Cytoscape與網(wǎng)絡(luò)可視化

1、Java環(huán)境安裝：

若無JRE，Cytoscape將無法正常安裝、運(yùn)行、卸載

64位計(jì)算機(jī)可安裝64位（x64）或32位（i586)JRE，32位計(jì)算機(jī)只能安裝32位JRE

2、cytoscape安裝

支持Windows、mac OS、Linux

64位安裝包對應(yīng)64位JRE，32位安裝包對應(yīng)32位JRE

如果如法安裝cytoscape，請檢查cytoscape64位是否對應(yīng)Java64位環(huán)境，否則cytoscape無法安裝。

3、Cytoscape操作

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在可視化區(qū)域右鍵

選擇Add-Node

新建四個(gè)節(jié)點(diǎn)

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左鍵單擊選擇一個(gè)節(jié)點(diǎn)

Ctrl+單擊選擇多個(gè)節(jié)點(diǎn)

右鍵單擊，Add-Edges Connecting Selected Nodes

用邊連接選中的節(jié)點(diǎn)

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選擇節(jié)點(diǎn)

右鍵單擊，編輯節(jié)點(diǎn)造型，選擇Edit

對選中節(jié)點(diǎn)進(jìn)行設(shè)置，點(diǎn)擊Bypass Style，Set Bypass to Selected Nodes

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自動(dòng)進(jìn)入控制面板的Style標(biāo)簽頁

單擊第三列Byp.的方塊進(jìn)行屬性修改

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選擇邊

右鍵單擊，編輯邊造型，選擇Edit

對選中節(jié)點(diǎn)進(jìn)行設(shè)置，點(diǎn)擊Bypass Style，Set Bypass to Selected Edges

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選擇點(diǎn)

右鍵單擊或Ctrl+6，選擇一級鄰接節(jié)點(diǎn)

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方法1：Ctrl+N建立子網(wǎng)絡(luò)

方法2：File-New-Network-From selected nodes, all edges

方法3：點(diǎn)擊工具欄New network from selection

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File-Import-Network-Public Databases

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輸入感興趣的蛋白、基因

搜索

在結(jié)果列表里選擇需要展示的互作數(shù)據(jù)

勾選自動(dòng)整合網(wǎng)絡(luò)

導(dǎo)入 ? ? ? ? ? ? ? ?

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將當(dāng)前視圖導(dǎo)出為圖像（所見即所得）

支持多種格式（png，pdf，svg）

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