大家好，歡迎觀看《時空日報》第46期。本期追蹤到時空/單細胞組學相關研究文章共計7篇。以下是應用時空云平臺STOmics Cloud的StereoCopilot模塊生成的文章概要，并輔以人工審核，供了解參考。

1、scPlantDB：用于探索植物細胞圖譜的細胞類型和標志物的綜合數(shù)據(jù)庫

scPlantDB: a comprehensive database for exploring cell types and markers of plant cell atlases

Nucleic Acids Research; IF:14.900; DOI: 10.1093/nar/gkad706

內(nèi)容概要：該研究構(gòu)建了一個名為scPlantDB的植物單細胞數(shù)據(jù)庫，整合了來自17個植物物種的67個高質(zhì)量數(shù)據(jù)集的單細胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，包括約250萬個細胞。該數(shù)據(jù)庫提供了單細胞水平的基因表達交互式可視化，可用于單數(shù)據(jù)集和多數(shù)據(jù)集分析。同時，它還提供了工具來識別和比較基于標志物的細胞類型，并進行系統(tǒng)比較和功能注釋。

2、油菜素內(nèi)酯信號傳導的細胞類型特異性衰減先于氣孔不對稱細胞分裂

Cell type-specific attenuation of brassinosteroid signaling precedes stomatal asymmetric cell division

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America; IF:11.100; DOI: 10.1073/pnas.2303758120

內(nèi)容概要：通過單細胞轉(zhuǎn)錄組測序，發(fā)現(xiàn)油菜素內(nèi)酯（brassinosteroid，BR）信號激活方式不同會產(chǎn)生不同的轉(zhuǎn)錄反應。研究表明，POLAR和其最近的同源物POLAR-LIKE1與BR INSENSITIVE2（BIN2）形成復合物時，BIN2對BR信號的敏感度會降低，從而導致氣孔不對稱細胞分裂前，BR信號傳導的細胞類型特異性被削弱。

3、在人腎移植排斥中測序物理相互作用的細胞以推斷依賴接觸的免疫細胞轉(zhuǎn)錄

Sequencing of physically interacting cells in human kidney allograft rejection to infer contact-dependent immune cell transcription

Transplantation; IF:6.200; DOI: 10.1097/TP.0000000000004762

內(nèi)容概要：通過結(jié)合CD45pos富集策略以及細胞轉(zhuǎn)錄組和表位的細胞索引測序，發(fā)現(xiàn)髓系-淋巴系物理相互作用細胞復合物表達了激活和促炎基因，而淋巴細胞與內(nèi)皮細胞相互作用則富含NK和CD4 T細胞。此外，NK細胞-內(nèi)皮細胞接觸導致內(nèi)皮促炎基因CXCL9和CXCL10以及NK細胞促炎基因CCL3，CCL4和GNLY的表達增加。

4、空間轉(zhuǎn)錄組圖譜揭示猴子肺部微結(jié)構(gòu)特異性COVID-19基因特征

Spatial transcriptome atlas reveals pulmonary microstructure-specific COVID-19 gene signatures in cynomolgus macaques

Communications Biology; IF:5.900; DOI: 10.1038/s42003-023-05253-8

內(nèi)容概要：利用空間轉(zhuǎn)錄組圖譜技術，研究了猴子肺部在新冠病毒感染急性期的基因表達變化，發(fā)現(xiàn)病毒誘導的細胞死亡引發(fā)的先天免疫反應主要發(fā)生在肺泡區(qū)域，涉及激活的巨噬細胞浸潤。該研究強調(diào)了通過關注SARS-CoV-2感染期間出現(xiàn)的肺部微結(jié)構(gòu)，識別疾病進展的關鍵驅(qū)動因素和臨床適用的生物標志物的重要性。

5、人類氣道上皮細胞異質(zhì)性和基因表達的單細胞比較研究

A comparative study of in vitro air-liquid interface culture models of the human airway epithelium evaluating cellular heterogeneity and gene expression at single cell resolution

Respiratory Research; IF:5.800; DOI: 10.1186/s12931-023-02514-2

內(nèi)容概要：通過免疫熒光和scRNA-seq技術，對BCi-NS1.1衍生的人類氣道上皮細胞（human airway epithelial，HAE）培養(yǎng)物和原代HAE培養(yǎng)物進行了表征。結(jié)果表明，BCi-NS1.1衍生的HAE培養(yǎng)物與原代HAE培養(yǎng)物在形態(tài)、細胞類型組成和整體基因表達模式上基本相似。因此，BCi-NS1.1衍生的HAE培養(yǎng)物是研究氣道傳染病的有價值工具。

6、表達轉(zhuǎn)錄本與COVID-19結(jié)果的共定位在細胞狀態(tài)、細胞類型和器官中罕見

Colocalization of expression transcripts with COVID-19 outcomes is rare across cell states, cell types and organs

Human Genetics; IF:5.300; DOI: 10.1007/s00439-023-02590-w

內(nèi)容概要：通過scRNA-seq和bulk RNA-seq對順式-表達數(shù)量性狀位點（cis-eQTLs）進行了孟德爾隨機化（Mendelian randomization，MR）分析，發(fā)現(xiàn)大多數(shù)轉(zhuǎn)錄本在不同的細胞類型、細胞狀態(tài)和器官中共定位的情況高度不一致。雖然鑒定了一些影響共定位的因素，但即使考慮到細胞類型、刺激狀態(tài)和不同器官，表達轉(zhuǎn)錄本與COVID-19結(jié)果的共定位仍然存在噪聲信號，需要保持懷疑態(tài)度。

7、β-Catenin轉(zhuǎn)錄活性是耳蝸發(fā)育過程中建立內(nèi)支柱細胞特性的必要條件

β-Catenin transcriptional activity is required for establishment of inner pillar cell identity during cochlear development

PLoS Genetics; IF:4.500; DOI: 10.1371/journal.pgen.1010925

內(nèi)容概要：通過兩種不同的β-Catenin刪除模型，發(fā)現(xiàn)β-Catenin轉(zhuǎn)錄功能的缺失導致內(nèi)支柱細胞（inner pillar cells，IPC）的喪失和外支柱細胞（outer pillar cells，OPC）的增多，而β-Catenin的過度表達則促進IPC的增殖。單細胞轉(zhuǎn)錄組分析顯示，缺乏β-Catenin轉(zhuǎn)錄功能的支持細胞失去IPC特征，獲得OPC特征。最后，定向刪除IPC中的β-Catenin也導致IPC身份的喪失。這些結(jié)果對未來基于IPC的毛細胞再生策略具有重要意義。

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