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真香提示：文末可以知道如何獲取代碼~??

miRBase 數(shù)據(jù)庫(kù)（https://www.mirbase.org/）是microRNA 序列和注釋的主要公共存儲(chǔ)庫(kù)和在線資源。最新版本的 miRBase 數(shù)據(jù)庫(kù) (v22) 包含 38589 個(gè)條目，代表來(lái)自271個(gè)生物體的hairpin precursor microRNAs。hairpin precursor和成熟序列都可用于搜索和瀏覽，并且還可以按名稱，關(guān)鍵字，引用和注釋檢索條目，所有序列和注釋數(shù)據(jù)也可供下載。

場(chǎng)景需求：在UCSC數(shù)據(jù)庫(kù)中下載到TCGA中某個(gè)癌種的miRNA-seq數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)是miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)官方ID，需要進(jìn)行id轉(zhuǎn)換再進(jìn)行下一步分析。今天我們來(lái)介紹兩種方法來(lái)進(jìn)行miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)官方ID與miRNA基因id的匹配。

Method 1：miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)下載對(duì)應(yīng)文件

Step1：進(jìn)入官網(wǎng)：https://www.mirbase.org/

Step2：進(jìn)入到下載界面https://www.mirbase.org/ftp/CURRENT/

Step3：下載miRNA.xls.zip文件

Step4：解壓后打開(kāi)，便可以得到每個(gè)對(duì)應(yīng)的id信息。

Method 2. R包下載對(duì)應(yīng)id

miRBaseVersions.db包是一個(gè)注釋包，其中包括來(lái)自 22 個(gè) miRBase 發(fā)布版本的成熟 miRNA 名稱。由于每個(gè)版本的持續(xù)增長(zhǎng)和變化，miRNA 名稱在不同版本中可能有不同的名稱，甚至不再列為有效miRNA。此注釋包用作存儲(chǔ)庫(kù)，可用于快速查找成熟的 miRNA 名稱。

該包主要實(shí)現(xiàn)的四種方法函數(shù)分別是：Columns、Keytypes、Keys、Select。

安裝R包：

iif (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) ?install.packages("BiocManager") ?

BiocManager::install("miRBaseVersions.db")

函數(shù)詳解：

1. Keytypes：它提供了可以在這個(gè)包中使用的表格：輸出列出了 23 個(gè)表，每個(gè)表都可以被查詢。鍵類型“MIMAT”是包含所有支持的 miRBase 版本的所有記錄的主表。

library(miRBaseVersions.db)

# keytypes函數(shù)：使用此函數(shù)接收可以從中檢索數(shù)據(jù)的表名：keytypes(miRBaseVersions.db);

2.?Columns：使用columns函數(shù)檢索有關(guān)您可以在最終輸出中檢索的變量類型的信息：

3.?Keys：該函數(shù)返回指定keytypes的所有可行的key。以下示例檢索miRBase版本6.0的所有可能key。

4.?Select：該函數(shù)用于提取數(shù)據(jù)。作為輸入值，該函數(shù)采用從其他三個(gè)函數(shù)（鍵、列和鍵類型）接收的輸出。
例如，要提取有關(guān)成熟體?'MIMAT0000092' 的所有信息，我們可以運(yùn)行以下命令：

參考資料：

http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/vignettes/miRBaseVersions.db/inst/doc/miRBaseVersions.db-vignette.htm

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