單細(xì)胞測序送樣指南——?dú)W易生物大放送
對單細(xì)胞測序項目而言,實驗樣本的制備、采集、保存和運(yùn)輸是關(guān)系到項目能否順利執(zhí)行第一步,也是實驗是否成功的關(guān)鍵一步,對后續(xù)結(jié)果起著至關(guān)重要的作用。
現(xiàn)階段,小歐這邊收到過的樣本不僅包括新鮮或凍存的人或動物的組織、器官、血液、體液樣本,各種動植物活體樣本,還有做空間轉(zhuǎn)錄組的OCT包埋樣本、FFPE石蠟樣本等,可以說是包羅萬象、不勝枚舉... …
今天,小歐就為大家精心梳理了單細(xì)胞測序常見樣本類型在制備和運(yùn)輸中的注意事項,助力各位老師和科研小伙伴們的項目順利開展。
一、新鮮組織樣本
單細(xì)胞測序首選新鮮組織樣本,能保持樣本最原始組織活性狀態(tài),獲得高質(zhì)量的單細(xì)胞懸液,可適用于3’轉(zhuǎn)錄組、5’轉(zhuǎn)錄組等多種單細(xì)胞測序項目。
1)選取關(guān)注的組織部位,盡量棄去與實驗樣本無關(guān)的組織,用無菌手術(shù)刀將組織切割為約5mm(黃豆大?。?,用PBS、HBSS或培養(yǎng)基將剪碎的組織清洗1-2次;
2)將清洗過后的組織放入美天旎組織保護(hù)液*中(Cat#:130-100-008),注意組織要確保完全浸沒在保護(hù)液中。
說明:
① 組織保護(hù)液適用于多個組織或者不連續(xù)性組織樣本處理過程,48h內(nèi)的組織保存,可有效保證干細(xì)胞功能性和免疫細(xì)胞的穩(wěn)定性。
② 為保證時效性,由小歐專業(yè)分裝提供給老師,規(guī)格為1.5ml/支凍存管,放入組織后可完全包裹組織且不會溢出,可備份1管以備不時之需??蛻粲腥有枨髸r可通過我們當(dāng)?shù)劁N售同事發(fā)起申請,小歐隨時提供順豐、閃送、城市映急、跨省當(dāng)日達(dá)等任意一種物流方式低溫保鮮快捷方便的送達(dá)老師手上。
③ 組織保護(hù)液保存有要求,2-8℃存放不建議過多囤放,以防滋生細(xì)菌。使用前要仔細(xì)閱讀說明書,觀察試劑狀態(tài)為無色透明液體,無沉淀、無異樣。
未放入樣本時輕微凍融不影響使用,但保存超過一個月后應(yīng)謹(jǐn)慎使用,以免辛苦采集的樣本因污染影響實驗結(jié)果。?
3)取好的新鮮樣本4℃保存,30h內(nèi)運(yùn)達(dá)公司;?
說明:若選擇-20℃冰袋運(yùn)輸,請使用發(fā)泡紙(臨床使用棉花、紗布等)多層包裹樣本管,務(wù)必確認(rèn)液體在運(yùn)輸過程中不會冷凍結(jié)冰,運(yùn)輸過程中組織凍結(jié)會損傷細(xì)胞活性;氣溫較高時應(yīng)多放置一些冰袋,確保樣本寄到公司時保溫盒內(nèi)溫度仍處于2-8℃。上海同城可選擇碎冰,樣本直接插入碎冰固定。
4)對于特殊情況無法保證物流速度送達(dá)上海歐易的,比如老師自己解離、需要流式分選等情況,可以預(yù)約我們的專業(yè)技術(shù)人員上門為老師提供上機(jī)服務(wù)。
5)新鮮樣本還有一種特殊的“類型”,就是老師親自帶活體動物到歐易實驗室現(xiàn)場解離,小歐負(fù)責(zé)提供場地、工具并且協(xié)助老師取樣,并安排樣本取好后第一時間解離。
二、凍存組織樣本
相較新鮮樣本的時效性,凍存組織更便于長途運(yùn)輸,適用于需要一段時間內(nèi)分批次采集的樣本,或者較難采集到的珍貴樣本。用于單細(xì)胞解離的新鮮組織可以通過浸泡在組織凍存液中梯度凍存以保持細(xì)胞的活性。
具體步驟如下:?
1)取0.1-1g的新鮮采集的動物組織,去除多余部分,分割成黃豆粒大小的小塊,無菌條件下用PBS清洗后轉(zhuǎn)移至2ml凍存管中;
2)加入1ml組織凍存液*,對組織塊進(jìn)行重懸混勻,室溫靜置10min;
說明:
① 組織凍存液推薦配方:
80%DMEM+10%FBS+10%DMSO;
② 組織凍存液由小歐配制,與組織保護(hù)液一樣,分裝于2ml凍存管中,每管1ml。
③ 凍存液需要4℃避光保存,新鮮配制的凍存液為玫紅色透明液體,試劑顏色會隨培養(yǎng)基氧化程度變深。當(dāng)試劑變?yōu)辄S色或者出現(xiàn)絮狀物或團(tuán)狀物時,可能已經(jīng)變質(zhì)或長菌,請勿使用!
④ 同時申請保護(hù)液和凍存液時,一定要注意區(qū)分(顏色不同),千萬不要用錯試劑哦!
3)室溫條件下準(zhǔn)備梯度降溫盒,內(nèi)置新鮮異丙醇,將裝有組織塊懸液的凍存管放入梯度凍存盒,置于-80℃過夜;?
4)凍存好的樣本可放置于-80℃保存。樣本用干冰運(yùn)輸至公司時,一定要保證干冰充足,確保樣本到達(dá)時仍處于低溫凍存的環(huán)境??筛鶕?jù)運(yùn)輸距離、溫度、快遞實時情況(疫情、雙十一、國家安檢臨時政策)等,按照每天消耗1kg干冰的量適當(dāng)添加干冰。
5)當(dāng)樣本用于細(xì)胞核測序或者單細(xì)胞多模態(tài)測序時,樣本處理就簡單多了,只有將新鮮采集好的組織在無菌條件下用PBS或生理鹽水清洗干凈,然后放入凍存管中,液氮速凍、干冰運(yùn)輸即可。
三、血液、體液類樣本
1)血液樣本,抽取人外周血5ml至EDTA抗凝管;體液樣本可直接提取后放入15ml或50ml離心管中。
2)保證樣本2-8℃環(huán)境運(yùn)輸,8h 內(nèi)運(yùn)輸至歐易生物。用冰袋運(yùn)輸時,需用氣泡膜包裹樣本以防樣本凍結(jié)凝固,同時,也可防止樣本管在運(yùn)輸過程中被砸碎!
四、植物活體樣本
植物細(xì)胞原生質(zhì)體解離的成功對植物的生長狀態(tài)有較高要求, 為確保植物取樣部位新鮮,我們建議老師把生長狀態(tài)良好的活體植株直接運(yùn)輸至歐易生物,取材前與我們實驗室技術(shù)人員溝通好具體的取材部位和注意事項,將由小歐繼續(xù)培育植物樣本到實驗結(jié)束。目前我們承接并成功解離的植物樣本也是琳瑯滿目(油橄欖、土豆、石斛、茶樹、桑樹、葡萄、大蒜、大豆、水稻等)… …快要能夠開一個小小的植物園了!?
五、OCT包埋樣本
空間轉(zhuǎn)錄組因其能體現(xiàn)組織不同區(qū)域的細(xì)胞異質(zhì)性而備受研究者青睞。要獲得理想的空間轉(zhuǎn)錄組測序數(shù)據(jù),正確的樣本處理方式必不可少。無論是新鮮動物組織還是植物組織,開展空間轉(zhuǎn)錄組項目之前都要先用OCT將組織進(jìn)行包埋,那具體的包埋流程是怎樣的呢?
1)包埋前準(zhǔn)備:OCT、包埋盒、無塵紙(由小歐郵寄)。
2)包埋盒上標(biāo)好樣本名稱、樣本方向、包埋日期。
3)用無塵紙擦干待包埋組織表面的血水雜質(zhì)等(一定要吸干哦,不然包埋后會有水珠凝結(jié)成冰晶影響后期圖像結(jié)果)。
4)將4℃預(yù)冷的OCT先在紙上排出氣泡,滴加少量OCT在包埋盒中央,把處理好的組織放入包埋盒,注意目標(biāo)病理區(qū)一定要朝外,方便組織切片。另外,組織周圍不可有氣泡。
5)順時針繼續(xù)慢慢加入OCT把組織完全覆蓋后,移入-80℃,直至OCT完全凍結(jié)后,用錫箔紙包裹好并做好標(biāo)記,干冰運(yùn)輸至歐易生物。
P.S. 如果是提前凍存好的組織,只要保證包埋全程在干冰上即可,確保包埋過程中凍存組織沒有融化。包埋方法同新鮮組織樣本。
六、FFPE空間樣本
目前我們僅接收包埋好的人或小鼠的石蠟塊。通常2-8℃冰袋運(yùn)輸或干冰運(yùn)輸都可以,避免常溫運(yùn)輸。
以上就是樣本管理員“歐小樣”為您精心梳理的單細(xì)胞測序和空間轉(zhuǎn)錄組樣本準(zhǔn)備和寄送流程和注意事項。我們接收到樣本后,如果發(fā)現(xiàn)任何異常情況,小歐們都會及時給老師們反饋,為您提供最優(yōu)化的方案。相信小歐背后的專業(yè)實驗團(tuán)隊,會為您提供及時專業(yè)的技術(shù)服務(wù)。
親愛的老師們,還在等什么?快快行動起來吧,時不我待哦!?
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