? ? ? ? 許多現(xiàn)存教程是先把命令放上，最后再寫踩坑，導致學的人再踩一遍坑，下幾天再刪了重下或者改命令，很坑。 這里主要根據(jù)github官方文獻，報錯后參考了許多已有教程的有效部分。

主要難點是Database的下載，

Tip1: Database不要放到alphafold的目錄下，會導致docker占用空間太大。

Tip2：輸入的下載目錄一定要是絕對路徑，否則會報錯。

Tip3：一開始運行download_all_data.sh腳本，報錯后，不要刪掉已經(jīng)下載的文件然后重新運行這個腳本。而是看報錯的是哪個文件，前面下載的如果沒報錯，則只刪掉這個文件，運行alphafold/scripts下對應的腳本就可以了。

download_all_data.sh <下載目錄>這個腳本是個坑，境內(nèi)的網(wǎng)基本不可能無錯下載全部文件，我試了4次，不行。

一共需要這么多文件

? ? ? ?上面是github官網(wǎng)的截圖，也不是實時更新的，有些項會更大。下面是我23年6月下載后的實際大小。

git clone https://github.com/deepmind/alphafold

cd alphafold

?cd ../

?mkdir Database

Database最好不要在alphafold文件夾下，說是會導致docker過大。這里有的教程會有如下命令，是用conda安裝時配置環(huán)境所用，我最后沒用conda，不需要下面命令

# stereo_chemical_props.txt下載 ，

wget -P alphafold/alphafold/common/ https://git.scicore.unibas.ch/schwede/openstructure/-/raw/7102c63615b64735c4941278d92b554ec94415f8/modules/mol/alg/src/stereo_chemical_props.txt （后面conda安裝時用到，.txt文件在alphafold/alphafold/common路徑）

sudo bash /絕對路徑/download_all_data.sh /絕對路徑/Database

按順序下載到pdb_mmcif這里會報錯，前面的bfd,mgnify,params,pdb70是下載成功的。

pdb_mmcif是20萬個文件的文件夾，按腳本中的命令運行，即使有些文件沒有下載完成也不會報錯，會導致后面運行時出問題。有攻略使用多線程同步（https://www.rehiy.com/post/134），實際運行中10線程會中斷，換5線程，換日本的源都不行先放著。不知道是運氣好還是改了確實有用，運行下面命令

cat /etc/rsyncd.conf

在打開的文件中改參數(shù)，最后是這個樣子

uid = nobody

gid = nobody

use chroot = no

max connections = 24

pid file = /var/run/rsyncd.pid

Exclude = lost+found

Transfer logging = yes

Timeout = 90000000

Ignore nonreadable = yes

Don’t compress = *.gz *.tgz *.zip *.z *.Z *.rpm *.deb *.bz2

其他沒改，就把use chroot改成no

?max connections從4改成24

?timeout原先是900，加了幾個0.?

然后下載速度就8.2 MB/s, 兩個小時下好了。

? ? ? ? pdb_seqres, raw, uniref30三個，運行alphafold/scripts文件里對應的腳本就行了。命令格式和download_all_data.sh一樣。此外，下載了bfd,就不需要small_bfd(這個是空間不足時使用的）。

? ? ? ? uniref90也是個坑，使用自帶的腳本，或者迅雷，IDM都不行，最后會卡死，超時斷開。

采用axel下載，沒安裝的這樣安裝

sudo apt-get install axel

（如果是Red-hat，Cent-OS系統(tǒng)sudo yum install axel）

隨后cd 到想要下載的目錄，輸入下面命令下載

axel -n 24 ftp://ftp.uniprot.org/pub/databases/uniprot/uniref/uniref90/uniref90.fasta.gz

? ? ? ? 實測速度比較穩(wěn)定，查了下，還有斷點續(xù)傳功能，中斷了重新輸入上述命令就行。（我為什么會知道，uniref90這個網(wǎng)址就是不穩(wěn)定，有些時間段死活連不上，當時用原腳本，aria2改線程數(shù)都沒大用，等了段時間還是用axel下載完的）

? ? ?

? 下載好后是解壓，正常做法是注釋掉download_uniref90.sh腳本中的下載行命令，再執(zhí)行修改后的腳本，但是我此時還不會，注釋掉后，解壓后刪除的是解壓后文件而不是另外兩個文件。(后來才想到目錄中是aria2未完全下載的，解壓后會不見gzip: uniref90.fasta.gz: unexpected end of file）

只好cd到下載的壓縮文件所在目錄

gunzip uniref90.fasta.gz

? ? ? ? 最后的uniprot，依舊不耐煩等，cd到要下載的位置，采用axel多線程下載

sudo axel -n 24 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_trembl.fasta.gz

?sudo axel -n 24 https://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete/uniprot_sprot.fasta.gz

注釋掉scripts/download_uniprot.sh中這三行

sudo bash download_uniprot.sh?/絕對路徑/Database

至此所有database文件齊活了。