大家好，歡迎觀看《時(shí)空日?qǐng)?bào)》第14期。本期追蹤到時(shí)空/單細(xì)胞組學(xué)相關(guān)研究文章共計(jì)6篇。以下是應(yīng)用時(shí)空云平臺(tái)STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、募集的巨噬細(xì)胞引發(fā)心房顫動(dòng)

Recruited macrophages elicit atrial fibrillation

Science?(New York, N.Y.); IF: 56.900; DOI: 10.1126/science.abq3061

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq分析，發(fā)現(xiàn)了心房顫動(dòng)中炎性單核細(xì)胞和SPP1+巨噬細(xì)胞的擴(kuò)增。結(jié)合細(xì)胞-細(xì)胞相互作用分析，發(fā)現(xiàn)SPP1是一種多效信號(hào)，其通過與局部免疫細(xì)胞和基質(zhì)細(xì)胞的串?dāng)_促進(jìn)心房顫動(dòng)，并確認(rèn)SPP1+巨噬細(xì)胞可作為心房顫動(dòng)免疫治療的靶點(diǎn)。

2、iSMOD：基于圖像的單細(xì)胞多組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合瀏覽器

iSMOD: an integrative browser for image-based single-cell multi-omics data

Nucleic Acids Research; IF: 14.900 ; DOI: 10.1093/nar/gkad580

內(nèi)容概要：介紹了一種名為iSMOD的綜合瀏覽器，用于收集和瀏覽基于DNA和RNA熒光原位雜交的基因組和轉(zhuǎn)錄組圖像數(shù)據(jù)，以及與核蛋白質(zhì)相關(guān)的蛋白質(zhì)組數(shù)據(jù)，以揭示基因調(diào)控與染色質(zhì)、mRNA和關(guān)鍵蛋白質(zhì)的空間位置之間的關(guān)系。iSMOD整合了來自20,000多篇已發(fā)表論文的多組學(xué)研究，是揭示疾病分子靶點(diǎn)、探索生物現(xiàn)象背后的工作機(jī)制以及在虛擬細(xì)胞核中整合3D多組學(xué)數(shù)據(jù)的重要工具。

3、MSI高轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌的轉(zhuǎn)錄組標(biāo)志物預(yù)測免疫檢查點(diǎn)抑制劑的療效

Transcriptomic signatures of MSI-high metastatic colorectal cancer predict efficacy of immune checkpoint inhibitors

Clinical Cancer Research; IF: 11.500; DOI: 10.1158/1078-0432.CCR-22-3964

內(nèi)容概要：通過對(duì)兩組接受免疫檢查點(diǎn)抑制劑（immune checkpoint inhibitors，ICI）治療的微衛(wèi)星不穩(wěn)定性（microsatellite instability，MSI）轉(zhuǎn)移性結(jié)直腸癌（metastatic colorectal cancers，mCRC）患者隊(duì)列（探索性：N=103，驗(yàn)證性：N=35）進(jìn)行3'RNAseq分析，發(fā)現(xiàn)三組具有不同腫瘤微環(huán)境細(xì)胞組成和腫瘤微環(huán)境/腫瘤細(xì)胞增殖能力的MSI mCRCs，其中“stromalHIGH-proliferationLOW”細(xì)胞簇與ICI治療預(yù)后不良相關(guān)。

4、TLR2在巨噬細(xì)胞和體內(nèi)對(duì)結(jié)核分枝桿菌的群體和亞群體反應(yīng)中是非冗余的

TLR2 is non-redundant in the population and subpopulation responses to?Mycobacterium tuberculosis?in macrophages and in?vivo

mSystems; IF: 6.400; DOI: 10.1128/msystems.00052-23

內(nèi)容概要：采用無偏見的方法來確定宿主對(duì)結(jié)核分枝桿菌反應(yīng)的最核心途徑，研究了純化的結(jié)核分枝桿菌產(chǎn)品或活細(xì)菌感染如何不同地觸發(fā)個(gè)體途徑，并考慮這些途徑如何在細(xì)胞培養(yǎng)和感染小鼠中通知亞群反應(yīng)的出現(xiàn)。了解個(gè)體相互作用和免疫途徑如何促進(jìn)結(jié)核病中的炎癥，為開發(fā)精確的治療干預(yù)措施鋪平了道路。

5、骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移中免疫抑制微環(huán)境的新見解

A new insight of immunosuppressive microenvironment in osteosarcoma lung metastasis

Experimental Biology and Medicine?(Maywood, N.J.); IF: 3.200; DOI: 10.1177/15353702231171900

內(nèi)容概要：對(duì)先前已發(fā)表的包含來自2例骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移和5例正常肺組織的75,317個(gè)細(xì)胞的scRNA-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行進(jìn)一步的生物信息學(xué)分析，發(fā)現(xiàn)骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移具有高度的腫瘤內(nèi)異質(zhì)性，其中巨噬細(xì)胞沒有明顯的M1或M2極化。T細(xì)胞是所有細(xì)胞簇中最豐富的，CD8+T細(xì)胞在骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移中表達(dá)的免疫檢查點(diǎn)水平較低。此外，CD63可能在決定T細(xì)胞和惡性細(xì)胞在常規(guī)型骨肉瘤肺轉(zhuǎn)移中的浸潤方面發(fā)揮著重要作用。最后，該研究揭示了惡性細(xì)胞亞簇C1_Therapeutic cluster對(duì)氧嘧啶-KIAA0907和美托伐他汀-KIAA0907敏感。

6、單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組分析鑒定與主要肝癌亞型相關(guān)的新生物標(biāo)志物

Single-cell transcriptome analysis identifies novel biomarkers involved in major liver cancer subtypes

Functional and Integrative Genomics; IF: 2.900; DOI: 10.1007/s10142-023-01156-3

內(nèi)容概要：結(jié)合來自肝細(xì)胞癌（hepatocellular carcinoma ，HCC）、肝內(nèi)膽管癌（intrahepatic cholangiocarcinoma，ICC）和健康scRNA-seq數(shù)據(jù)集的51,927個(gè)單細(xì)胞，系統(tǒng)地表征了肝癌亞型的腫瘤異質(zhì)性。通過細(xì)胞間通訊分析，揭示了HCC中T細(xì)胞與NK細(xì)胞之間的關(guān)鍵相互作用，以及ICC中平滑肌細(xì)胞與上皮細(xì)胞之間的相互作用。此外，SOX4和DTHD1是HCC中的top差異表達(dá)基因（DEGs），而角蛋白和CCL4是ICC中的top DEGs。DEGs的富集分析顯示，HCC中的主要上調(diào)基因影響蛋白質(zhì)折疊機(jī)制，而ICC中的主要上調(diào)基因改變了涉及細(xì)胞粘附的通路。

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