Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40956-w

內(nèi)容概要：通過單細胞轉(zhuǎn)錄組分析證實了激素受體表達（hormone receptor expression，HR-）乳腺上皮細胞的擴增，這些細胞表達了Tetraspanin-8（Tspan8）和Thrsp等與復制應(yīng)激生存相關(guān)的基因。此外，CRISPR/Cas9介導的Tspan8或Thrsp基因敲除可以防止Brca2?HR-乳腺上皮細胞的擴增。這些發(fā)現(xiàn)表明，Brca2細胞在復制應(yīng)激后會激活轉(zhuǎn)錄反應(yīng)，通過表達干擾素響應(yīng)和乳腺泡狀基因，選擇性地促進HR-乳腺上皮細胞的生長。

2、通過使用scProjection將RNA測量投影到單細胞圖譜中以提取細胞類型特異性表達譜

Projecting RNA measurements onto single cell atlases to extract cell type-specific expression profiles using scProjection

Nature Communications; IF:16.600; DOI: 10.1038/s41467-023-40744-6

內(nèi)容概要：介紹了一種名為scProjection的方法，該方法可以將多模式單細胞RNA測量映射到深度測序的scRNA-seq圖譜上，以提取細胞類型特異性的單細胞基因表達譜，還可以用于識別空間轉(zhuǎn)錄組測序中的空間模式，區(qū)分空間和多模式單細胞測量中相鄰細胞的RNA貢獻，并從基因標記中推斷未測量基因的表達測量值。

3、空間轉(zhuǎn)錄組學技術(shù)促進癌癥研究

Spatially resolved transcriptomics technology facilitates cancer research

Advanced Science; IF:15.100; DOI: 10.1002/advs.202302558

內(nèi)容概要：空間分辨轉(zhuǎn)錄組學（spatially resolved transcriptomics，SRT）技術(shù)可以探索特定細胞的空間背景與其功能之間的關(guān)系，特別是在癌癥研究中，可以揭示基因表達和細胞功能在空間位置上的未被重視的關(guān)系。該綜述重點介紹了基于下一代測序的SRT技術(shù)的發(fā)展和應(yīng)用，并強調(diào)了這些技術(shù)在癌癥研究中揭示腫瘤細胞和周圍非惡性細胞相互作用的未知空間位置方面的主要成就。

4、單細胞分辨率分析揭示棉花側(cè)生分生組織干細胞微環(huán)境重編程的準備工作

Single-cell resolution analysis reveals the preparation for reprogramming the fate of stem cell niche in cotton lateral meristem

Genome Biology; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13059-023-03032-6

內(nèi)容概要：利用單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)，發(fā)現(xiàn)在外部刺激下，主要的維管細胞是發(fā)生細胞命運轉(zhuǎn)變的主要細胞類型。此外，還鑒定了參與再生的新基因，包括CSEF，PIS1，AFB2，ATHB2，PLC2和PLT3。通過CRISPR/Cas9編輯和過表達實驗，證明了LAX2，LAX1和LOX3在愈傷組織增殖和植物再生中發(fā)揮重要作用。

5、SCA：通過基于信息的降維恢復單細胞異質(zhì)性

SCA: recovering single-cell heterogeneity through information-based dimensionality reduction

Genome Biology; IF:12.300; DOI: 10.1186/s13059-023-02998-7

內(nèi)容概要：介紹了一種名為surprisal component analysis (SCA)的新型信息論降維技術(shù)，可以更好地發(fā)掘單細胞數(shù)據(jù)集中細微的細胞亞群，提高信號提取的意義。SCA不僅可以發(fā)現(xiàn)臨床重要的細胞毒性T細胞亞群，還可以顯著提高下游數(shù)據(jù)插補的效果。

6、富氫甲烷生成是厭氧阿米巴變形蟲專性互養(yǎng)共生體的關(guān)鍵過程

Hydrogenotrophic methanogenesis is the key process in the obligately syntrophic consortium of the anaerobic ameba?Pelomyxa schiedti

ISME Journal; IF:11.000; DOI: 10.1038/s41396-023-01499-6

內(nèi)容概要：通過單細胞基因組和轉(zhuǎn)錄組分析，發(fā)現(xiàn)在厭氧變形蟲（Pelomyxa schiedti，P. schiedti）共生體中，P. schiedti的纖維素分解活性產(chǎn)生簡單糖，供其自身代謝和Candidatus（Ca.）Vesiculincola pelomyxae代謝使用，而Ca. Syntrophus pelomyxae則依賴于環(huán)境中的丁酸和異戊酸進行能量代謝。研究還發(fā)現(xiàn)，Ca. Methanoregula pelomyxae的產(chǎn)甲烷作用對于該共生體系的生存至關(guān)重要。

7、Remibrutinib（LOU064）在多發(fā)性硬化癥臨床前模型中抑制由B細胞和骨髓細胞驅(qū)動的神經(jīng)炎癥

Remibrutinib (LOU064) inhibits neuroinflammation driven by B cells and myeloid cells in preclinical models of multiple sclerosis

Journal of Neuroinflammation; IF:9.300; DOI: 10.1186/s12974-023-02877-9

內(nèi)容概要：介紹了一種名為Remibrutinib（LOU064）的布魯頓氏酪氨酸激酶（Bruton’s tyrosine kinase，BTK）抑制劑。通過使用兩種不同的實驗性自身免疫性腦脊髓炎（experimental autoimmune encephalomyelitis，EAE）小鼠模型評估了Remibrutinib的療效和作用機制，發(fā)現(xiàn)該藥物通過抑制致病性B細胞自身免疫反應(yīng)以及作用于小膠質(zhì)細胞直接抗炎，在多發(fā)性硬化癥（multiple sclerosis，MS）的預臨床模型中發(fā)揮作用。

8、甲狀腺激素受體α1：甲狀腺癌細胞分化的新調(diào)節(jié)因子

Thyroid hormone receptor α1: a novel regulator of thyroid cancer cell differentiation

Oncogene; IF:8.000; DOI: 10.1038/s41388-023-02815-2

內(nèi)容概要：研究了甲狀腺激素受體α1（thyroid hormone receptor α1，TRα1）在甲狀腺癌細胞分化中的作用。通過對癌癥基因組數(shù)據(jù)庫的分析，發(fā)現(xiàn)高度去分化的甲狀腺未分化癌（anaplastic thyroid cancer，ATC）中THRA基因表達喪失。此外，利用scRNA-seq證明TRα1通過多種信號通路作為轉(zhuǎn)錄因子抑制腫瘤生長，并將ATC細胞向分化狀態(tài)轉(zhuǎn)化。

9、克隆動力學和Stereo-seq揭示肺腺鱗癌的起源和表型可塑性

Clonal dynamics and Stereo-seq resolve origin and phenotypic plasticity of adenosquamous carcinoma

NPJ Precision Oncology; IF:7.900; DOI: 10.1038/s41698-023-00430-8

內(nèi)容概要：通過全外顯子測序、Stereo-seq和患者來源的異種移植，發(fā)現(xiàn)EGFR和MET激活突變是肺腺鱗癌（adenosquamous carcinoma，ASC）的主要驅(qū)動因素，且淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移和ASC組分具有相同的表型，基因組距離更近?？臻g轉(zhuǎn)錄組學分析推斷了從腺癌向鱗狀細胞癌的轉(zhuǎn)化，并在體內(nèi)進行了組織學捕獲。

10、scRNA-seq揭示惡性細胞來源的小型細胞外囊泡在人類乳腺癌中促進血管生成

Single-cell RNA sequencing reveals small extracellular vesicles derived from malignant cells that contribute to angiogenesis in human breast cancers

Journal of Translational Medicine; IF:7.400; DOI: 10.1186/s12967-023-04438-3

內(nèi)容概要：使用scRNA-seq技術(shù)分析了乳腺癌腫瘤微環(huán)境中的不同細胞亞群，發(fā)現(xiàn)小型細胞外囊泡（small extracellular vesicles，sEVs）來源于惡性細胞，通過PPP1R1B的轉(zhuǎn)移激活內(nèi)皮細胞，促進血管形成。該研究揭示了腫瘤內(nèi)皮細胞的異質(zhì)性和不同階段基因表達水平，為人類乳腺癌抗血管生成治療提供了新方向。

11、通過轉(zhuǎn)錄組和蛋白質(zhì)水平分析在頭頸部鱗狀細胞癌患者中鑒定新的癌癥相關(guān)成纖維細胞標志物

Novel CAF-identifiers via transcriptomic and protein level analysis in HNSC patients

Scientific Reports; IF:4.600; DOI: 10.1038/s41598-023-40908-w

內(nèi)容概要：通過公共數(shù)據(jù)和RNAseq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)TIMP-1、SPARC、COL1A2、COL3A1和COL1A1是潛在的癌癥相關(guān)成纖維細胞（cancer-associated fibroblast，CAF）標志物，并通過qPCR和免疫熒光實驗證實了它們的CAF特異性表達。此外，還發(fā)現(xiàn)COL1A2在FFPE切片的免疫組織化學分析中表現(xiàn)出更好的差異染色能力。

12、缺失解旋酶樣轉(zhuǎn)錄因子（Hltf）激活Hmgb1-Rage軸和顆粒酶A介導的胰島β細胞殺傷導致新生兒死亡

Helicase-like transcription factor (Hltf)-deletion activates Hmgb1-Rage axis and granzyme A-mediated killing of pancreatic β cells resulting in neonatal lethality

PloS One; IF:3.700; DOI: 10.1371/journal.pone.0286109

內(nèi)容概要：通過全身和β細胞特異性的Hltf敲除小鼠模型，發(fā)現(xiàn)免疫活性（immune competent，IC）?Hltf?敲除（knockout，KO）小鼠在新生兒期死亡，而免疫缺陷（immune deficient，ID）?Hltf?KO小鼠存活正常。進一步的轉(zhuǎn)錄組分析表明，IC?Hltf?KO小鼠中Hmgb1-Rage軸和先天免疫細胞基因表達上調(diào)，顆粒酶A（granzyme A，GzmA）介導的細胞死亡機制被激活。

13、綜合分析人類骨關(guān)節(jié)炎軟骨下骨髓病變的bulk和單細胞轉(zhuǎn)錄組

Comprehensive analysis on subchondral bone marrow lesions of human osteoarthritis by integrating bulk and single-cell transcriptomes

BMC Musculoskeletal Disorders; IF:2.300; DOI: 10.1186/s12891-023-06676-4

內(nèi)容概要：通過對軟骨下骨樣本進行bulk RNA-seq和骨髓損傷（bone marrow lesion，BML）特異性差異表達基因分析以及多個生物信息學分析和驗證獨立數(shù)據(jù)集，確定了IL11和VCAN是BMLs的核心中心基因。使用兩種新開發(fā)的轉(zhuǎn)錄組學數(shù)據(jù)解卷積算法（MuSiC，MCP-counter）估計軟骨下細胞類型組成，發(fā)現(xiàn)異位軟骨細胞簇在BMLs中豐富，并與中心基因的表達呈正相關(guān)。

14、DHX36通過解開G四鏈體維持基因組完整性

DHX36 maintains genomic integrity by unwinding G-quadruplexes

Genes to Cells; IF:2.100; DOI: 10.1111/gtc.13061

內(nèi)容概要：該研究發(fā)現(xiàn)DHX36可以在體內(nèi)和體外解開G四鏈體（G-quadruplex，G4）-DNA，且與G4-DNA有空間相關(guān)性，揭示了DHX36可以通過促進G4-DNA的清除來抑制DNA損傷，從而促進細胞生長和存活。

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