以下是劇情（某些情節(jié)與上一版沖突，以此文為準(zhǔn)）：

特殊的改寫：南極決戰(zhàn)中，盟軍的悖論引擎即將被摧毀時(shí)，指揮官將引擎方向?qū)?zhǔn)巨塔后啟動(dòng)超時(shí)空傳送儀想要率部逃往北極信號(hào)發(fā)出點(diǎn)，但是由于天秤的攻擊，超時(shí)空傳送儀被損壞出現(xiàn)故障，將眾人傳送到美國(guó)厄普西隆占領(lǐng)區(qū)，導(dǎo)致被俘。

數(shù)十年前，尤里帶領(lǐng)著一群心靈能力者開始了漫長(zhǎng)的旅程，而現(xiàn)在尤里已經(jīng)犧牲了，但旅程并未結(jié)束。南極決戰(zhàn)后，第一異教接過(guò)了這一使命，帶上了一群新的追隨者，成立了“心靈先驅(qū)”，走向世界各地。異教第一個(gè)前往的地區(qū)便是尤里身死之處，在克里姆林宮里和將軍一番交涉后，異教下令重組了蘇維埃最高指揮部，由蘇聯(lián)將軍擔(dān)任領(lǐng)導(dǎo)者，并解除了對(duì)最高指揮部成員的心靈支配。于是，蘇俄和厄普西隆的力量與科技幾乎混合在了一起，在莫斯科，尤里和鮑里斯的雕塑竟然同時(shí)矗立著。但并非所有人都能接受這一切，尤其是蘇聯(lián)將軍，他們只是暫時(shí)的合作，以讓自己的人民過(guò)上更好的日子，沒(méi)有人知道這次合作會(huì)在什么時(shí)候突然結(jié)束。新的最高指揮部并沒(méi)有恢復(fù)和月球的通訊，因?yàn)橹笓]部的組成十分復(fù)雜，既有庫(kù)可夫和雷澤諾夫這樣的不愿屈服的斗士，又不乏忠于尤里的狂熱的異教們。

當(dāng)異教們查閱蘇聯(lián)的作戰(zhàn)記錄時(shí)，第一異教對(duì)核子米格戰(zhàn)機(jī)產(chǎn)生了極大的興趣，他認(rèn)為這將是未來(lái)對(duì)抗悖論引擎的最佳武器，同時(shí)開始考慮如何在未來(lái)應(yīng)對(duì)類似天啟坦克和半機(jī)械人的強(qiáng)大威脅。在歐洲，第一異教注意到了仍然在發(fā)展的頂尖工程學(xué)——圣騎士坦克；在英國(guó)，異教想起來(lái)《天賜》的經(jīng)歷，看著修好了的命運(yùn)科技機(jī)庫(kù)，異教決定也制造一臺(tái)強(qiáng)大的空中要塞；在美國(guó)，異教觀看了風(fēng)暴之子，王蛇戰(zhàn)機(jī)，獅心王轟炸機(jī)等戰(zhàn)機(jī)群的演習(xí)。

并非所有的異教們都狂熱的信奉尤里，尤其是在看到蘇聯(lián)在新的最高指揮部帶領(lǐng)下迅速發(fā)展后，幾位異教確信心靈控制存在弊端，領(lǐng)袖也決定進(jìn)行一些從未嘗試過(guò)的實(shí)驗(yàn)——適當(dāng)解除某些地區(qū)的心靈控制。這項(xiàng)工作被交給了保護(hù)過(guò)巨塔的第二異教，而他選擇了非洲。盡管心靈終結(jié)儀成功啟動(dòng)了，但是天蝎組織的反抗者們?nèi)匀辉诶蒙窠?jīng)毒素對(duì)抗厄普西隆的心靈支配，因此，世界各地都在運(yùn)送資源到非洲來(lái)鎮(zhèn)壓這唯一的反抗者們，第二異教也利用這一機(jī)會(huì)開始了非洲的建設(shè)。在夾縫中生存的馬爾翁一行人逐漸走向窮途末路，只好向美國(guó)阿拉斯加最北部轉(zhuǎn)移，希望能夠找到拉什迪的“盟友”。

焚風(fēng)特殊任務(wù)：障眼法

天蝎反抗軍在被追殺之際急中生智，派遣了僅有的幾位心靈專家暗中操縱了一處厄普西隆的造船廠，馬爾翁帶領(lǐng)一群敢死隊(duì)突襲厄普西隆基地，在被追擊的途中故意走向一處絕路，并引爆了預(yù)先藏好的一大堆油桶。最終馬爾翁死在了這場(chǎng)爆炸當(dāng)中——這是厄普西隆軍得出的結(jié)論，馬爾翁其實(shí)利用隱形的本領(lǐng)提前逃走了。在“得知馬爾翁犧牲的消息后”，天蝎反抗軍宣布“投降”，在神經(jīng)毒素用完之前暗中利用造船廠的運(yùn)輸船盡可能地挑準(zhǔn)機(jī)會(huì)前往美國(guó)，“犧牲”的馬爾翁也一同前往。自此第二異教宣布成立“天蝎聯(lián)邦”進(jìn)行和平建設(shè)，以“天蝎領(lǐng)袖”的身份進(jìn)行了解除心控的實(shí)驗(yàn)，并發(fā)展出一套新的科技，同時(shí)率部前往歐洲，美國(guó)等地協(xié)助心靈先驅(qū)管理和搜集科技。甚至當(dāng)命運(yùn)科技機(jī)庫(kù)重新恢復(fù)生產(chǎn)時(shí)，第二異教接過(guò)了倫敦要塞重建的任務(wù)

南極決戰(zhàn)后，諸異教們總結(jié)了經(jīng)驗(yàn)與教訓(xùn)，認(rèn)為除了要建立強(qiáng)大的南極防線以外，還要再設(shè)一層防線，第三異教（拯救過(guò)天秤）提議以非洲南部，澳洲群島，南美洲南部為主力據(jù)點(diǎn)，在海上連成一道防御陣線，而拉恩認(rèn)為為了對(duì)抗超時(shí)空傳送技術(shù)，應(yīng)當(dāng)把重心放在南極防線上。最終領(lǐng)袖決定同時(shí)采用兩種提議，組建起“邊界守衛(wèi)”，保護(hù)總部和巨塔的安全

在希望角，焚風(fēng)反抗軍成功地聯(lián)系上了月球蘇軍，并利用搜集到的厄普西隆火箭遺骸和零件以及月球蘇軍提供的火箭藍(lán)圖成功復(fù)原了登月火箭，可是由于屏障的保護(hù)，飛上去后必定有去無(wú)回，于是反抗軍裝載了大量的資源，一輛激動(dòng)建設(shè)車和幾位技師前往月球支援建設(shè)，同時(shí)派遣了大量千里眼機(jī)器人和幾名心靈能力者前往外界搜集信息，因此聯(lián)系上了馬爾翁。為了重返世界，反抗軍聯(lián)系月球蘇軍，想用太空核彈激怒厄普西隆，將其注意力轉(zhuǎn)移到月球，蘇軍同意了這次行動(dòng)。

月球蘇軍沖巨塔發(fā)射了大量太空核彈，大部分都被天劍防御系統(tǒng)網(wǎng)絡(luò)攔截了，一枚漏網(wǎng)的核彈砸在了巨塔附近，由于心靈能量源的保護(hù)，巨塔不受絲毫影響，可這一事件無(wú)疑讓和平建設(shè)中的厄普西隆驚醒了。其實(shí)厄普西隆早就觀測(cè)到焚風(fēng)反抗軍的復(fù)原火箭升空了，領(lǐng)袖也開始生產(chǎn)登月火箭，但是沒(méi)想到月球蘇軍會(huì)這么快發(fā)動(dòng)致命沖擊。

厄普西隆戰(zhàn)役：紅色的月亮

當(dāng)異教在莫斯科和將軍共同舉辦聯(lián)合閱兵時(shí)，南極總部傳來(lái)了致命沖擊降臨的消息……在異教的指揮下，4艘裝載著核彈的火箭撞向了月面（地圖的四個(gè)角），隨著爆炸的結(jié)束，另外4艘登月火箭幾乎同時(shí)在月球核爆處著陸，第二異教率領(lǐng)天蝎聯(lián)邦降落在左下角，拉恩率領(lǐng)邊界守衛(wèi)降落在右下角，第三異教率領(lǐng)新加入厄普西隆的盟蘇混合部隊(duì)降落在左上角，第一異教率領(lǐng)心靈先驅(qū)降落在右上角。

本關(guān)中各陣營(yíng)解鎖部分科技：每個(gè)子陣營(yíng)都可以生產(chǎn)一個(gè)伊利卡拉，心靈先驅(qū)解鎖心靈禁衛(wèi)坦克，惡靈控制機(jī)和蟲群女王，天蝎聯(lián)邦解鎖沙丘特種兵和清道夫，邊界守衛(wèi)解鎖夢(mèng)魘特種兵和火蜥蜴，混合軍隊(duì)沒(méi)啥新科技但有兩家建設(shè)車

敵方科技：蘇俄和最后堡壘，蘇俄解鎖天啟坦克和半機(jī)械先驅(qū)，地圖上有4個(gè)百夫長(zhǎng)，最后堡壘解鎖塞泰龍弩炮和未來(lái)坦克

劇情：剛開始時(shí)蘇軍向地球發(fā)射了剩余的所有太空核彈，一段時(shí)間后收到地面軍隊(duì)通訊，稱美國(guó)厄普西隆大型要塞受到太空核彈打擊，天劍防御系統(tǒng)故障導(dǎo)致無(wú)法防御，導(dǎo)致心靈控制增幅器被毀，大片地區(qū)陷入混亂，一支前所未見(jiàn)的軍隊(duì)從阿拉斯加來(lái)襲；蘇軍劣勢(shì)時(shí)出動(dòng)半機(jī)械鮑里斯，第一異教將心靈能量源目標(biāo)調(diào)整為自己，親自出動(dòng)，玩家需要保護(hù)心靈能量源不被摧毀，以保證異教的心靈力量（因此血量很高），并保護(hù)異教，使其控制鮑里斯

就像當(dāng)年尤里控制沃爾科夫一樣，異教成功控制了鮑里斯并將其帶回，蘇軍大勢(shì)已去，發(fā)射火箭向地球逃亡，四名異教（拉恩也是）迅速率部返回地球，留下部分部隊(duì)重建月球

焚風(fēng)戰(zhàn)役：摧枯拉朽

焚風(fēng)先用千里眼滲透潘多拉樞紐或雷達(dá)旋塔，揭示天劍防御系統(tǒng)的位置，隨后觀測(cè)到了厄普西隆火箭升空。焚風(fēng)派出間諜（是心靈能力者）滲透天劍防御系統(tǒng)使其癱瘓，緊接著通知蘇軍發(fā)射太空核彈，致命沖擊過(guò)后，焚風(fēng)反抗軍主力從希望角傾巢而出，摧毀沿途幾個(gè)心靈信標(biāo)后收到月球蘇軍信號(hào)，稱月球失守，只得返回地球。途中馬爾翁等人會(huì)加入。經(jīng)過(guò)信息收集得知萌指并未陣亡，正在從“尤里頓”前往支援厄普西隆軍