線粒體”作為持續(xù)霸榜國自然熱點(diǎn)前幾名的明星角色，常與腫瘤免疫、細(xì)胞死亡等方向同臺(tái)競技，風(fēng)頭無兩，同時(shí)它也是經(jīng)常出現(xiàn)在CNS頂刊的綜述和研究性文章中，可見其火熱程度非比一般呀~?~

所以，作為科研排頭兵的“生信分析”更會(huì)緊緊抓住這個(gè)明星方向，可以看到“線粒體”方向的生信文章層出不窮，那這些分析用到的“線粒體基因”是從哪里來的呢？（ps：這些問題歡迎來【生信日?qǐng)?bào)】留言問小云哦，保證知無不言言無不盡，你的問題也有可能被小記者翻牌成為一期內(nèi)容來專門回答哦 ）

大部分是來源于線粒體相關(guān)數(shù)據(jù)庫，小部分源于文獻(xiàn)、MsigDB等通路類的數(shù)據(jù)庫，那這期內(nèi)容就由小記者給小伙們整理了3種生信常用【線粒體相關(guān)數(shù)據(jù)庫】，有需要的朋友趕緊碼住備用吧！

p?MitoCarta3.0（最最最常用）

n?數(shù)據(jù)庫簡介：MitoCarta 3.0數(shù)據(jù)庫收錄了1136個(gè)人類和1140個(gè)小鼠的定位于線粒體上的蛋白編碼基因列表，還提供了基因的亞線粒體定位和通路注釋信息，并將基因分配到149個(gè)線粒體term中。MitoCarta對(duì)從14個(gè)組織中分離的線粒體進(jìn)行質(zhì)譜分析，通過大規(guī)模GFP標(biāo)記/顯微鏡評(píng)估方法完成了蛋白質(zhì)定位工作，并使用貝葉斯方法將定位結(jié)果和其他六個(gè)基因組規(guī)模的線粒體定位數(shù)據(jù)集進(jìn)行了整合。2020年發(fā)布的MitoCarta3.0使用人工文獻(xiàn)整理來修訂之前的MitoCarta2.0目錄（增加了78個(gè)基因，刪除了100個(gè)基因），主要包括了Human MitoCarta3.0（人）、Mouse MitoCarta3.0（小鼠）和MitoPathways3.0（通路）三個(gè)數(shù)據(jù)集。這3個(gè)數(shù)據(jù)集從數(shù)據(jù)庫首頁即可直接下載，且下載文件包含excel等多種格式，可直接用于生信分析。數(shù)據(jù)庫網(wǎng)址為：https://www.broadinstitute.org/mitocarta/mitocarta30-inventory-mammalian-mitochondrial-proteins-and-pathways?? ?

p?MitoMiner

n?數(shù)據(jù)庫簡介：MitoMiner是線粒體定位數(shù)據(jù)庫，目前更新到v4.0版本，包含哺乳動(dòng)物（人、小鼠）、酵母及斑馬魚的線粒體相關(guān)基因數(shù)據(jù)。MitoMiner存儲(chǔ)了來自56項(xiàng)已發(fā)表的大規(guī)模GFP標(biāo)記和質(zhì)譜研究的實(shí)驗(yàn)性線粒體定位證據(jù)，來自iPSORT、MitoProt、TargetP和MitoFates的靶向序列預(yù)測，以及來自人類蛋白質(zhì)圖譜的免疫染色結(jié)果。數(shù)據(jù)庫設(shè)計(jì)目的在于用于確認(rèn)基因是否編碼線粒體蛋白，并給出基因產(chǎn)物功能、可能的其他物種同源物、組織特異性表達(dá)信息、代謝注釋信息、可能的人類疾病相關(guān)性信息和模式生物中基因表型等信息。網(wǎng)址為：http://mitominer.mrc-mbu.cam.ac.uk/??

p?MitoProteome

n?數(shù)據(jù)庫簡介：MitoProteome是一個(gè)人類線粒體蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫。數(shù)據(jù)庫最初的版本(2004年)包含847個(gè)人類線粒體蛋白序列，通過對(duì)公共序列數(shù)據(jù)庫和高度純化的人類心臟線粒體的質(zhì)譜分析得到。MitoProteome數(shù)據(jù)庫在2015年進(jìn)行了大幅修訂，把最初以蛋白質(zhì)為中心的系統(tǒng)更新為以基因?yàn)橹行牡南到y(tǒng)，從獲得線粒體相關(guān)基因出發(fā)，然后收集每個(gè)基因的同種型和剪接變體的所有相應(yīng)mRNA以及蛋白質(zhì)序列，數(shù)據(jù)整合并構(gòu)建相應(yīng)注釋系統(tǒng)并展示。當(dāng)前版本數(shù)據(jù)庫包含1705個(gè)基因和3625個(gè)蛋白質(zhì)的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)可在主頁直接下載。網(wǎng)址：http://mitoproteome.org/?

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小云話生信

本次數(shù)據(jù)庫分享就到這里了，想做線粒體方向的小伙伴可以嘗試使用一下這些數(shù)據(jù)庫哦，可能會(huì)達(dá)到事半功倍的效果！另外，數(shù)據(jù)庫構(gòu)建也是一個(gè)發(fā)高分文章的途徑，【生信日?qǐng)?bào)】可以提供特色數(shù)據(jù)庫構(gòu)建、免費(fèi)思路評(píng)估、付費(fèi)生信分析和方案設(shè)計(jì)以及實(shí)驗(yàn)項(xiàng)目實(shí)施等服務(wù)，對(duì)數(shù)據(jù)庫構(gòu)建和生信分析感興趣的朋友可以咨詢小云哦！