爾云間? 一個(gè)專門做科研的團(tuán)隊(duì)

歡迎點(diǎn)贊+收藏+關(guān)注

生信人R語(yǔ)言學(xué)習(xí)必備

立刻擁有一個(gè)Rstudio賬號(hào)

開啟升級(jí)模式吧

（56線程，256G內(nèi)存，個(gè)人存儲(chǔ)1T）

• hi！今天，小果要再給大家介紹一個(gè)好用的免疫浸潤(rùn)工具包。

• 在這個(gè)教程中，我將介紹如何使用 GSVA 包實(shí)現(xiàn)對(duì)基因數(shù)據(jù)集的免疫浸潤(rùn)分析，并根據(jù)結(jié)果繪制 Boxplot 圖，以比較不同樣本分類之間的細(xì)胞浸潤(rùn)水平差異。感興趣的話就和小果一起來(lái)看吧！

GSVA包的安裝與導(dǎo)入

準(zhǔn)備數(shù)據(jù)

首先，我們需要準(zhǔn)備兩個(gè)數(shù)據(jù)文件：

一個(gè)包含基因表達(dá)信息的數(shù)據(jù)文件?：tumor_all_gene_exp.txt。該文件的每一列表示一個(gè)基因，在不同樣本中的表達(dá)情況以數(shù)字表示。

一個(gè)包含基因集信息的符合 MMC3 數(shù)據(jù)庫(kù)格式的文件：mmc3.csv。該文件包含多個(gè)基因集（pathway），每個(gè)基因集有一個(gè)唯一的編號(hào)和名稱，每一條記錄代表該基因集中的一個(gè)基因。

小果溫馨提示，對(duì)于這兩個(gè)文件，其行名和列名需與代碼相應(yīng)位置要求一致，否則后續(xù)操作可能會(huì)出錯(cuò)哦！

#讀入基因表達(dá)數(shù)據(jù)和基因集信息:

數(shù)據(jù)預(yù)處理

將 gene_set 中的基因按照基因名稱分組，以便后續(xù)直接輸入 GSVA 函數(shù)中使用。

接下來(lái)，我們使用 gsva 函數(shù)計(jì)算基因集變化分析指標(biāo)（GSVA），gsva()函數(shù)是一種基于非參數(shù)方法的通路富集分析（Pathway Enrichment Analysis）工具，而通路富集分析也是免疫浸潤(rùn)分析中常見的一個(gè)應(yīng)用哦！它用于計(jì)算基因表達(dá)譜中每個(gè)樣本與指定基因集的關(guān)聯(lián)程度，將其轉(zhuǎn)化為一個(gè)連續(xù)值得分。

最后，我們并結(jié)果存儲(chǔ)到 cellInfiltration_matrix_score.csv 文件中。

運(yùn)行上述代碼后，會(huì)在工作目錄中生成一個(gè)名為 cellInfiltration_matrix_score.csv 的文件，其中包含了每個(gè)樣本在不同基因集中的 GSVA 得分哦。

至此，我們已經(jīng)完成了GSVA對(duì)基因表達(dá)數(shù)據(jù)的計(jì)算分析，我們先來(lái)看一下計(jì)算之后的部分結(jié)果是什么樣吧！

繪制箱線圖實(shí)現(xiàn)結(jié)果可視化

計(jì)算完成后，我們?nèi)绾螌⒔Y(jié)果可視化展示出來(lái)呢？和小果一起來(lái)看一下吧！

接下來(lái)，我們將使用 ggplot2、ggpubr 和 ggsignif 包進(jìn)行繪圖。

首先讀入數(shù)據(jù)文件和樣本信息文件：

將 data 中的 cluster 列替換為樣本分組信息并調(diào)整列的順序：

data$cluster=group$Group

data=data[,c(29,1:28)]

將調(diào)整后的數(shù)據(jù)存儲(chǔ)到表格文件?中。

write.csv(data,"28cell_boxplot_data.csv")

讀入上述表格文件：

使用 ggplot2、ggpubr、ggsignif 包生成 Boxplot 圖，并設(shè)置 Boxplot 的相關(guān)參數(shù)與格式，最終輸出 28cell_3cluster_boxplot.pdf 文件，具體的代碼流程我們一起來(lái)看一下：

#導(dǎo)入所需R包

運(yùn)行上述代碼后，會(huì)在工作目錄中生成一個(gè)名為 28cell_3cluster_boxplot.pdf 的文件，其中包含了繪制好的 Boxplot 圖哦！

小果再次提醒：以上代碼僅為示例，實(shí)際使用時(shí)需要根據(jù)自己的數(shù)據(jù)、分析需求和環(huán)境對(duì)參數(shù)進(jìn)行相應(yīng)調(diào)整哦！

好啦，現(xiàn)在我們一起來(lái)看一下最后繪制的結(jié)果長(zhǎng)什么樣吧！

怎么樣，今天的R包你學(xué)會(huì)怎么用了嘛?

“生信果”，生信入門、R語(yǔ)言、生信圖解讀與繪制、軟件操作、代碼復(fù)現(xiàn)、生信硬核知識(shí)技能、服務(wù)器、生物信息學(xué)的教程，以及基于R的分析和可視化等原創(chuàng)內(nèi)容，一起見證小白和大佬的成長(zhǎng)。