一、軟件安裝

軟件直接從官網(wǎng)下載（http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html），下載后，解壓，找到MSDIAL.EXE雙擊打開即可。（軟件也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲取）。

二、原始文件轉(zhuǎn)格式

不同儀器廠商質(zhì)譜下機(jī)數(shù)據(jù)有差異，先轉(zhuǎn)成特定的格式再進(jìn)行分析。

1、安捷倫、AB SEIX下機(jī)文件，（即.d、wiff格式），建議轉(zhuǎn)成ABF格式

格式轉(zhuǎn)換軟件，可以直接從官網(wǎng)（https://www.reifycs.com/AbfConverter/）下載。（軟件也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲取）。使用方法，如下：

轉(zhuǎn)換后為ABF文件，用于后面的分析。

2、沃特世(Waters)下機(jī)文件，（即.RAW文件夾格式），建議轉(zhuǎn)成mzML格式，再進(jìn)行分析。

? 格式轉(zhuǎn)換軟件，可以直接從官網(wǎng)（https://proteowizard.sourceforge.io/download.html）下載，（軟件也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲?。Ｊ褂梅椒?，如下：

所有格式只要能轉(zhuǎn)換就行，不限用哪種格式，只要能方便轉(zhuǎn)換就行 。

三、小分子數(shù)據(jù)庫(kù)準(zhǔn)備

1、可以直接從MSDIAL官網(wǎng)下載數(shù)據(jù)庫(kù)。(鏈接：http://prime.psc.riken.jp/compms/msdial/main.html#MSP）（數(shù)據(jù)庫(kù)也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲?。?/p>

2、可以直接從mona數(shù)據(jù)庫(kù)下載MSP格式數(shù)據(jù)庫(kù)。（官網(wǎng)鏈接https://mona.fiehnlab.ucdavis.edu/downloads）。

3、可以整理自己的代謝數(shù)據(jù)庫(kù)。公共數(shù)據(jù)庫(kù)，存在不同儀器采集的數(shù)據(jù)，不同儀器所用碰撞能不一樣，產(chǎn)生的質(zhì)譜二級(jí)譜圖本身也有差異。另外數(shù)據(jù)庫(kù)中還存在著一些理論譜圖及低分辨質(zhì)譜做的二級(jí)譜圖，直接進(jìn)行匹配，會(huì)造成假陽(yáng)性的情況。我司經(jīng)過多年的積累及整理，已經(jīng)有相對(duì)成熟的數(shù)據(jù)庫(kù)，如果需要外包檢測(cè)，可以通過官網(wǎng)及公眾號(hào)聯(lián)系（http://bioruqi.com/).

數(shù)據(jù)庫(kù)MSP文件，用文本編輯器打開查看（文本查看軟件也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲取），也可以進(jìn)行編輯處理，按特定格式整理成想要的格式：

四、數(shù)據(jù)依賴性數(shù)據(jù)分析（DDA采集模式）

不同廠家DDA采集名稱有差異，本質(zhì)就是先采一級(jí)譜圖，再?gòu)闹刑羟懊尕S度高的數(shù)據(jù)再進(jìn)行二級(jí)采集的，就是數(shù)據(jù)依賴性數(shù)據(jù)。安捷倫的叫法就是auto msms采集模式、AB SEIX的叫IDA采集模式。

1、通過File-New project新建工程文件

2、導(dǎo)入文件

3、按下面步驟設(shè)計(jì)好具體參數(shù)

為了更方便各位老師設(shè)置參數(shù)，我們把常用正離子、負(fù)離參數(shù)保存為med2格式。（格式可以通過關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲?。Ｍㄟ^文件可以直接把參數(shù)導(dǎo)入，不用再設(shè)置。導(dǎo)入方法如下：

4、導(dǎo)入數(shù)據(jù)庫(kù)

設(shè)置完參數(shù)后，把準(zhǔn)備好的數(shù)據(jù)庫(kù)，放入軟件中，即可搜索。

5、點(diǎn)擊完成，進(jìn)行搜索。

五、數(shù)據(jù)非依賴性數(shù)據(jù)分析（DIA采集模式）

不同廠家DIA采集名稱有差異，本質(zhì)就是把一級(jí)全掃的離子，全部進(jìn)行碎片化，從而避免了因?yàn)殡x子強(qiáng)度太低面采集不到的情況發(fā)生。安捷倫的叫法就是all ions采集模式、AB SEIX的叫SWATH采集模式,Waters的叫MSE。

設(shè)置方法大分部與DDA分析一樣。在數(shù)據(jù)模式在選擇，DIA模式，然后把對(duì)應(yīng)的碰撞能，掃描范圍信息導(dǎo)入。其他的與上面DDA數(shù)據(jù)分析一樣。（MSE格式文本也可以關(guān)注公眾號(hào)：如期生物，發(fā)送“MSDAL教程”獲?。?/p>

六、鑒定結(jié)果查看

如何用MS-DIAL查看搜庫(kù)結(jié)果