臺中二中畢業(yè)后，王曉波考入臺灣大學(xué)哲學(xué)系，成為著名邏輯學(xué)家、哲學(xué)家殷海光門下弟子。上世紀(jì)70年代日本在美國操縱下恣意侵占釣魚島，引發(fā)全球各地華人抗議，當(dāng)年10月，王曉波在《中華雜志》寫下“保衛(wèi)釣魚臺”文章，催生了臺灣的保釣運動。馬英九表示，臺灣保釣運動就是從王曉波開始，他是大家的精神領(lǐng)袖。

馬英九：他（王曉波）對臺灣有非常大的貢獻(xiàn)。臺灣的保釣運動，可以說就是他開始的。也因為這樣的關(guān)系，他成為大家一個精神的領(lǐng)袖。

1971年，王曉波獲得碩士學(xué)位，留在臺大哲學(xué)系擔(dān)任講師。因在臺大校園宣傳自由主義、介紹保釣運動，王曉波卷入“臺大哲學(xué)系事件”，被國民黨當(dāng)局以所謂“為匪宣傳”的罪名拘留問訊，不得不在1974年離開臺大。直到一九九七年，哲學(xué)系事件獲平反后，王曉波才復(fù)職重返臺大授課。

王曉波的政治立場鮮明，1976年后，先后參與創(chuàng)辦以反對所謂“臺灣獨立”、促進(jìn)中國民族統(tǒng)一等為宗旨的《夏潮》雜志、夏潮聯(lián)誼會，曾與已故作家陳映真創(chuàng)立“中國統(tǒng)一聯(lián)盟”，并擔(dān)任副主席，強(qiáng)力主張“中國統(tǒng)一”。

王曉波生前受訪（2015）：中國是臺灣人民的血脈淵源，中國是臺灣人民不可侮辱的尊嚴(yán)。兩岸統(tǒng)一在我們看來，其實是臺灣最大的政治利益。

身為著名的哲學(xué)及歷史學(xué)者，幾十年來，王曉波深入研究中國哲學(xué)與臺灣史，尤其是臺灣近代史，著有《臺灣史論集》、《臺灣抗日五十年》、《臺灣史與臺灣人》、《臺灣意識的歷史考察》等，不斷挖掘、弘揚臺灣人民的抗日事跡和愛國愛鄉(xiāng)土的光榮傳統(tǒng)，一生都在推動臺灣與中國文化的連結(jié)，強(qiáng)化中華文化在臺灣的傳承發(fā)展。1991年，王曉波創(chuàng)立《海峽評論》雜志并擔(dān)任總編輯，長期旗幟鮮明反對“臺獨”，反對島內(nèi)“去中國化”歷史教育，積極推動兩岸和平統(tǒng)一，被各界視為“臺灣統(tǒng)派的一面旗幟”。

王曉波生前受訪（2017）：我們臺灣統(tǒng)派就是這樣，我們臺灣的愛國主義者，我們在這個時候，我們是一向希望兩岸能夠和平統(tǒng)一，中國能夠民族復(fù)興。我們在臺灣苦心孤詣守著時間，看著中國（大陸）的崛起。到今天我們也可以這么說，祖國沒有辜負(fù)我們。