首先，在https://cytoscape.org/網(wǎng)站下載cytoscape軟件并安裝好，注意本軟件需要安裝java

其次，獲取基因間相互關(guān)系的數(shù)據(jù)，以本文為例，通過(guò)WGCNA獲取不同基因間共表達(dá)的數(shù)據(jù)，數(shù)據(jù)的格式見(jiàn)下圖（可以只保留前三項(xiàng)）

（1）導(dǎo)入數(shù)據(jù)

通過(guò)“Import-Network from File”選項(xiàng)卡導(dǎo)入文件

（2）標(biāo)記列屬性

軟件讀取文件后，需要標(biāo)記每列的屬性

其中一列為source Node，一列為Target Node，還有一列為Edge Atrribute

（3）網(wǎng)絡(luò)屬性計(jì)算

選擇利用軟件自身帶的算法計(jì)算網(wǎng)絡(luò)的相關(guān)屬性，這部分內(nèi)容可以用于后續(xù)計(jì)算邊和點(diǎn)的屬性

（4）按自定義屬性對(duì)網(wǎng)絡(luò)中的點(diǎn)進(jìn)行分組

首先，將準(zhǔn)備好的分組文件導(dǎo)入其中，其中圖1中的DEG_group3.txt文件內(nèi)容為圖2，每列之間以制表符進(jìn)行分割

導(dǎo)入文件后，會(huì)彈出下列窗口，注意，需要將下圖的復(fù)選框留空

最后，通過(guò)“Group Attributes Layout-All Nodes-color2”選項(xiàng)根據(jù)分組文件中color中自定義的屬性（一般是以相同的名字為一組）將不同組node分開(kāi)

即可得到下面這種分組圖形，其中每一組以圓形進(jìn)行展示，圖1-9對(duì)應(yīng)“color2”中的不同分組

（5）單組nodes編輯

在分組完成后，用Ctrl并按住鼠標(biāo)右鍵即可選擇你想選擇的分組nodes，即可對(duì)每一組進(jìn)行自定義操作。當(dāng)然，如果需要也可以點(diǎn)擊一個(gè)個(gè)的點(diǎn)進(jìn)行操作。

注意，右下角的這三個(gè)需要全部標(biāo)藍(lán)，這樣方便操作。

最終附上官方網(wǎng)頁(yè)繪制好的cytoscape圖

三 慣例小結(jié)

另外，進(jìn)一步推廣一下我開(kāi)發(fā)的相關(guān)軟件，Multi-omics Hammer軟件和Multi-omics Visual軟件。文末是本公眾號(hào)在其他平臺(tái)的賬戶，也歡迎大家關(guān)注并多提意見(jiàn)。簡(jiǎn)書：WJ的生信小院（已經(jīng)開(kāi)始更新啦）博客園：生信小院（開(kāi)始更新啦）最后，也歡迎各位大佬能夠在本平臺(tái)上：1傳播和講解自己發(fā)表的論文；2：發(fā)表對(duì)某一科研領(lǐng)域的看法；3：想要達(dá)成的合作或者相應(yīng)的招聘信息；4：展示自己以尋找博后工作或者博士就讀的機(jī)會(huì);5:博導(dǎo)提供博后工作或者博士攻讀機(jī)會(huì)，都可以后臺(tái)給筆者留言。希望本平臺(tái)在進(jìn)行生信知識(shí)分享的同時(shí)，能夠成為生信分析者的交流平臺(tái)，能夠?qū)崿F(xiàn)相應(yīng)的利益互補(bǔ)和雙贏（不一定能實(shí)現(xiàn)，但是夢(mèng)想總得是有的吧）。