質(zhì)粒小提、中提、大提實驗
1 前言說明
本課題組質(zhì)粒提取主要使用的是大腸桿菌轉(zhuǎn)化細胞(DH5α),其質(zhì)粒轉(zhuǎn)化實驗主要依據(jù)產(chǎn)品說明書。
而質(zhì)粒小提、中提、大提主要是提取量的差異,由于量的差異導(dǎo)致操作有些許不同,本實驗方案是收納及歸納個人在實驗過程中的執(zhí)行方案。
2 質(zhì)粒小提
2.1實驗設(shè)備及材料信息
2.1.1 試劑盒信息
QIAGEN Plasmid Midi Kit(12143)
2.1.2 離心機信息
型號:Eppendorf 5424R
適合離心管:1.5ml/2.0ml
最大轉(zhuǎn)速:21130g/15000rpm
2.1.3 分光光度計信息
型號:NANO-ONE
序列號:YN-N01-026
輸入電壓:DC12V
生產(chǎn)公司:杭州佑寧儀器有限公司
2.2實驗操作程序
1.取2ml菌液至2ml離心管中,離心:8000g-2min-25℃,結(jié)束后棄上清
2.沉淀中加入250ul P1 buffer(從冰箱中取用,注意是否已加(RNase I and blue),并吹打至重懸混勻(吹打應(yīng)當(dāng)輕緩)
3.加入250ul P2 buffer,立即溫和顛倒混勻5-10次(溶液呈藍色),充分混勻,室溫靜置2min
4.加入350ul P3 buffer,立即溫和顛倒混勻5-10次(溶液藍色消失),靜置2min
5.離心:20000g(最大轉(zhuǎn)速)-10min-25℃,結(jié)束后將上清轉(zhuǎn)移至吸附柱
6.離心:9000g(最大轉(zhuǎn)速)-30sec-25℃,棄掉收集管中的液體
7.在柱中加入500ul DW1(去蛋白),離心:9000g(最大轉(zhuǎn)速)-30sec-25℃,棄掉收集管中的液體
8.加入500ul Wash Solution,離心:9000g(最大轉(zhuǎn)速)-30sec-25℃,棄掉收集管中的液體(重復(fù)2次)
9.將空吸附柱再次離心,離心:9000g(最大轉(zhuǎn)速)-60sec-25℃
10.將吸附柱轉(zhuǎn)移至新的離心管中,在吸附柱膜中央加入30ul ddH2O,靜置3-5min,之后離心:9000g(最大轉(zhuǎn)速)-60s-25℃
11.使用分光光度計檢測小提濃度并做好記錄,例:質(zhì)粒完整名稱-濃度(ng/ul)-提取時間-操作者
3 質(zhì)粒中提
3.1實驗設(shè)備及材料信息
3.1.1試劑盒信息
QIAGEN Plasmid Mini Kit (12125)
3.1.2 離心機信息
型號:Eppendorf 5430R
序列號:5428EL5243
適合離心管:15ml/50ml
最大轉(zhuǎn)速:7197g
3.1.3 分光光度計信息
型號:NANO-ONE
序列號:YN-N01-026
輸入電壓:DC12V
生產(chǎn)公司:杭州佑寧儀器有限公司
3.2實驗操作程序
1.經(jīng)過大搖(培養(yǎng)基50ml)培養(yǎng)12-16h的細菌,轉(zhuǎn)移至50ml的離心管中
2.離心:4℃,6000g,15min
3.離心后,棄掉培養(yǎng)基,加4ml P1 Buffer (注意是否已加RNase I and blue,4℃儲存)重懸(溫和吹打,充分混勻)
4.開始加入4ml P2 Buffer(裂解液),靜置5min(時間要求精準(zhǔn)),上下混勻或者搖勻10次(P1有顯色劑,加入P2后,則溶液變藍)
5.時間到后, 立即加入4ml P3 Buffer,停止裂解,上下混勻或者搖勻直至藍色消失,埋入冰中,靜置15min。
6.時間到后,離心:4℃,7197g(離心機最大轉(zhuǎn)速),60min
7.離心結(jié)束后,取出,用擦手紙充當(dāng)濾紙進行過濾,轉(zhuǎn)移至另一個50ml離心管(注意從沉淀側(cè)對側(cè)傾倒液體)
8.與此同時,將吸附柱放在50ml離心管上,加4ml QBT過柱子(待用)
9.步驟7過濾后的上清液轉(zhuǎn)移至吸附柱(收集廢液離心管可以用舊的,減少浪費)
10.當(dāng)吸附柱無液體流出后,加入20ml QC Buffer(分兩次,每次加10ml),與此同時,將QF Buffer放入烘箱預(yù)熱50℃
11.取15ml 離心管,用封口膜和吸附柱纏在一起(扎幾個孔),向吸附柱加入5ml QF Buffer
12.當(dāng)吸附柱無液體流出后,拆開封口膜,在離心管中加入3.5ml 異丙醇(觀察到灰白色液體層,上下顛倒混勻,后離心,異丙醇的作用是沉淀DNA)
13.離心管離心:4℃,7000g,60min,棄上清(會觀察管底側(cè)有白色斑點,即DNA沉淀)
14.向離心管中加入70% 乙醇 2ml(從冰箱里拿),4℃,7000g,30min
15.步驟14棄掉上清后,打開蓋子,待乙醇揮發(fā)干凈,加入100ul ddH2O,進行溶解(放入烤箱10min)
16.使用分光光度計測濃度,先用溶解DNA的稀釋液ddH2O作為空白對照,后吸取提取產(chǎn)物1ul 測定濃度并記錄,例:質(zhì)粒完整名稱-濃度(ng/ul)-提取時間-操作者
4 質(zhì)粒大提
4.1實驗設(shè)備及材料信息
4.1.1試劑盒信息
The EndoFree Plasmid Maxi Kit (cat. no. 12362)-QIAGEN
4.1.2 離心機信息
型號:Eppendorf 5430R
序列號:5428EL5243
適合離心管:15ml/50ml
最大轉(zhuǎn)速:7197g
4.1.3 超微量分光光度計信息
型號:NANO-ONE
序列號:YN-N01-026
輸入電壓:DC12V
生產(chǎn)公司:杭州佑寧儀器有限公司
4.2實驗操作程序
1.將搖菌200ml的菌液(12-16h)分裝轉(zhuǎn)移至50ml離心管中(管壁,蓋子做好標(biāo)記)
2.離心:4℃,6000g,15min(注意配平問題)
3.離心后,棄掉培養(yǎng)基,加10 ml P1 Buffer (注意是否已加RNase I and blue, 4℃儲存)重懸(移液槍吹打,少許振蕩混勻也行)
4.開始加入10 ml P2 Buffer(裂解液),靜置5min(時間要求精準(zhǔn)),上下混勻或者搖勻10次(P1有顯色劑,加入P2后,則溶液變藍)
5.時間到后, 立即加入4ml P3 Buffer,停止裂解,上下混勻或者搖勻直至藍色消失
6.組裝過濾管(底部蓋子旋擰過濾管)(此時推塞不要安裝)
7.將步驟5所獲全部轉(zhuǎn)移至過濾管(兩管傾斜30°左右轉(zhuǎn)移,注意不要灑出),靜置10min
8.此時,準(zhǔn)備4只50ml離心管備用(管壁,蓋子做好標(biāo)記),待步驟7靜置結(jié)束后,旋開底部蓋子,上部安裝推塞,將液體轉(zhuǎn)移至準(zhǔn)備OK的離心管中。
9.于步驟8過濾液體中加入2.5ml的Buffer ER(去除內(nèi)毒素),于冰上靜置30min
10. 與此同時,將吸附柱放在50ml離心管上,加4ml QBT過柱子(待用)
11.將過濾液體緩慢傾倒在吸附柱
12.當(dāng)吸附柱無液體流出后,加入60ml QC Buffer(分兩次,每次加30ml)
13. 將向吸附柱轉(zhuǎn)移至新的50ml離心管中,并向吸附柱中加加入15ml QN Buffer洗脫DNA
14.棄掉吸附柱,向洗脫后的液體中加入10.5ml 異丙醇(0.7倍洗脫所得液體體積)
15. 離心:4℃,7197g,60min,棄上清(注意配平問題)(會觀察管底側(cè)有白色斑點,即DNA沉淀)
16.向離心管中加入70% 乙醇 5ml(從冰箱里拿),4℃,7197g,30min,棄上清(注意不要棄掉沉淀DNA,可能會漂?。?/p>
17.打開蓋子,待乙醇揮發(fā)干凈,加入200-500ul ddH2O,進行溶解(溶解液體視沉淀DNA大小而定)
18.使用分光光度計測濃度,先用溶解DNA的稀釋液ddH2O作為空白對照,后吸取提取產(chǎn)物1ul 測定濃度并記錄,例:質(zhì)粒完整名稱-濃度(ng/ul)-提取時間-操作者