隨著亨利六世的去世，對拜占庭而言與教皇結盟不再像以前那樣緊迫，但對于英諾森三世來說，則是另一回事。他很年輕——成為教皇時只有三十七歲。自1179年第三次拉特蘭會議以來，基督教世界遭受了一系列挫折，其中最嚴重的是1187年耶路撒冷的失陷和第三次十字軍東征未能收復圣地。英諾森三世決心繼續(xù)推進基督教世界的變革，而收復耶路撒冷是最緊迫的任務。1198年8月15日，英諾森三世發(fā)布了他的十字軍東征宣言。這是他在位期間的第一個重大舉措。幾乎在同一時間，他回復了阿萊克修斯三世，后者寫信給他祝賀他升任教宗。今天英諾森的回信沒有保存下來，但從阿萊克修斯三世的回信中可以重構部分內容。教皇告誡拜占庭皇帝未能在上帝面前表現(xiàn)出應有的謙卑，批評他對圣地的狀況缺乏興趣并拒絕支持任何一次十字軍東征。教皇將東西教會合并的問題作為一個單獨的項目提了出來。但最重要的是，英諾森三世從一開始就試圖讓拜占庭參與他的十字軍東征計劃。

通過研究皇帝1199年2月的回信，他的答復是搪塞的?；实垴g斥了關于他缺乏謙遜的指控；相反他表示自己對十字軍東征充滿熱情。他愿意為圣墓的解放而犧牲自己的生命。然而，他認為這是上帝的事，而不是凡人能所為的事情，而且最近的事件表明，上帝仍然沒有寬恕基督徒的那些罪過，這些罪過使穆斯林得以恢復圣地?；实厶嵝呀袒矢ダ椎吕锟恕ぐ桶土_薩在上一次十字軍東征中給拜占庭帝國造成的破壞。他不幸的命運（指紅胡子被淹死）強調了皇帝的論點，即上帝對此很不高興。如果教皇堅持遠征圣地，拜占庭人會提供任何必需品以提供幫助，但阿萊克修斯自己會選擇推遲發(fā)動十字軍東征，直到更合適的時機。拜占庭皇帝試圖通過以對教會合并采取更積極的態(tài)度來平衡這種怠慢。他認為教會在其牧羊人基督的領導下一直保持著本質上的團結，但承認存在主要是出于政治原因而導致的地方差異。他對教皇準備解決這些問題表示歡迎，并提議由教皇召集主教會議。這是拜占庭皇帝的重大讓步。以前的總會議是由皇帝在君士坦丁堡召集的。

教皇的回信日期為1199年11月13日。他寫信的時候，組織十字軍東征一事幾乎沒有取得任何進展。他將阿萊克修斯·安格洛斯在十字軍東征上的立場視為空話，但會暫時將此事擱置。他希望皇帝能改變主意，只要能避免公開抨擊，他的立場一定會得到所有人好感。至于教會的聯(lián)合，皇帝應該記住，羅馬教會是“所有教會的領導和母親”，與其說是因為它得到了總會議的承認，不如說是出于神圣的授權。這意味著君士坦丁堡的牧首有義務服從教皇，教皇當然有權召集教會的總會議。英諾森三世建議，這樣的會議可能會提供一個機會，讓牧首可以公開宣誓他對羅馬教廷的崇敬和服從。英諾森的回信以這些不祥的話結束，這表明教皇發(fā)起的十字軍東征背后有一個險惡的目的：“我們相信事情不會有不同的結果，否則我們將被迫對你采取另一種行動，如果你愿意，任何人都可以攜帶來自我們的命令，對抗他（牧首）和希臘人的教會?！?/p>

這封信件還附有英諾森三世與拜占庭牧首約翰十世·卡馬特洛斯（1198-1206年在位）之間的另一封信件。這是以非常禮貌的方式進行的。在約翰十世1199年2月的第一封信中，這位牧首謹慎的表達了他與拜占庭皇帝之間的團結。牧首強調，拜占庭與教皇的關系——在他看來主要是政治性質的——實際上是在他看來表現(xiàn)出色的皇帝阿萊克修斯·安格洛斯的內部事務。這是表達拜占庭傳統(tǒng)觀點的一種方式，即聲稱擁有至高無上地位的教皇本質上已成為一種政治力量。因此，他拒絕接受教皇的至高無上的理論，英諾森三世已經將其闡述得再清楚不過了。牧首對羅馬教會是以教皇為首的唯一普世教會、還聲稱羅馬是母教會，沒錯，還包括耶路撒冷的觀點提出異議。這位牧首堅持認為，教會的統(tǒng)一不是對羅馬教會的依附，而是對教義的信仰。英諾森三世于1199年11月12日回復牧首并重申教皇至高無上的地位。上帝親自賦予羅馬至高的教會權力。教皇駁回了牧首關于羅馬被視為所有教會之母的反對意見，這并不是說羅馬教會是彼得先于其他教會建立的，而是彼得在使徒中地位最高。在牧首于1200年初的幾個月起草的回信中，這位牧首要求用經典章節(jié)和子句來證明羅馬是母教會。無論如何，彼得不只屬于羅馬，而是屬于整個教會。從歷史上看，羅馬的首要地位源于它以前作為帝國首都的地位。牧首甚至覺得沒有必要指出這一點因為現(xiàn)在政治中心已經轉移到了新羅馬。牧首明確反對教皇權力至高無上的主張，重申基督治下的五權制理論。在牧首看來，教皇正試圖為羅馬教會篡奪普世教會的領導地位，他因此與基督為敵。顯然談判已經陷入僵局。約翰十世·卡馬特洛斯 (John X Kamateros) 以這樣的話結束了他的信：“如果我們所寫的內容讓您感到不快，那么我們就不可能偏離事實，即使有可怕得多的事情讓我們受到威脅。”教皇威脅他可能不得不對拜占庭皇帝和牧首采取必要行動。在教皇和牧首之間的這種互相通信的表面禮貌之下，前者是不耐煩，而后者是怨恨和驚慌，這很容易察覺。一旦十字軍東征開始起步，我們將看到，這封信件就具有了新的意義，因為教皇現(xiàn)在似乎有辦法對付君士坦丁堡的皇帝和牧首。

但就目前而言，隨著日耳曼人入侵的危險消除，拜占庭精英們可能會重新陷入政治內斗?；实郯⑷R克修斯只領導一個家族集團，雖然目前在帝國占支配地位。他將一個女兒嫁給巴列奧略家族，將另一個女兒嫁給拉斯拉里斯家族，從而鞏固了自己的地位。他對最高權力的掌握取決于這樣的政治聯(lián)盟。關鍵人物是他的配偶歐洛弗緒涅·杜卡娜·卡馬特里娜，她帶來了強大的卡馬特洛斯家族的資源，這種家族關系在當時主導了教會和帝國的行政部門。所有人都認為她是阿萊克修斯三世皇位背后的主導力量。不滿者聚集在被廢黜的伊薩克皇帝周圍，他正在博斯普魯斯海峽沿岸過著流放生活。尼基塔斯·霍尼亞提斯記錄了拜訪伊薩克皇帝的拉丁人的數(shù)量；他們還與皇帝的女兒伊琳娜保持聯(lián)系，當時她嫁給了施瓦本的菲利普，菲利普在他的兄長皇帝亨利六世去世后成為霍亨斯陶芬家族的首領。被廢黜的伊薩克皇帝懇求他的女兒利用她的影響力幫助他。根據(jù)尼基塔斯·霍尼亞提斯的說法，關于他應該做什么的指示從西方傳來。結果是伊薩克的兒子，年輕的皇子阿萊克修斯·安格洛斯逃到了西方。