hello，你知道如何使用survminer繪制不同種類(lèi)的生存曲線(xiàn)嘛？今天小云就來(lái)詳細(xì)教大家如何使用并繪制屬于你自己的生存曲線(xiàn)！感興趣的話(huà)就和小云一起看下去吧！

什么是survminer？

survminer是一個(gè)在R語(yǔ)言中用于可視化生存分析結(jié)果的強(qiáng)大包。它是基于ggplot2和survival包構(gòu)建而成，提供了豐富而靈活的功能，可以幫助研究人員更好地理解和展示生存數(shù)據(jù)。

使用survminer包，你可以輕松地創(chuàng)建生存曲線(xiàn)、風(fēng)險(xiǎn)表、累積發(fā)病率圖以及危險(xiǎn)率函數(shù)等。它提供了許多可自定義的選項(xiàng)，包括曲線(xiàn)顏色、圖例、文字樣式、字體大小等，可以根據(jù)需求創(chuàng)建出精美的生存分析圖形。

除了基本的生存曲線(xiàn)繪制外，survminer還支持在同一圖中繪制多個(gè)分組的生存曲線(xiàn)，比如按照不同的組別、性別或治療方案等進(jìn)行分組。這樣可以更直觀(guān)地比較不同組別之間的生存情況。

此外，survminer還提供了添加置信區(qū)間、p值、風(fēng)險(xiǎn)表和其他自定義函數(shù)的選項(xiàng)，可以進(jìn)一步豐富和擴(kuò)展生存分析的可視化。

總之，survminer是一個(gè)功能強(qiáng)大且易于使用的R包，可以幫助研究人員有效地可視化和解釋生存分析結(jié)果，從而更深入地理解數(shù)據(jù)中的生存模式和趨勢(shì)。

survminer繪制生存曲線(xiàn)

安裝和加載survminer包

對(duì)于survminer包的安裝，可以通過(guò)以下兩種方法來(lái)下載哦，大家根據(jù)自己的情況自行選擇~

#方法一
install.packages("survminer")
#方法二
if (!require(devtools)) install.packages("devtools")
devtools::install_github("kassambara/survminer")
#導(dǎo)入R包
library("survminer")

數(shù)據(jù)準(zhǔn)備

對(duì)于今天的數(shù)據(jù)集，我們使用survival包自帶肺癌數(shù)據(jù)集：lung來(lái)進(jìn)行，大家可以替換為自己研究的數(shù)據(jù)來(lái)進(jìn)行后續(xù)的研究哦~

# 導(dǎo)入數(shù)據(jù)集
#調(diào)用生存曲線(xiàn)中另一常用的survival包
require("survival")
#survival包自帶肺癌數(shù)據(jù)集：lung，查看數(shù)據(jù)樣式
head(lung)
#survival包中的Sruv函數(shù)可以創(chuàng)建一個(gè)生存對(duì)象
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data = lung)

我們導(dǎo)入的數(shù)據(jù)集格式如下：

繪制生存曲線(xiàn)

繪制單一組別的生存曲線(xiàn)：

# 使用ggplot2繪制生存曲線(xiàn)
ggsurvplot(fit, color = "#2E9FDF")

繪制的生存曲線(xiàn)如下：

接下來(lái)，我們來(lái)繪制兩組別的生存曲線(xiàn)：

# 根據(jù)性別繪制生存曲線(xiàn)
fit <- survfit(Surv(time, status) ~ sex, data = lung)
ggsurvplot(fit)

繪制的效果圖如下：

在上面繪制的基礎(chǔ)上，我們還可以改變文字大小、字體和顏色哦：

# 改變標(biāo)題、軸標(biāo)簽和刻度文本的字體大小
ggsurvplot(fit, title = "Survival curve",
?? ? ? ? ? font.title = 18,
?? ? ? ? ? font.x = 16,
?? ? ? ? ? font.y = 16,
?? ? ? ? ? font.tickslab = 14)

# 改變標(biāo)題、軸標(biāo)簽和刻度文本的字體大小、字體樣式和顏色
ggsurvplot(fit, title = "Survival curve",
?? ? ? ? ? font.title = c(16, "bold", "darkblue"),
?? ? ? ? ? font.x = c(14, "bold.italic", "red"),
?? ? ? ? ? font.y = c(14, "bold.italic", "darkred"),
?? ? ? ? ? font.tickslab = c(12, "plain", "darkgreen"))

我們來(lái)看下效果圖：

改變曲線(xiàn)類(lèi)型和顏色：

# 改變曲線(xiàn)的尺寸、類(lèi)型、x軸的時(shí)間間隔、調(diào)色板、添加置信區(qū)間和p值
ggsurvplot(fit, size = 1,
?? ? ? ? ? linetype = "strata",
?? ? ? ? ? break.time.by = 250,
?? ? ? ? ? palette = c("#E7B800", "#2E9FDF"),
?? ? ? ? ? conf.int = TRUE,
?? ? ? ? ? pval = TRUE)

接下來(lái)，小云要為曲線(xiàn)添加風(fēng)險(xiǎn)表啦，代碼如下：

# 添加風(fēng)險(xiǎn)表
ggsurvplot(fit, pval = TRUE,
?? ? ? ? ? conf.int = TRUE,
?? ? ? ? ? risk.table = TRUE,
?? ? ? ? ? risk.table.y.text.col = TRUE)

接下來(lái)，我們來(lái)繪制轉(zhuǎn)換生存曲線(xiàn)：

# 繪制累積發(fā)病率圖
ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE,
?? ? ? ? ? palette = c("#FF9E29", "#86AA00"),
?? ? ? ? ? risk.table = TRUE,
?? ? ? ? ? risk.table.col = "strata",
?? ? ? ? ? fun = "event")

# 繪制危險(xiǎn)率函數(shù)
ggsurvplot(fit, conf.int = TRUE,
?? ? ? ? ? palette = c("#FF9E29", "#86AA00"),
?? ? ? ? ? risk.table = TRUE,
?? ? ? ? ? risk.table.col = "strata",
?? ? ? ? ? fun = "cumhaz")

累積病發(fā)率圖：

危險(xiǎn)率函數(shù)圖：

以上就是使用survminer包繪制生存曲線(xiàn)的基本教程。大家可以根據(jù)需要自定義曲線(xiàn)的樣式、顏色和添加其他可選項(xiàng)哦。怎么樣，是不是很簡(jiǎn)單！你學(xué)會(huì)怎么繪制了嘛？更多學(xué)習(xí)干貨要繼續(xù)多多關(guān)注小云哦！