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【R】SSR分子標(biāo)記純合/雜合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)

2022-05-21 11:09 作者:伏見(jiàn)鎖骨上的印記_  | 我要投稿

????某些作物名為自交系,實(shí)則純度不達(dá)標(biāo),內(nèi)含混雜。通過(guò)對(duì)其分子標(biāo)記結(jié)果進(jìn)行純合/雜合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì),查看哪些樣品可能為混雜樣。

????目的:SSR分子標(biāo)記對(duì)樣本基因型進(jìn)行鑒定,統(tǒng)計(jì)其純合/雜合位點(diǎn)數(shù)。

? ? 解決思路:使用R對(duì)數(shù)據(jù)進(jìn)行處理。原始數(shù)據(jù)讀取→分析基因型結(jié)果→將純合位點(diǎn)記錄為0,雜合位點(diǎn)記錄為1,生成對(duì)應(yīng)數(shù)據(jù)矩陣。

? ? 解決方法

原始數(shù)據(jù)與最終輸出文件

Fig.1 左圖為原始數(shù)據(jù),右圖為輸出數(shù)據(jù)

**另者可使用EXCEL對(duì)其基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行處理,純合位點(diǎn)記錄為0,雜合位點(diǎn)記錄為1。

公式:=IF(LEFT(A2,FIND("/",A2)-1)=RIGHT(A2,FIND("/",A2)-1),0,1)【此處的A2即為要處理的單元格

缺點(diǎn):不適用于處理大量數(shù)據(jù)(因其需要拉一個(gè)與原始數(shù)據(jù)一樣大小規(guī)格的表格)。


【最復(fù)雜的代碼,做最簡(jiǎn)單的事?!?/span>

【R】SSR分子標(biāo)記純合/雜合位點(diǎn)統(tǒng)計(jì)的評(píng)論 (共 條)

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