"Ginkgo未來(lái)或?qū)⒊蔀槊绹?guó)生物技術(shù)及制造產(chǎn)業(yè)的重要一環(huán)。"

作者：Emilia

編輯：tuya

美東時(shí)間2022年10月17日，美國(guó)合成生物平臺(tái)Ginkgo Bioworks（DNA.US）宣布與美國(guó)情報(bào)界的研發(fā)部門：情報(bào)高級(jí)研究項(xiàng)目活動(dòng) (IARPA,?The Intelligence Advanced Research Projects Activity)和美國(guó)非營(yíng)利性工程創(chuàng)新公司Draper聯(lián)合完成 IARPA 的“尋找工程相關(guān)指標(biāo)” (FELIX, Finding Engineering-Linked Indicators) 計(jì)劃。

該計(jì)劃旨在增強(qiáng)和改進(jìn)當(dāng)前的生物檢測(cè)和生物監(jiān)視能力。目前用于檢測(cè)生物工程跡象的方法通常成本高、速度慢，并且只能檢測(cè)所有可能的基因修飾的一個(gè)子集。Ginkgo 與 IARPA 合作開發(fā)了一套初始計(jì)算工具，稱為ENDAR（工程核苷酸檢測(cè)和排序），可幫助訓(xùn)練有素的分析師識(shí)別下一代測(cè)序 (NGS) 數(shù)據(jù)集中的基因工程。

該軟件旨在使科學(xué)家能夠大規(guī)模檢測(cè)工程 DNA。ENDAR 工具和方法旨在針對(duì)可能在復(fù)雜、多物種環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的一系列生物有機(jī)體工作，可以對(duì)工程生物體的存在提供早期警報(bào)，并幫助加快適當(dāng)?shù)姆磻?yīng)，從而減輕不利后果。

在《Ginkgo Bioworks宣布與默克公司合作改善藥物成分制造工程，潛在收入高達(dá)1.44億美元》中，《財(cái)經(jīng)涂鴉》曾經(jīng)提及，在疫情影響下，“逆全球化”的風(fēng)險(xiǎn)加劇，《財(cái)經(jīng)涂鴉》認(rèn)為，Ginkgo未來(lái)或?qū)⒊蔀槊绹?guó)生物技術(shù)及制造產(chǎn)業(yè)的重要一環(huán)，實(shí)現(xiàn)美國(guó)將生物產(chǎn)業(yè)由離岸外包轉(zhuǎn)向本土制造的愿景，而不僅僅只是一家以商業(yè)化盈利為目的的合成生物平臺(tái)。

Draper 開發(fā)了一個(gè)新的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，以幫助檢測(cè)和識(shí)別樣本何時(shí)包含基因工程生物系統(tǒng)。根據(jù)與 IARPA 的合同，Draper 對(duì) FELIX 的貢獻(xiàn)包括開發(fā)基于實(shí)驗(yàn)室的基因測(cè)試、定制的生物信息學(xué)管道，將 DNA 測(cè)序數(shù)據(jù)和小型化微陣列硬件關(guān)聯(lián)起來(lái)，所有這些都旨在表征否則無(wú)法檢測(cè)到的基因工程。潛在應(yīng)用包括生物威脅檢測(cè)、環(huán)境監(jiān)測(cè)和食品檢驗(yàn)。

該活動(dòng)將設(shè)有一個(gè)小組，參與者包括 IARPA 主任 Catherine Marsh；IARPA 項(xiàng)目經(jīng)理 David A. Markowitz；Ginkgo Bioworks 設(shè)計(jì)主管 Joshua Dunn；Draper 首席科學(xué)家和機(jī)器智能組負(fù)責(zé)人 Laura Seaman；和Draper生物微系統(tǒng)集團(tuán)技術(shù)人員高級(jí)成員Erin Rosenberger。

IARPA 項(xiàng)目經(jīng)理 David A. Markowitz 表示：“通過(guò)在 FELIX 項(xiàng)目上的工作，Ginkgo 和 Draper 為生物檢測(cè)界取得了兩項(xiàng)重大突破，在復(fù)雜生物樣本中檢測(cè)基因工程的能力長(zhǎng)期以來(lái)一直是登月計(jì)劃中的一個(gè)目標(biāo)，這些新能力有望改變國(guó)家生物安全工作?！?/p>

Draper 首席科學(xué)家和機(jī)器智能小組負(fù)責(zé)人 Laura Seaman 表示：“在 Draper，我們相信基因編輯技術(shù)的進(jìn)步正在為生物安全創(chuàng)造新的機(jī)會(huì)，在 FELIX 計(jì)劃下，我們開發(fā)了一種設(shè)備以及相關(guān)的實(shí)驗(yàn)室和計(jì)算方法，這些方法足夠靈敏，可以在包含數(shù)百萬(wàn)自然生物的復(fù)雜環(huán)境背景中挑選出工程生物，該方法的信噪比（the signal-to-noise ratio）相比目前已有的方法有了顯著的提升?！?/p>

Ginkgo Bioworks 首席執(zhí)行官兼聯(lián)合創(chuàng)始人 Jason Kelly 表示：“Ginkgo對(duì)工程生物學(xué)的承諾有著核心信念，即為社會(huì)、環(huán)境和我們的健康帶來(lái)好處的一種蓬勃發(fā)展的生物經(jīng)濟(jì)。我們非常關(guān)心通過(guò)確保以負(fù)責(zé)任的方式設(shè)計(jì)和部署生物學(xué)來(lái)實(shí)現(xiàn)這一愿景。通過(guò)與 IARPA 合作，我們開發(fā)了一種全新的生物安全能力，這將增強(qiáng)我們檢測(cè)、表征和應(yīng)對(duì)生物威脅的能力。我們很高興能夠探索將 ENDAR 部署為我們?nèi)蛏锇踩脚_(tái)不可或缺的組成部分的機(jī)會(huì)。"