命令 9 - 使用按鈕 A、S、H、L 和 C

如果你仔細(xì)看一下，我們蛋白質(zhì)分子右側(cè)的每一層都有按鈕?A、S、H、L?和?C。您只需單擊這些按鈕和選項(xiàng)中的任何一個(gè)即可執(zhí)行它們。A：A代表Action，S：S代表Show，H：H代表Hide，L：L代表Label，C：C代表Color。

1.Lights, Camera, ACTION!

操作按鈕基本上是編輯按鈕的變體，您可以通過(guò)它執(zhí)行任何類型的編輯任務(wù)。

2.顯示

Show按鈕包含用于更改蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)外觀和描繪蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的其他分子（如有機(jī)分子、主鏈分子、側(cè)鏈分子、二硫化物和價(jià)原子）的選項(xiàng)。蛋白質(zhì)的默認(rèn)外觀稱為卡通型結(jié)構(gòu)(cartoon-type structure)。

3.隱藏

Hide按鈕包含的選項(xiàng)基本上可以隱藏您可以使用顯示按鈕顯示的內(nèi)容。它還包括隱藏 PyMOL 屏幕上所有內(nèi)容的選項(xiàng)，從蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中隱藏水和氫分子，以及隱藏未選擇的原子和分子。您可以另外隱藏主鏈原子、側(cè)鏈原子和價(jià)原子。

4.顯示和隱藏一起使用

假設(shè)我想像網(wǎng)格一樣查看我的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)（如果您還記得的話，網(wǎng)格是“顯示”按鈕下的一個(gè)選項(xiàng)）。我基本上會(huì)轉(zhuǎn)到我的蛋白質(zhì)(6fey)層上的顯示按鈕，然后單擊mesh選項(xiàng)將我的卡通蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)轉(zhuǎn)換為網(wǎng)格蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。

這就是網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)的樣子。

是不是很漂亮？但是我們?nèi)匀豢梢詮木W(wǎng)格內(nèi)部看到卡通結(jié)構(gòu)。假設(shè)我們不想要卡通結(jié)構(gòu)，而我只想要網(wǎng)格。我現(xiàn)在將單擊我的蛋白質(zhì)層 (6fey) 上的隱藏按鈕，然后單擊卡通選項(xiàng)以從我的屏幕上隱藏卡通。

這就是我們的網(wǎng)格結(jié)構(gòu)在沒(méi)有卡通的情況下的樣子。

是不是超級(jí)漂亮？我喜歡網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)，但是我的好朋友要我做一個(gè)表面型蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)。但是我又不想放棄我的網(wǎng)格，但我也愛(ài)我的好朋友，所以好吧，讓我們選擇表面型結(jié)構(gòu)。這里的策略是，我們將首先顯示表面蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)，然后隱藏網(wǎng)狀結(jié)構(gòu)。按照下面的圖片了解我們?nèi)绾螌?shí)現(xiàn)這一目標(biāo)。

現(xiàn)在我好朋友很開(kāi)心，我也很開(kāi)心。我們已經(jīng)學(xué)會(huì)了如何將顯示和隱藏一起用于我們的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)！

1.標(biāo)簽

談到標(biāo)簽按鈕，這為您提供了多種選項(xiàng)來(lái)標(biāo)記蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中的原子，包括通過(guò)殘基名稱、原子名稱、單字母代碼、b 因子、占有率、范德華半徑、形式電荷等進(jìn)行標(biāo)記。您還可以使用原子標(biāo)識(shí)符（如 rank/ID/index）和用戶給定的屬性（如 entity_id）進(jìn)行標(biāo)記。

2.上色

你也有一個(gè)顏色按鈕！我們了解了如何使用 PyMOL 命令框中的顏色命令更改蛋白質(zhì)、層、選擇以及鏈的顏色?；蛘?，我們?cè)诿恳粚由隙加幸粋€(gè)顏色按鈕，我們可以從中選擇我們想要的顏色。以下選項(xiàng)也可用。A.?我們可以使用color by element選項(xiàng)為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)中存在的碳、氫、氧和氮著色。（按元素）B.?我們可以使用 color by chain 選項(xiàng)給鏈上色。（按鏈條）C.?我們可以使用 color by ss 選項(xiàng)為二級(jí)結(jié)構(gòu)（螺旋、片層、環(huán)）著色。（作者：ss）D.?我們可以使用 color by representation 選項(xiàng)按表示對(duì)結(jié)構(gòu)進(jìn)行著色。（代表）E.?我們還可以使用a spectrum of colors。給它涂上彩虹色?。ü庾V）F.?如果您很懶，請(qǐng)轉(zhuǎn)到auto選項(xiàng)以自動(dòng)上色。（自動(dòng)）

一個(gè)秘密按鈕……

所以，我們要談?wù)摰拿孛馨粹o是show sequence按鈕。如果使用得當(dāng)，這個(gè)按鈕可以讓你的 PyMOL 可視化生活變得更加輕松。但是這個(gè)按鈕在哪里？這個(gè)按鈕位于 PyMOL 最底部的選項(xiàng)卡上，用大寫(xiě)字母“S”表示。

單擊此按鈕將為您提供蛋白質(zhì)分子的序列。

擁有你的蛋白質(zhì)序列的好處是，你不需要再做任何隨機(jī)選擇，你可以繼續(xù)從序列中選擇你自己的蛋白質(zhì)部分，它會(huì)在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)上被選中PyMOL 屏幕。

命令 10 - 增加和減少結(jié)構(gòu)的透明度

這是一個(gè)有趣的命令。為了增加和減少結(jié)構(gòu)的透明度，我們可以使用命令set cartoon_transparency, 0.60，其中?0?表示更不透明，越接近 1 越透明。

看看我們的結(jié)構(gòu)在降低透明度后看起來(lái)有多透明?，F(xiàn)在，如果我們想讓我們的結(jié)構(gòu)恢復(fù)到之前的樣子，我們可以在 PyMOL 命令框中鍵入set cartoon_transparency, 0 （因?yàn)?0 表示不透明）。

set cartoon_transparency, 0

我們的結(jié)構(gòu)又回來(lái)了！

讓我們set cartoon_transparency, 1看看會(huì)發(fā)生什么。

set cartoon_transparency，1

通過(guò)將我們的 cartoon_transparency 設(shè)置為 1，我們的蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)變得完全透明，我們?cè)僖部床坏轿覀兊慕Y(jié)構(gòu)了。希望這幾篇內(nèi)容，可以讓你不再害怕Pymol的操作，這個(gè)軟件其實(shí)一點(diǎn)也不難。參考資料：

https://medium.com/@snippetsbio/pymol-10-very-basic-commands-that-you-really-need-to-know-part-1-89eb77b61f7c

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