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群組變量選擇、組懲罰group lasso套索模型預(yù)測(cè)新生兒出生體重風(fēng)險(xiǎn)因素?cái)?shù)據(jù)和交叉驗(yàn)證

2023-07-03 22:45 作者:拓端tecdat  | 我要投稿

原文鏈接:http://tecdat.cn/?p=25158

最近我們被客戶要求撰寫(xiě)關(guān)于lasso的研究報(bào)告,包括一些圖形和統(tǒng)計(jì)輸出。

本文介紹具有分組懲罰的線性回歸、GLM和Cox回歸模型的正則化路徑。這包括組選擇方法,如組lasso套索、組MCP和組SCAD,以及雙級(jí)選擇方法,如組指數(shù)lasso、組MCP

還提供了進(jìn)行交叉驗(yàn)證以及擬合后可視化、總結(jié)和預(yù)測(cè)的實(shí)用程序。

本文提供了一些數(shù)據(jù)集的例子;涉及識(shí)別與低出生體重有關(guān)的風(fēng)險(xiǎn)因素?(?查看文末了解數(shù)據(jù)獲取方式?)?。結(jié)果是連續(xù)測(cè)量(bwt,以公斤為單位的出生體重),也可以是二分法(低),即新生兒出生體重低(低于2.5公斤)。

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原始設(shè)計(jì)矩陣由 8 個(gè)變量組成,此處已將其擴(kuò)展為 16 個(gè)特征。例如,有多個(gè)種族指標(biāo)函數(shù)(“其他”是參考組),并且已經(jīng)使用多項(xiàng)式對(duì)比擴(kuò)展了幾個(gè)連續(xù)因素(例如年齡)(樣條曲線會(huì)給出類(lèi)似的結(jié)構(gòu))。因此,設(shè)計(jì)矩陣的列被?分組;這就是_組_的設(shè)計(jì)目的。分組信息編碼如下:

group

在這里,組是作為一個(gè)因子給出的;唯一的整數(shù)代碼(本質(zhì)上是無(wú)標(biāo)簽的因子)和字符向量也是允許的(然而,字符向量確實(shí)有一些限制,因?yàn)榻M的順序沒(méi)有被指定)。要對(duì)這個(gè)數(shù)據(jù)擬合一個(gè)組套索lasso模型。

gLas(X,?y,grup)

然后我們可以用以下方法繪制系數(shù)路徑

plot

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R語(yǔ)言實(shí)現(xiàn)貝葉斯分位數(shù)回歸、lasso和自適應(yīng)lasso貝葉斯分位數(shù)回歸分析

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請(qǐng)注意,當(dāng)一個(gè)組進(jìn)入模型時(shí)(例如,綠色組),它的所有系數(shù)都變成非零;這就是組套索模型的情況。要想知道這些系數(shù)是什么,我們可以使用coef。

請(qǐng)注意,在λ=0.05時(shí),醫(yī)生的就診次數(shù)不包括在模型中。

為了推斷模型在各種 λ值下的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性,進(jìn)行交叉驗(yàn)證。

cv(X,?y,?grp)

可以通過(guò)coef以下方式獲得與最小化交叉驗(yàn)證誤差的 λ?值對(duì)應(yīng)的系數(shù)?:

coef(cvfit)

預(yù)測(cè)值可以通過(guò) 獲得?predict,它有許多選項(xiàng):

predict?#?對(duì)新觀察結(jié)果的預(yù)測(cè)

predicttype="ngroups"?#?非零組的數(shù)量

?#?非零組的身份

nvars?#?非零系數(shù)的數(shù)量

predict(fit?#?非零系數(shù)的身份

原始擬合(對(duì)完整數(shù)據(jù)集)返回為fit; 其他幾種懲罰是可用的,邏輯回歸和 Cox 比例風(fēng)險(xiǎn)回歸的方法也是如此。

本文摘選?《?R語(yǔ)言群組變量選擇、組懲罰group lasso套索模型預(yù)測(cè)分析新生兒出生體重風(fēng)險(xiǎn)因素?cái)?shù)據(jù)和交叉驗(yàn)證、可視化?》?,點(diǎn)擊“閱讀原文”獲取全文完整資料。

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