅如此，現(xiàn)如今眾多多組學(xué)分析的完成也依賴這一編程語言。因而，如何使用R語言幫助有分析需求的同學(xué)完成相應(yīng)的多組學(xué)數(shù)據(jù)解讀便成為現(xiàn)如今最為迫切的問題之一。而作為這一編程語言最常用的IDE工具，Rstuido是以開源、編碼第一、集中式的優(yōu)點，成為各位R語言使用者在進(jìn)行迅捷開發(fā)過程中必不可少的一件利器。

從圖1我們可以看出，Rstudio的主界面主要分為三個部分，控制臺、變量區(qū)和繪圖區(qū)。在控制臺窗口，我們可以逐行輸入我們撰寫好的R命令，并實時運行；在變量區(qū)，我們可以隨時查看程序運行中系統(tǒng)所存儲的變量；在繪圖區(qū)，我們可以實現(xiàn)在完成圖形繪制后，實時顯現(xiàn)出來。需要注意的是，我們也可以在控制臺中調(diào)出我們的R腳本，并實現(xiàn)分段運行R腳本的功能。這部分功能則需要讀者進(jìn)一步的探索了。

2、java之IntelliJ IDEA

首先，從圖2中我們可以看出IntelliJ IDEA（下文簡稱IDEA）的主界面主要分為兩個部分，一個腳本撰寫區(qū)，一個是控制臺。這里我主要介紹如何使用IDEA運行我們的項目。首先在“File->Open”打開你預(yù)先寫好的項目（建議使用IDEA編寫java相關(guān)的項目），或者”File->New”開始一個新的項目。為了方便演示，這里本公眾號選擇了一個之前撰寫好的項目。

第二，運行項目。我們需要在菜單欄中選擇“Run”這個選項，彈出圖3中方框1的選項卡。在這個選項卡中，我們需要選擇“Edit Configurations...”選項。注意，本推文圖3方框1中出現(xiàn)兩個選項，是因為我之前已經(jīng)運行過一次我的項目了，而這一工具會自動記錄你之前運行過的項目。

第三，指明項目運行所需的sdk文件、主程序和工作目錄。從圖4中我們可以看到需要指定的各個選項，包括sdk目錄（方框1），主程序的class文件（方框2）以及項目的工作目錄（方框3）

需要注意的是，主程序文件一定要選對。如果主程序選擇錯誤，那么項目就無法運行。另外，謹(jǐn)記的是，主程序中需要包含main的主函數(shù)。如圖5所示，主程序的class文件中就包含main的主函數(shù)。

第四，選擇對應(yīng)的源發(fā)行版本。在本推文中，在配置好運行項目所需要的環(huán)境之后，點擊“run”選項，系統(tǒng)會提示錯誤：“Error:java: 無效的源發(fā)行版: 10”。出現(xiàn)這一問題的原因是因為項目中所使用的java發(fā)行版本（IDEA系統(tǒng)默認(rèn)的java發(fā)行版本）與你系統(tǒng)安裝的java版本不一致。這里，我們就需要調(diào)用快捷鍵“Ctrl+Alt+Shift+s”，打開Project Structure選項卡，查看“Project LanguageLevel”選項。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，系統(tǒng)默認(rèn)的java發(fā)行版本是java10。而本推文系統(tǒng)中所安裝的java是版本8，因此我們需要在圖6方框1的選項卡中選中版本對應(yīng)的版本號。在一切選擇完畢之后，點擊“OK”按鈕即可。

第五，運行項目。完成上述所有配置之后，我們需要返回到圖4的界面中，點擊其中“Run”按鈕，不出意外，程序便可正常運行（有bug除外，哈哈）。

最后，這個java的集成開發(fā)工具的功能遠(yuǎn)遠(yuǎn)不止本推文所介紹的這一項，還包括對項目進(jìn)行調(diào)控，建立項目，打包項目等多個功能。對于讀者而言，如何利用IDEA高效的推進(jìn)java項目開發(fā)，需要自己進(jìn)一步的去探索。

3、Python之Spyder

Spyder是用Python編寫的免費和開源的python集成開發(fā)環(huán)境工具。它可以協(xié)助你在使用python腳本撰寫過程中調(diào)用編輯、分析、調(diào)試和剖析功能去實現(xiàn)交互式執(zhí)行、深度檢查和漂亮的可視化功能。因此，無論對于初學(xué)者還是已經(jīng)具備相當(dāng)經(jīng)驗的python開發(fā)人員，Spyder都可以起到事半功倍的效果。接下來，本公眾號將簡單介紹如何使用Spyder來協(xié)助我們的python開發(fā)。

從圖7中我們可以看出，整個Spyder軟件的初始界面共包括三個部分，控制臺、變量區(qū)和終端。在控制臺，我們可以編寫、修改自己的腳本；在終端，我們可以運行已經(jīng)編寫好的腳本，并進(jìn)行調(diào)試；在變量區(qū)，我們可以檢查我們運行的程序中每個變量所代表的含義。這里需要注意的是，在終端區(qū)，我們運行腳本的命令有所不同，我們需要將“python ***.py”換成“%run ***.py”。

值得注意的是，在Spyder主頁中有這樣的一段話：我們建議在這些平臺上使用Anaconda進(jìn)行Spyder的安裝，以避免大多數(shù)軟件包沖突和其他問題。這句話表明Spyder與Anaconda具有很好的兼容性。那么，這是否意味著我們一定需要安裝Anaconda才能在Spyder上運行我們的python腳本呢？答案顯然是No。如果要利用本地pip安裝的包運行python腳本，那么我們需要在圖8中選擇“tool”選項，在其中選擇”perferences”選項彈出對話框，接著在該對話框中選擇方框2（圖8）的“Pythoninterpreter”選項卡，在方框3（圖8）中選擇你之前已經(jīng)安裝好的python程序。

完成上述操作步驟后，我們需要重啟軟件。而在重啟之后終端區(qū)會提示我們：Spyder啟動時，提示內(nèi)核無法啟動。針對這一問題，我們需要使用pip為python安裝一個依賴包，才能實現(xiàn)Spyder的正常啟動。包的安裝命令如下：

最后，我們再重新啟動軟件，即可實現(xiàn)在免安裝Anaconda基礎(chǔ)在Spyder上運行python腳本。

三 慣例小結(jié)

總而言之，無論做科學(xué)研究，還是成為一個碼農(nóng)，我們需要做的都是站在巨人的肩膀上才能看的更遠(yuǎn)。因為，對于生活中遇到的非常好用的小工具，我們都需要善于利用，從而幫助我們節(jié)約時間，最快的實現(xiàn)每個人的小目標(biāo)。

本公眾號開發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件歡迎大家使用。文末是本公眾號在其他平臺的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見。

簡書：WJ的生信小院

公眾號：生信小院

博客園：生信小院

最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會;5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會，都可以后臺給筆者留言。希望本平臺在進(jìn)行生信知識分享的同時，能夠成為生信分析者的交流平臺，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實現(xiàn)，但是夢想總得是有的吧）。

另外，怎么說呢，投。。。。。。幣也可，不強(qiáng)求，但奢求