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題目：DDK復(fù)合物在肝癌中的表達(dá)及預(yù)后意義分析

雜志：BMC cancer

影響因子：4.638

發(fā)表時間：2023年1月

數(shù)據(jù)信息

研究思路

分別從TCGA數(shù)據(jù)庫和GEO數(shù)據(jù)庫中下載HCC mRNA表達(dá)譜和相應(yīng)的HCC患者臨床資料。分析腫瘤組織與鄰近正常組織中DBF4依賴激酶(DDK)復(fù)合物成員CDC7激酶及其調(diào)節(jié)亞基DBF4的表達(dá)差異，采用組織芯片(TMA)進(jìn)行免疫組化(IHC)染色，對CDC7的表達(dá)進(jìn)行評估和評分。采用Kaplan-Meier法和Cox回歸法分析患者總生存期與臨床特征的關(guān)系。采用基因集富集分析(GSEA)分析DBF4和CDC7通路的富集情況。

主要研究結(jié)果

1.?DDK復(fù)合物在HCC組織中的表達(dá)

分析TCGA數(shù)據(jù)集發(fā)現(xiàn)DBF4和CDC7在HCC腫瘤組織中均顯著高表達(dá)(圖1B)。根據(jù)在線分析平臺發(fā)現(xiàn)DBF4和CDC7在所有TCGA腫瘤類型中高度相關(guān)，尤其是在HCC中(圖1C-D)。GEO數(shù)據(jù)集得到類似結(jié)果(圖1E)。

圖1.DDK復(fù)合物在HCC中的表達(dá)

Western?blot實(shí)驗(yàn)進(jìn)一步證實(shí)了DBF4和CDC7在HCC組織中的表達(dá)升高(圖2A)。進(jìn)一步分析DDK復(fù)合體成員在不同臨床狀態(tài)下的表達(dá)情況，發(fā)現(xiàn)DBF4、CDC7表達(dá)與腫瘤分級、分期呈正相關(guān)，在臨床分期、分級越高的肝癌晚期患者中，表達(dá)越高(圖2B-C)。

圖2. DDK復(fù)合物表達(dá)與HCC患者臨床特征的關(guān)系

通過多因素Cox比例風(fēng)險回歸分析發(fā)現(xiàn)DBF4、CDC7均為HCC患者的獨(dú)立危險因素(圖3A、B)。Kaplan-Meier Plotter顯示，DBF4、CDC7表達(dá)越高的HCC患者OS、RFS、DSS越差(圖3C、D)。

圖3. TCGA數(shù)據(jù)集中DDK復(fù)合體的預(yù)后價值

2.?CDC7在HCC患者中的預(yù)后價值并與腫瘤細(xì)胞增殖相關(guān)

利用組織芯片進(jìn)行免疫組化檢測DDK復(fù)合體成員的表達(dá)（ps：因?yàn)樽髡邲]有找到適合用于IHC的DBF4抗體，因此只檢測了CDC7）。與TCGA數(shù)據(jù)集的結(jié)果一致，單因素和多因素分析顯示CDC7表達(dá)與OS密切相關(guān)，CDC7表達(dá)較低的患者OS明顯較長。

分析了CDC7High和CDC7Low腫瘤樣本的細(xì)胞增殖狀態(tài)，在CDC7High的腫瘤組織中觀察到更多的腫瘤細(xì)胞增殖。

圖4. CDC7的免疫組化檢測

3.?功能富集分析

通過pearson相關(guān)分析篩選TCGA HCC數(shù)據(jù)中與DBF4或CDC7呈正相關(guān)或負(fù)相關(guān)的基因，然后在Linkedomics在線網(wǎng)站上進(jìn)行GSEA，確定這些基因所屬于的信號通路。結(jié)果表明，高表達(dá)的DDK復(fù)合物成員促進(jìn)DNA復(fù)制，從而促進(jìn)腫瘤細(xì)胞增殖，DDK復(fù)合物可以通過這種方式促進(jìn)HCC的發(fā)展。

圖5. pearson相關(guān)和GSEA分析結(jié)果

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總結(jié)

這篇文章的分析內(nèi)容比較簡單，都是常規(guī)的分析方法，創(chuàng)新點(diǎn)就是同時分析了2個基因與預(yù)后的相關(guān)性、2個基因的共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)和功能富集分析。

除此之外，雙基因還能分析免疫細(xì)胞浸潤：

雙基因也能進(jìn)行泛癌分析：

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單基因做多了，來個雙基因分析思路也不錯，能夠讓審稿人眼前一亮，那文章的接收函不就到手了嗎？如果你還苦惱于課題或分析沒有思路，或者雙基因生信分析感興趣的小伙伴快來聯(lián)系小云吧！