這個(gè)模塊在處理DNA或者RNA以及蛋白序列過(guò)程中具有非常重要的作用，例如計(jì)算GC含量，分子比重，校驗(yàn)算法，密碼子說(shuō)明，解鏈溫度以及其他功能等等。

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所有的函數(shù)都有詳細(xì)的文檔說(shuō)明，今天我們?cè)敿?xì)介紹下其中的DNA?Utils

SeqUtils有很多非常高效的function，可以被用于實(shí)現(xiàn)分析DNA序列，其中就有GC content。

GC content：

在一個(gè)基因序列中，鳥(niǎo)嘌呤和胞嘧啶的比例通常是非常有意義的，因?yàn)樗麄儧Q定了這段序列的穩(wěn)定性和保守性，通常來(lái)說(shuō)，一段序列上的GC含量如果很高。

則說(shuō)明這段序列高度保守，且非常穩(wěn)定，不易發(fā)生突變，在生物學(xué)和進(jìn)化分析過(guò)程中具有重要意義，例如CpG島。我們可以通過(guò)下面方法來(lái)計(jì)算一段序列中的CG含量

?
DNA?melting?Temperature：

這個(gè)函數(shù)可以計(jì)算一段序列的解鏈所需溫度或能量值。通過(guò)Melting-Temp.Tm staluc function進(jìn)行計(jì)算。可以適用于DNA以及RNA序列。

?

CheckSum functions：

一個(gè)checksum校驗(yàn)和函數(shù)通常是有一組短的字符串構(gòu)成，來(lái)源于

輸入文件，并計(jì)算文件數(shù)據(jù)的完整性。

從任何一種數(shù)據(jù)，如DNA序列數(shù)據(jù)中，使用這個(gè)算法你都可以產(chǎn)生一組小的字符串，我們成為signature，可以代替原始數(shù)據(jù)。有一些程序?qū)ignature信息粘貼到一個(gè)序列信息中，從而確定數(shù)據(jù)完整。一個(gè)簡(jiǎn)單的例子如下

在這個(gè)例子中，Check number為1149，這一信息來(lái)源于序列數(shù)據(jù)。如果導(dǎo)入的序列數(shù)據(jù)改變了，則這個(gè)check值也會(huì)隨之發(fā)生改變。這里經(jīng)常有一些隨機(jī)collision存在，就是說(shuō)兩個(gè)不同的序列有可能產(chǎn)生一個(gè)相同的signature。

這個(gè)“GCG checksum”有一個(gè)弱點(diǎn)，就是他只能允許10000個(gè)不同的signature。這就是為什么在crc32,crc64以及seguid中會(huì)有一些更強(qiáng)大的checksums。

所有這些checksum都是在CheckSum模塊中的，他們可以從較弱的算法到較強(qiáng)的算法進(jìn)行排序，如下所示