基因組瀏覽器可以直觀的展示基因組及其各種注釋信息，是展示NGS數(shù)據(jù)和分析結(jié)果的利器。在維基百科中，將基因組瀏覽器定義為一種展示生物數(shù)據(jù)庫中基因組學(xué)數(shù)據(jù)的圖形化界面，可以用于展示和查看基因結(jié)構(gòu)，蛋白，基因表達(dá)，調(diào)控，突變，比較基因組等多種信息的軟件。

基因組瀏覽器有很多種，常見的幾種列表如下：

1. UCSC Genome Browser

2. Ensembl Genome Browser

3. JBrowse

4. IGV

其中前三者都是基于網(wǎng)頁的，而IGV則提供了獨(dú)立的安裝包，允許在本地運(yùn)行。IGV由大名鼎鼎的Broad Institue團(tuán)隊(duì)開發(fā)和維護(hù)。

官網(wǎng)如下：https://software.broadinstitute.org/software/igv/

該軟件支持芯片數(shù)據(jù)，NGS數(shù)據(jù)，基因組注釋等多種類型的數(shù)據(jù)，除了本地化安裝外，也提供了web服務(wù)。

網(wǎng)址如下：https://igv.org/app/

無需下載安裝，只需聯(lián)網(wǎng)，打開瀏覽器即可使用。本地化的軟件采用java語言進(jìn)行開發(fā)。

下載地址如下：https://software.broadinstitute.org/software/igv/download

支持Windows, Mac, Linux多種平臺(tái)，同時(shí)還提供了命令行版本的運(yùn)行工具igvtools。軟件的安裝非常簡(jiǎn)單，直接下載對(duì)應(yīng)平臺(tái)的安裝包即可。安裝好之后，雙擊圖標(biāo)即可啟動(dòng)，界面如下：

1. 導(dǎo)入?yún)⒖蓟蚪M

默認(rèn)情況下，軟件會(huì)導(dǎo)入hg19的參考基因組，可以看到是從亞馬遜的云服務(wù)器上下載了一個(gè)后綴為.genome的文件，該文件包含了基因組的序列和基因結(jié)構(gòu)信息。導(dǎo)入之后，就可以按照染色體名稱，染色體區(qū)域或者基因名稱來快速查看感興趣的基因組區(qū)域。

在這個(gè)服務(wù)器上，還提供了很多其他的基因組文件，通過點(diǎn)擊菜單欄的Genomes->Load Genome From Server, 可以查看所有支持的物種，圖示如下：

如果你的物種不在這個(gè)列表內(nèi)，或者你想用自己的數(shù)據(jù)來構(gòu)建參考基因組，也是可以的。利用基因組序列和基因結(jié)構(gòu)信息，自己構(gòu)建一個(gè).genome的文件，然后導(dǎo)入到軟件中即可。

2. ?導(dǎo)入需要展示的數(shù)據(jù)

基因組導(dǎo)入之后，參考坐標(biāo)系就有了。接下來就是導(dǎo)入需要展示的數(shù)據(jù)，IGV支持多種格式的數(shù)據(jù)，圖示如下：

利用文件后綴來識(shí)別不同的格式，通過點(diǎn)擊菜單欄的Files->Load From File按鈕，即可導(dǎo)入。不同格式的文件展示形式不同，以tdf等定量結(jié)果為例，默認(rèn)的展示結(jié)果是柱狀圖，示意如下：

左側(cè)為track name, 右側(cè)為數(shù)據(jù)的柱狀圖展示，并且標(biāo)記處了數(shù)據(jù)的范圍，右鍵點(diǎn)擊這個(gè)track, 可以設(shè)置tack name, track height, color等屬性。

以上就是IGV的基本用法。IGV在ChIP_seq, m6AATAC等文章中使用廣泛，可以很好的展示reads的分布情況，示例如下：

將IGV的原始輸出結(jié)果用PS等工具進(jìn)行排版和美化，就可以實(shí)現(xiàn)上圖中的效果。

文章來源：生信修煉者