科研代碼分享|診斷列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線的構(gòu)建
你知道嗎?生信文章已經(jīng)開(kāi)始大量使用列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線了。今天小云教你用代碼做出SCI文章水準(zhǔn)的配圖!
科研有捷徑,輸入代碼,一鍵獲取科研成果!就是這么省事,來(lái)具體看下有多方便!
搜索http://985.so/a9kb查看全部代碼(目前共計(jì)50+持續(xù)新增中),也可以點(diǎn)擊右側(cè)【目錄】,可以看到更多有趣的代碼;真香提示:文末可以知道如何獲取代碼~?
列線圖(Alignment Diagram),又稱諾莫圖(Nomogram圖)可以用于多指標(biāo)聯(lián)合診斷或預(yù)測(cè)疾病發(fā)病或進(jìn)展。它是建立在多因素回歸分析的基礎(chǔ)上,將多個(gè)預(yù)測(cè)指標(biāo)進(jìn)行整合,然后采用帶有刻度的線段,按照一定的比例繪制在同一平面上,從而用以表達(dá)預(yù)測(cè)模型中各個(gè)變量之間的相互關(guān)系,在疾病診斷和臨床實(shí)踐中也逐漸得到了越來(lái)越多的關(guān)注和應(yīng)用。
臨床決策曲線分析(Decision Curve Analysis, DCA)是一種評(píng)估臨床預(yù)測(cè)模型、診斷試驗(yàn)和分子標(biāo)記物的簡(jiǎn)單方法。傳統(tǒng)的診斷試驗(yàn)指標(biāo)如:敏感性,特異性和ROC曲線下面積僅測(cè)量預(yù)測(cè)模型的診斷準(zhǔn)確性,未能考慮特定模型的臨床效用,而 DCA的優(yōu)勢(shì)在于它將患者或決策者的偏好整合到分析中。而這種理念的提出滿足了臨床決策的實(shí)際需要,在臨床分析中的應(yīng)用日益廣泛。?
小云最近發(fā)現(xiàn)已有大量研究將列線圖、校準(zhǔn)曲線、決策曲線和臨床影響曲線應(yīng)用于生信文章,如下圖。這是來(lái)自Am J Transl Res的一篇IF > 4分生信文章。

但是具體要如何實(shí)現(xiàn)??? 今天,小編以代碼提供的數(shù)據(jù)為例進(jìn)行說(shuō)明。?
代碼具體包括:
Step1 輸入數(shù)據(jù)及診斷列線圖構(gòu)建
Step2建立校準(zhǔn)曲線(診斷曲線)
Step3決策曲線分析(DCA曲線分析)
Step4臨床影響曲線分析
下面是代碼中附帶數(shù)據(jù)逐步分析結(jié)果





神奇吧,就是如此簡(jiǎn)單,我們用的都是入門(mén)級(jí)函數(shù),稍微懂點(diǎn)R語(yǔ)言就能實(shí)現(xiàn)。
如需代碼及示例數(shù)據(jù)等文件,請(qǐng)掃碼聊天框回復(fù) “B11”領(lǐng)?。?/span>
