PRM與DDA為兩種不同的質(zhì)譜數(shù)據(jù)采集模式。PRM（Parallel Reaction Monitoring）平行反應(yīng)監(jiān)測是相對于傳統(tǒng)SRM建立起來的高分辨率離子檢測技術(shù)，是目前靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)數(shù)據(jù)采集的主流方法。PRM基于Q-Orbitrap為代表的四級桿-高分辨率質(zhì)譜平臺對每一個母離子產(chǎn)生的所有碎片離子進(jìn)行全掃描，平行監(jiān)測了每一個母離子產(chǎn)生的所有離子對，可以對目標(biāo)化合物進(jìn)行高分辨、高精度的相對或絕對定量。

DDA（data-dependent acquisition）數(shù)據(jù)依賴采集模式，也稱為信息依賴采集模式（IDA），是串聯(lián)質(zhì)譜中最簡單最原始的數(shù)據(jù)采集模式，主要用于非靶向定量蛋白質(zhì)組學(xué)研究。在DDA模式下，質(zhì)譜儀在串聯(lián)質(zhì)譜的第一階段選擇豐度最高的肽離子，然后在串聯(lián)質(zhì)譜的第二階段對它們進(jìn)行片段化和分析。DDA數(shù)據(jù)依賴型掃描模式通?？梢澡b定出數(shù)千種蛋白質(zhì)，但是由于其只選擇豐度較高的肽段離子進(jìn)行二級質(zhì)譜分析，在一定程度上會阻礙低豐度肽段的測定。