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如何快速啟動siRNA文庫篩選

2022-12-28 16:03 作者:分子科普小feng子  | 我要投稿

您:小刀,我之前有聽過你的siRNA文庫講座,還挺感興趣的

您:但是我們實驗室沒有高通量儀器,也可以做siRNA文庫篩選嗎?會不會太麻煩?

我:不會很麻煩,小幾十個基因的篩選排槍就能搞定,高通量儀器一般適用于幾百、幾千或幾萬個基因的篩選

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您:之前沒做過siRNA篩選,我有點怕我操作不好

我:這個不用太擔心,基本的轉(zhuǎn)染操作和單基因一致,只不過通常是用96孔細胞板進行,所以需要多些細心和耐心

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您:好的,那我可以試試看

您:對了,你講座中提到的成品文庫,我看了下,這些基因家族分類和我想要研究的方向不能夠完美匹配呢

我:你說的是這些亞庫嘛?

我:這個問題不大,圖中所有文庫的基因列表我都有,你可以看看你的研究方向和哪套庫靠的上,然后挑選自己喜歡的基因進行定制。又或者你自己有想要研究的一些基因,可以直接發(fā)我,畢竟只要有5個基因就能定制文庫了,價格還劃算

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您:能定制還蠻不錯的,那我來看看能不能湊些基因出來給你

您:但是定制的規(guī)格、產(chǎn)品形式又是什么樣的?是不是和成品不一樣???

我:基本是一樣的,但是定制更靈活:規(guī)格上有0.1, 0.25, 0.5, 1, 2 nmol?5種可選,siRNA你可以選擇4條分裝的,也可以選擇SMARTpool形式的

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您:等等等,什么叫4條分裝,SMARTpool又是什么?

我:哈哈,講座沒認真聽吧,是這樣的,每個基因我們會提供4條不同的siRNA,4條分裝就是每條siRNA單獨放1個孔里,那SMARTpool就是把4條siRNA預混后共同放在1個孔里

?

您:那我要怎么選???哪種更合適呢?

我:做多個基因篩選的話,我是更建議選SMARTpool的,這樣你的轉(zhuǎn)染工作量就減少了3/4,而且SMARTpool沉默效果更好,畢竟4條不同的siRNA共同發(fā)揮作用,大哥不行還有二哥、三哥和四哥呢(奸笑的表情包)

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您:那沉默效率怎樣?有沒有做過驗證?。咳f一效果不好怎么辦?

我:這個可以放心,所有的siRNA出廠前都有做過驗證,而且是有沉默效率保障的,保證每個基因?qū)?條siRNA中至少有3條在mRNA水平上有≥75%的沉默效率,如果效果不好,提供陰陽性對照、siRNA的qPCR數(shù)據(jù),廠家是會賠付的

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您:OKK,那這個規(guī)格我咋選呢,我是想買個0.1nmol的,但是具體能做幾次篩選我有點慌?

我:和我想到一起去了,如果只是利用文庫做一下基因的初篩,那0.1nmol絕對夠用了

我:關于能做幾次篩選,這個取決于你最終轉(zhuǎn)染時siRNA的使用終濃度了。以96孔板篩選,25nM終濃度,每個基因3個復孔為例,大概可以支持個10次篩選左右

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您:這樣啊,那0.1nmol確實夠用了,篩到以后,我再單獨購買大規(guī)格的siRNA就是了,沒必要篩選的時候就買那么多,不劃算

我:對的,就是這個意思

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您:行,那我了解了,我現(xiàn)在就去找找基因去,你把泛素化集合相關的基因列表發(fā)我,我看看選一些,再把我手頭上有的基因列一列,到時發(fā)你

我:好噠,這是基因列表,請查收



參考軟文:(在公眾號“優(yōu)寧維分子生物”中進行查看)

1.?siRNA篩選小文庫,確定不來一套試試?

2.?高效基因篩選工具——去泛素化酶siRNA文庫的應用

3. siRNA——你不知道的那些小奧秘


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