前列腺癌Panel cfDNA標(biāo)準(zhǔn)品
背景介紹
前列腺癌（PC）是世界上最常見(jiàn)的癌癥之一，是一種具有各種臨床結(jié)果的異質(zhì)性疾病。目前，液體活檢可使用ddPCR, NGS檢測(cè)低至2-10ng的DNA變異，但在整個(gè)過(guò)程中，如何密切模仿低輸入患者樣本的標(biāo)準(zhǔn)品對(duì)于檢測(cè)限(LOD)的確定、驗(yàn)證和常規(guī)檢測(cè)性能的監(jiān)測(cè)至關(guān)重要。
Horizon Discovery研發(fā)的前列腺癌panel cfDNA標(biāo)準(zhǔn)品是一種新的癌癥特異性液體活檢參考標(biāo)準(zhǔn)，也適用于微小殘留病灶(MRD)的檢測(cè)，可用作診斷、治療、監(jiān)測(cè)患者反應(yīng)的預(yù)測(cè)和預(yù)后工具。
該panel具有高度的特征，細(xì)胞系來(lái)源、可重復(fù)性高，可控制液體活檢過(guò)程 中每一步的變量。它由混合細(xì)胞系制備而成，包含15個(gè)臨床相關(guān)的突變，詳見(jiàn)表1：
產(chǎn)品特點(diǎn)
●?涵蓋9個(gè)基因的15個(gè)多重變異，包括SNV, indes和SVs
●?不同的突變頻率挑戰(zhàn)檢測(cè)極限
●?確保檢測(cè)性能end-to-end流程評(píng)估
●?校準(zhǔn)cfDNA物理參數(shù)的測(cè)量
●?加速、驗(yàn)證、標(biāo)準(zhǔn)化新型前列腺Panel的臨床應(yīng)用
產(chǎn)品信息
●片段大小：160bp
●單位規(guī)格：350ng/vial
●濃度：20ng/ul
開(kāi)發(fā)和驗(yàn)證研究
1）選擇含有致病體細(xì)胞變異的細(xì)胞系和經(jīng)基因工程編輯獲得所需特定位點(diǎn)變異的細(xì)胞系制備，覆蓋和前列腺癌中臨床最相關(guān)的通路。所有細(xì)胞系均經(jīng)驗(yàn)證，包括對(duì)每個(gè)感興趣基因的倍性分析、拷貝數(shù)測(cè)定；所有變異均經(jīng)Sanger測(cè)序和ddPCR證實(shí) (圖1)。
2）從經(jīng)驗(yàn)證后的細(xì)胞系中提取基因組DNA，并以特定的比例混合，產(chǎn)生含有不同突變頻率的多重混合物（圖2）。?
3）確保準(zhǔn)確性和一致性：選擇3個(gè)獨(dú)立生產(chǎn)批次的gDNA，超聲打斷至160bp后，使用TapeStation評(píng)估片段長(zhǎng)度、 Qubit dsDNA BR檢測(cè)濃度 (圖3)。
ScreenTape assay on the TapeStation system. All three batches of cfDNA are within the acceptance criteria for average size of 160bp (160bp + 10% 144bp-176bp).
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參考文獻(xiàn)
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