在幕末動亂的年代，各勢力為各自的正義而毫不厭倦地戰(zhàn)斗。十四歲的劍心擁有無敵至上的劍術，在陸地上如同行走的黑船，想用劍術解救生活在苦難中的人們。但是，劍為殺器，劍術為殺人術，無論用多么華麗的辭藻修飾這都是不爭的事實。劍心成為長州蕃維新志士后，擔任殺手一職，在救人的同時毫不留情地殺人，成為那個年代令人聞風喪膽的劊子手拔刀齋。在保護他人的同時去殺人，在一次任務中擊殺了雪代巴的未婚夫清里明良，但其強烈的求生意志，在劍心的左臉上劃下了一道傷口，雪代巴為復仇與幕府合作，通過精心策劃，巴得以與劍心接觸，并伺機尋找劍心的弱點。巴在接觸劍心的過程中，深受其影響，兩人互相教會了對方很多東西，并在不知不覺中互相愛。幕府在確認劍心的劍術和殺氣因巴減弱后決定鏟除劍心，劍心在得知自己心愛的女人是間諜后心慌意亂，被幕府通過車輪戰(zhàn)消耗了實力。在劍心即將被殺時，雪代巴舍命擋在劍心身前為其承受敵人的攻擊，最終被失去聽覺和視覺的劍心同敵人一起誤殺。巴在自己臨死前用匕首在劍心左臉上留下一道傷痕，并在對劍心說出“對不起，夫君。”后死去，巴與清里留下的傷痕一起形成了十字疤，最終在心智未開的少年左臉和心中留下永遠無法磨滅的傷痕，巴死后，為了償還巴舍身救命的恩情和彌補殺人無數(shù)的罪過，劍心選擇更加努力地揮劍，直到新時代。在無數(shù)志士舍生忘死地奮戰(zhàn)后，終于取得了倒幕運動的勝利。新時代后，劍心選擇通過自己的逆刃刀去拯救目之所及的生活在水深火熱中的人們，用自己的一生去得到救贖，也為了巴，開啟了接下來的浪客之旅。