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由于DNA測序技術的快速發(fā)展，越來越多物種的全基因組正以越來越快的速度變得可用。對于全基因組分析，染色體分布圖提供了一種非常流行、直觀和有效的方法來繪制和可視化全基因組信息，如GC含量、基因和重復密度、DNA甲基化分布、基因組共線性等。然而，大多數(shù)可用的軟件程序和web服務器僅適用于少數(shù)模型物種，如人類、老鼠和蒼蠅，或者具有有限的應用場景。隨著越來越多的非模式物種在染色體水平組裝可用的情況下被測序，需要能夠為廣泛的物種生成個體特征圖并能夠可視化更多數(shù)據(jù)類型的工具來幫助更好地理解基本基因組特征在生物信息學分析當中，因此，這里我們開發(fā)出不受物種限制的可視化代碼，只需要輸入該物種的染色體位置信息，關注的特征基因（比如差異表達的基因）位置信息以及差異倍數(shù)，基因的類型（如上調(diào)還是下調(diào)），該代碼就可以將基因在染色體上的位置、其差異表達的程度以及所屬的上下調(diào)關系繪制到一張圖上，從而能夠快速建立基因在染色體上的分布模式。

使用方法：

chromosome.R??-chromosome_pos=??-DEGs_LFC=??-gene_type=

參數(shù)說明：

USAGE:

????????chromosome.R?-chromosome_pos=-DEGs_LFC=???-gene_type=

PARAMETERS:

????????-chromosome_pos?the?chromosome?position?include?Chromosome?number、?starting?position?and?ending??position,input?csv?format?with?comma-separated.

????????-DEGs_LFC????????theposition?of?differentially?expressed?genes?on?chromosomes?and?log2foldchange?,input?csv?format?with?comma-separated.

????????-gene_type???????the?position?on?chromosomes?and?type?of?differentially?expressed?genes?,?input?csv?format?with?comma-separated.

操作步驟：

1、打開命令行界面，輸入“Rscript?chromosome.R”調(diào)閱幫助文檔，確定該程序所需的輸入文件。

2、用戶根據(jù)幫助文檔中的參數(shù)說明內(nèi)容，對參數(shù)進行設置。這里，必須輸入參數(shù)有3個，分別是-chromosome_pos，表示該物種的染色體位置信息，第一列為染色體編號，第二和第三列分別是起始位置和終止位置，第五和第六列為著絲粒的起始和終止位置，如果不知道，這兩列可以省去，保存為以逗號分隔的csv文件；-DEGs_LFC表示感興趣的基因或區(qū)域的位置信息以及相應的差異倍數(shù)，第一列為染色體編號，第二和第三列分別是起始位置和終止位置，第四列表示差異倍數(shù)；-gene_type表示感興趣的基因或區(qū)域的類型以及符號標記，第一列為基因類型，第二列代表形狀（只支持三種形狀：box正方形、triangle三角形和circle圓。如果需要標記的特征超過3種，就用第六列里的顏色區(qū)分，例如紅色的三角形，藍色的三角形等），第三列染色體編號，第四、五列染色體上的位置，第六列顏色。注意：同一type對應的顏色一致。

3、完成參數(shù)提交后，按下回車鍵，整個程序即正式開始進入執(zhí)行。每步執(zhí)行內(nèi)容都會給出提示。程序執(zhí)行完畢后，界面會顯示”Program?execution?is?completed<span data-raw-text="" "="" data-textnode-index-1662359256637="15" data-index-1662359256637="1536" class="character" style="margin: 0px; padding: 0px;">"結束語。

流程圖：

結果展示：

1.差異基因在染色體上的分布以及差異基因所屬上下調(diào)關系

圖中分布在染色體上每一個小橫線表示一個基因，顏色越偏向綠色，表示下調(diào)程度越明顯，越偏向紅色，表示上調(diào)程度越明顯，染色體右側用黃色三角形表示了該基因為上調(diào)，藍綠色正方形表示該基因為下調(diào)

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寫在文末：

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