? ? 上節(jié)課我們初步學(xué)會了如何使用Linux系統(tǒng)，一些基本的命令以及參數(shù)，那么這節(jié)課開始學(xué)會如何安裝生信分析的軟件

????軟件安裝的步驟包括：下載→配置→編譯→安裝。Bioconda是一款類似AppStore的生物信息軟件管理工具，可以實(shí)現(xiàn)軟件的自動(dòng)化安裝全過程。建議首先選擇自動(dòng)化安裝，如果不成功再手動(dòng)安裝：Bioconda自動(dòng)安裝→下載預(yù)編譯版本→手動(dòng)安裝。

軟件的幾種安裝方式

1、二進(jìn)制：下載之后，可直接運(yùn)行；

2、需要自行編譯；

3、解決環(huán)境依賴之后編譯；

4、利用bioconda安裝；

5、利用docker安裝；

6、利用yum，apt安裝；

1.1使用apt安裝

1.2手動(dòng)安裝

1、安裝預(yù)編譯版本

如果自動(dòng)化安裝不成功，首選安裝作者預(yù)先編譯的版本。選擇時(shí)候自己操作系統(tǒng)的版本，通常下載后就可以直接使用。

2、從源代碼安裝

不同軟件安裝方法不同，先看說明文件常用：

1.3配置環(huán)境變量 PASH

bashrc配置文件非常重要，相當(dāng)于圖形化界面的設(shè)置選項(xiàng)。很多時(shí)候，命令找不到，缺少XXX，都可能與這個(gè)有關(guān)。如果bashrc修改錯(cuò)誤，會造成嚴(yán)重的影響。

bashrc：為每一個(gè)運(yùn)行bash shell的用戶執(zhí)行此文件。當(dāng)bash shell被打開時(shí)，該文件被讀取，其中rc是“run configure”的簡寫。

1、Alias部分

例如“less -S”，每次要敲七個(gè)字符，簡寫成 le，兩個(gè)字符就夠了。

2.PS 部分

修改命令行的小標(biāo)標(biāo)~

修改前：

修改后：

3.export 部分

export 是最重要的一部分，這部分內(nèi)容是修改系統(tǒng)一些默認(rèn)變量的行為，例如敲 env 命令會顯示出當(dāng)前賬戶所有環(huán)境變量，其中比較重要的就是 PATH 變量，export 之后，每次登錄之后，系統(tǒng)會重新配置默認(rèn)環(huán)境變量。除了 PATH，也可以修改 perl 模塊目錄，python 模塊目錄以及其他一些配置等。

4.PATH 部分

PATH 變量是 Linux 系統(tǒng)默認(rèn)程序路徑，當(dāng)在命令行敲命令時(shí)，系統(tǒng)會從 PATH 變量中設(shè)定的目錄中查找程序，which 命令搜索時(shí)也會從 PATH 變量中進(jìn)行搜索。Linux 系統(tǒng)中常見的軟件找不到“command not found...”多是因?yàn)?PAHT 變量沒有設(shè)置成功引起的。PATH 變量可以極大的方便軟件的使用，無需使用全路徑，在任何目錄下直接使用軟件名即可運(yùn)行，否則需要一直使用全路徑。

最后的最后，大家修改完bashrc后記得刷新一下，同時(shí)也要對bashrc做好備份哦~

1.4使用conda自動(dòng)安裝

1、安裝conda

2、配置chanels

chanels理解成軟件倉庫。conda默認(rèn)是不包含生物信息軟件倉庫的，所以需要添加。

方法是修改 ~/.condarc

3.使用 conda安裝軟件

4.虛擬環(huán)境

有的軟件在安裝的時(shí)候，會有環(huán)境沖突，比如 orthofinder依賴python2.7，但是 conda主環(huán)境安裝的是 python3.7。這種情況可以新建一個(gè)新的環(huán)境。

2.數(shù)據(jù)庫下載

1. 使用 Linux 系統(tǒng)下的下載命令，直接下載到服務(wù)器里。Linux 命令行下載的工具其實(shí)有很多，系統(tǒng)自帶 wget 和 curl 命令，也可以自行下載 axel 等命令。wget 非常方便，給定鏈接地址，就可以直接 wget 下載了。wget 和 curl 都支持 http，ftp 等多種協(xié)議。

2.ftp 下載

FTP 是 File Transfer Protocol（文件傳輸協(xié)議）的英文簡稱，相比于 http 協(xié)議，更加穩(wěn)定，傳輸速度也更快。很多網(wǎng)站提供 ftp 協(xié)議的數(shù)據(jù)下載。?

ncbi 的 ftp 地址為：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/embl 的 ftp 地址為：ftp://ftp.ensembl.org/pub/

3.高速下載

Asprea 是一款非常神奇的工具，它可以極大的提高數(shù)據(jù)傳輸?shù)男省?/p>

4.批量下載序列：Batchentrez

總之，自己需要什么數(shù)據(jù)庫就去下載對應(yīng)的數(shù)據(jù)。例如：

NT庫:ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nt*.tar.gz

NR庫:ftp.ncbi.nlm.nih.gov:/blast/db/nr*.tar.gz?

COG/KOG:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/pub/COG/

Swissprot:ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/db/FASTA/swissprot.gz?

等等