第1集，琴酒給工藤新一灌下藥物變小。

第2集，變小的工藤新一求助阿笠博士，化名江戶川柯南住進毛利偵探所。

第3集，柯南轉(zhuǎn)入帝丹小學(xué)，首次替小五郎解決案件。

第4集，柯南 光彥 步美 元太組成少年偵探團。

第5集，柯南再次在新干線遇到琴酒和伏特加，竊聽得知代號。（TV版為假琴酒和假伏特加）

第6集，鈴木園子首次登場。

第7集，小蘭首次懷疑柯南身份。

第9集，柯南使用麻醉針和變聲器替毛利小五郎破案，人稱“沉睡的小五郎”。

第10集，柯南假裝恢復(fù)身體與小蘭對話

第11—12集，麻生成實彈奏鋼琴在大火中死去，成為柯南一生的遺憾。

第14集，廣田雅美首次登場。

第19集，警視廳高層管理官松本清長首次登場。

第44集，工藤優(yōu)作和有希子得知工藤新一變小的事情，聯(lián)絡(luò)國際刑警的勢力調(diào)查黑衣組織。

第49集，服部平次首次登場，前來毛利偵探所挑戰(zhàn)工藤新一。

第50集，柯南第一次恢復(fù)身體，和服部平次推理對決。

第56集，在電玩公司掌握組織線索，成員龍舌蘭被炸死。

第59集，服部平次第二次登場，并開始懷疑柯南身份。

第60集，服部平次得知工藤新一和柯南是同一個人。

第78—79集，黑羽快斗首次登場；柯南vs怪盜基德。

第99—102集，小蘭第二次懷疑柯南身份。

第118集，帝丹小學(xué)小林老師首次登場。

劇場版1引爆摩天樓，白鳥警官首次登場，瘋狂的建筑學(xué)家挑戰(zhàn)工藤新一。

第124—125集，組織的殺手沼淵己一郎犯案。

第135集，化名廣田雅美的銀行收款員，組織底層人物宮野明美被琴酒暗殺。臨死前告訴柯南組織的成員衣服都如烏鴉般漆黑。

第136—139集，雪莉篇；灰原哀登場；原本是組織的科學(xué)家，吃藥變小逃離組織被阿笠博士收留；APTX4869藥物秘密揭曉；柯南得知廣田雅美就是宮野明美是灰原哀姐姐?；以Ю^續(xù)在帝丹小學(xué)上學(xué)，幫助柯南研究恢復(fù)藥。（至關(guān)重要，主線劇情轉(zhuǎn)折點）

第140—141集，競技場事件；灰原哀透露工藤新一早在半個世紀(jì)前就和組織的某項秘密計劃扯上了關(guān)系。

第142—144集，怪盜基德第二次登場；柯南利用鈴木園子解決案件。

第146—147集，藍色古堡探索事件，灰原哀出場解決案件。

第177—179集，服部平次和柯南一起解決案件。

第181—182集，新出智明登場。

第190—192集，重逢篇；灰原哀首次恢復(fù)身體，柯南在杯戶飯店和琴酒交手，成員皮斯可被殺。貝爾摩德登場，奉命尋找雪莉。

第203—208集，生死篇；柯南因保護少年偵探團而負傷，小蘭第三次懷疑柯南身份；緊接著，柯南再次恢復(fù)身體，扮演黑衣騎士解決案件，和小蘭在飯店約會時藥效到期。

劇場版5，天國篇；琴酒槍殺電腦工程師原佳明，炸掉西多摩市的日本第一雙塔摩天大樓?？履嫌孟耐膶W(xué)的車技拯救偵探團。

第233—234集，目暮警官的秘密。

第235—238集，黃昏篇；黑羽快斗第二次登場，怪盜基德VS工藤新一；黃昏之館內(nèi)家具都有烏鴉的標(biāo)記，主人是半個世紀(jì)前去世的富豪烏丸蓮耶。

第241—243集，人魚篇；組織在自稱長生不老的人魚島留下的痕跡；疑似與雪莉、琴酒、伏特加、波本有關(guān)。

第245—246集，朱蒂老師首次登場。

第249集，貝爾摩德調(diào)戲琴酒，易容成新出醫(yī)生坐公交試探柯南和灰原哀；赤井秀一首次登場，和朱蒂一起追查貝爾摩德。

第250集，公交車搶劫案解決，柯南救下灰原哀，引起貝爾摩德注意。

第261集，柯南得知琴酒是個左撇子。

第265—266集，灰原哀的高冷個性開始轉(zhuǎn)變。

第272—273集，小蘭與赤井秀一偶遇。

第277集，詹姆斯登場，并被歹徒綁架。

第278集，偵探團解決案件，赤井秀一接走詹姆斯。

第291—292集，高木警官告訴柯南關(guān)于小五郎資料被盜的事；赤井秀一開始監(jiān)視毛利偵探所。

第293—294集，小蘭開始回憶赤井秀一；貝爾摩德注意灰原哀。

第299集，貝爾摩德的身份暴露，柯南查出來克莉絲?溫雅德是組織成員。

第300集，服部平次VS朱蒂老師。

第301—302集，柯南得知克莉絲?溫雅德曾經(jīng)出現(xiàn)在母親的葬禮，說出了神秘的女人更有魅力的名言。

第306—310集，紐約篇；女明星莎郎?溫雅德登場，克莉絲?溫雅德是她女兒；一年前工藤解決案件后，小蘭偶遇赤井秀一得知他是FBI，并救下貝爾摩德易容的公路惡魔；從此貝爾摩德被感化，稱呼小蘭“angel”。

第311—312集，沼淵己一郎被判死刑，柯南得知他是組織的成員。

第326—329集，松田陣平首次登場，最后犧牲。

第332—336集，接觸篇；第二次掌握組織線索，龍舌蘭在威脅游戲工程師板倉卓開發(fā)軟體?？履先∽甙鍌}卓的日記光盤，在小蘭口中得知赤井秀一是FBI。最后，伏特加指紋差點被柯南錄取，幸虧有琴酒出現(xiàn)。

第354—355集，阿笠博士回憶灰原哀父親，宮野厚司。曾出現(xiàn)在新科技發(fā)布會，被稱為瘋狂的科學(xué)家。母親愛蓮娜是英國人，宮野厚司留學(xué)時相識。

第360—370集，為滿月對決做準(zhǔn)備；灰原哀重病不起，貝爾摩德以新出醫(yī)生身份看病，竊聽得知雪莉變小的事情；柯南找到明美在厚司朋友公司愛蓮娜留給灰原哀的錄音帶；赤井秀一得知灰原哀是宮野志保，F(xiàn)BI開始暗中保護灰原哀；小蘭懷疑朱蒂老師是壞人。

第371—375集，滿月篇；貝爾摩德開始追殺雪莉，莎郎和克莉絲以及新出三重身份暴露，曾在二十年前殺死朱蒂父親，在碼頭與朱蒂 赤井秀一槍戰(zhàn)，小蘭救下灰原哀；最后貝爾摩德沒有上報柯南和灰原哀的事，因為小蘭是她救命恩人，組織boss郵件按鍵聲被柯南錄下；赤井秀一和朱蒂身份都揭曉；組織成員卡爾瓦多斯自殺。（主線劇情的高潮，滿月對決）

第386—387集，怪盜基德的空中漫步。

劇場版3世紀(jì)末的魔術(shù)師，怪盜基德得知柯南身份。

第392—393集，真正的新出醫(yī)生回歸。

第419―421集，柯南得知組織boss郵件按鍵聲是日本童謠《七個孩子》。

第428—430集，柯南準(zhǔn)備查找boss郵件地址被灰原哀阻止，聲稱是“潘多拉的魔盒”。

第455―456集，阿笠博士的初戀故事。

第459—463集，沖擊篇；FBI和柯南阻止琴酒領(lǐng)導(dǎo)的暗殺活動；基安蒂 科恩 水無憐奈登場；柯南得知詹姆斯也是FBI；赤井秀一與琴酒對狙，水無憐奈車禍被FBI運往杯戶醫(yī)院。（為紅黑對決做準(zhǔn)備）

第467—468集，本堂瑛佑登場。

第497―498集，京極真大戰(zhàn)黑道組織泥慘會。

第502—505集，貝爾摩德出動調(diào)查水無憐奈下落，本堂瑛佑引起柯南懷疑。

第509―510集，怪盜基德盜竊四幅名畫。

第512―513集，黑羽盜一和幼年快斗登場，柯南得知KID名稱來源于工藤優(yōu)作。

第519—522集，服部平次和柯南互通情報，白馬探登場。

第527—528集，本堂瑛佑父親是CIA的事情揭曉。

第538—550集，紅黑篇；安德烈卡邁爾登場；琴酒用計將水無憐奈奪回組織，成員楠田陸道自殺；詹姆斯告訴柯南，赤井秀一曾前往組織當(dāng)臥底化名諸星大，代號黑麥，與宮野明美談戀愛深入組織。兩年前準(zhǔn)備計劃逮捕琴酒，卻不小心暴露身份，返回美國后宮野明美就遭到了殺害；柯南得知赤井秀一是灰原哀姐夫；最后，赤井秀一假死，讓水無憐奈獲得信任成為FBI情報員，使用楠田陸道尸體逃脫。除詹姆斯外都以為赤井秀一真死；水無憐奈發(fā)來短信，組織推理能力高超的波本已經(jīng)開始行動。（主線劇情的大高潮，紅與黑的碰撞）

第554—555集，本堂瑛佑得知柯南身份，并前往美國準(zhǔn)備加入CIA。

劇場版13，漆黑篇；柯南第一次與組織正面對決；成員愛爾蘭易容成松本管理管參加警視廳會議，尋找被連續(xù)殺人犯取走的組織SD卡，得知柯南真實身份工藤新一。最后，愛爾蘭被琴酒命令基安蒂狙擊殺死，臨死前棄暗投明保護柯南，柯南從東京塔上跳落用足球腰帶綁住安全帽擊落琴酒的直升機。貝爾摩德稱柯南為“銀色子彈”。

第556―558集，沖矢昴登場，真實身份FBI搜查官赤井秀一；公寓火災(zāi)后沖矢昴被柯南安排住進工藤家，暗中保護灰原哀。

第562―563集，怪盜基德瞬間移動的魔術(shù)。

第570―574集，死羅神事件，柯南第三次恢復(fù)身體。

第588―589集，怪盜基德VS最強金庫。

第593―594集，魚兒消失的一角巖事件，沖矢昴開始展示推理能力。

第609―611集，諸伏高明 大和敢助等長野縣警官登場。

第614―615集，銀行搶劫案；傷疤赤井秀一登場，引起朱蒂注意。

第629―632集，目標(biāo)篇；傷疤赤井秀一再次登場，實際上是波本假扮，行動試探FBI探員。引起琴酒的注意，準(zhǔn)備槍殺水無憐奈和狙擊傷疤赤井，被貝爾摩德解釋清楚。

第634—636集，白鳥警官與小林老師的戀愛劇情。

第638集，怪盜基德VS四神偵探團。

第667―672集，倫敦篇；柯南第四次恢復(fù)，在英國倫敦遇到案件，自稱“福爾摩斯的弟子”，并在大本鐘下向小蘭表白；世良真純和瑪麗前往日本尋找柯南。

第673—674集，灰原哀感受到?jīng)_矢昴的組織氣息。

第678―679集，怪盜基德的龍馬寶物攻防戰(zhàn)。

第697―698集，世良真純登場，轉(zhuǎn)入帝丹高中。

第702―707集，毒恨篇；世良真純打聽工藤新一的事引起柯南注意，將消息告訴服部平次。FBI安德烈卡邁爾見到世良真純感覺她很像某個人。

第708―709 集，沖矢昴竊聽柯南和阿笠博士，得知柯南的真實身份。

第719—720集安室透登場，組織代號：波本； 拜毛利小五郎為師，在偵探所隔壁咖啡廳打工。

第722―726集，夜想篇；安室透和世良真純 沖矢昴救下柯南，獲取小五郎信任。小五郎將電腦密碼5563告訴安室透。

第727—728集，灰原哀懷疑沖矢昴是諸星大。

第733—735集，安室透與高木警官已去世的師父伊達航有關(guān)系。

第751―752集，灰原哀第二次恢復(fù)身體，引起安室透和沖矢昴注意。

第753—756集，列車篇；有希子和貝爾摩德見面，琴酒和伏特加準(zhǔn)備炸掉車站，沖矢昴救下世良真純和灰原哀，安室透身份揭曉，怪盜基德救場，雪莉被報告死亡。

第757—758集，安室透依舊在隔壁咖啡廳打工，并看見了柯南使用麻醉針。從此，安室透開始懷疑柯南身份和“沉睡的小五郎”。

第774―775集，安室透開始展示高超的推理能力。

第776―777集，怪盜基德盜竊赤面人魚。

第779—780集，小蘭回憶自己似乎在以前見過世良，看見世良的背影總是能想起波浪。

第783―784集，“太閣名人”羽田秀吉首次登場。

第786―787集，柯南向朱蒂通風(fēng)報信，安室透和貝爾摩德一起行動，竊聽對話。

第797―800集，怪盜基德VS京極真。

第807―808集，紅衣女事件；世良真純告訴柯南 小蘭 園子她還有位二哥，她們是三兄妹并且姓氏不同。

第809集，世良?瑪麗首次出現(xiàn)，照片在世良真純的手機上顯示。

第812集，世良真純告訴柯南 小蘭 園子，她曾經(jīng)去過美國，回國后準(zhǔn)備前往二哥那里居住被拒絕，父親的朋友又提供給她豪華酒店居??；他們前往世良真純居住的酒店去玩，遇到殺人案，柯南趁機安裝竊聽器。

第813集，世良?瑪麗識破柯南的陰謀，讓世良真純告訴柯南她是“領(lǐng)域外的妹妹”。

第816―817集，柯南向灰原哀通風(fēng)報信，領(lǐng)妹的事情。

第823―824集，柯南得知安室透的第二個代號“零”；安室透得知楠田陸道可能是開槍自殺，稱呼柯南為“隱藏在天真下的魔爪”。

第832—836集，緋色篇；赤井秀一假死計劃暴露；安室透真實姓名降谷零，日本公安臥底身份揭曉，開始調(diào)查楠田陸道自殺的手槍；朱蒂、卡邁爾得知赤井秀一還活著，水無憐奈發(fā)來短信組織二號人物朗姆開始行動。貝爾摩德是boss的某種特殊關(guān)系。（日本公安加入與黑衣組織的對決）

第838―839集，羽田秀吉再次登場，知道大哥赤井秀一沒死。世良真純不知道羽田秀吉是著名將棋手，世良真純和領(lǐng)妹都以為赤井秀一死了。

第845—846集，柯南得知朗姆的外形特征，有只眼睛因事故換成了義眼。

第865―867集，大和敢助的左眼受傷，疑似朗姆；黑田兵衛(wèi)在長野縣登場。

第868集，安室透的調(diào)查，被琴酒盯上。

第891―892集，蘇格蘭登場在回憶，成為赤井秀一和安室透的怨恨；柯南得知世良真純是赤井秀一妹妹。

第904―905集，羽田秀吉輸?shù)舯荣?，和女朋友通話中提到自己義兄羽田浩司?；以牭竭@個名字，想起組織死亡名單也有羽田浩司，把這件事告訴了柯南。

第916―917集，柯南和灰原哀 沖矢昴開始在網(wǎng)上調(diào)查羽田浩司案，破解暗號得知嫌疑人是淺香和組織二號人物朗姆，資產(chǎn)家阿曼達和羽田浩司一起死去，淺香是她的保鏢；沖矢昴告訴柯南，羽案是讓他加入FBI的重要案子，和他父親有關(guān)。

第918―919集，柯南繼續(xù)調(diào)查羽田浩司案，小五郎 世良真純和領(lǐng)妹也有調(diào)查。琴酒盯上沉睡的小五郎。

第921―922集，蘇格蘭自殺原因揭曉，柯南和沖矢昴來演唱會調(diào)查羽田浩司案，降谷零和貝爾摩德也來調(diào)查。

劇場版20，純黑篇；庫拉索前往公安內(nèi)部找臥底名單，得知赤井秀一還活著被狙擊輪胎，失憶流落東都水族館；風(fēng)見警官登場；組織成員司陶特 阿夸維特 威士蓮被殺，柯南和赤井秀一救下降谷零和水無憐奈；最后，赤井秀一和降谷零 柯南吊打琴酒直升機，庫拉索犧牲。

第933―934集，世良真純開始向柯南一點點的暗示。

第936―937集，漣漪篇；柯南終于想起來，十年前在英國海灘邊玩見過世良一家；柯南得知領(lǐng)妹是世良母親“瑪麗”，“太閣名人”羽田秀吉是世良二哥；十年前的赤井秀一準(zhǔn)備前往美國加入FBI，提及赤井武務(wù)。

第940―941集，大岡紅葉與伊織無我首次登場；大岡紅葉自稱是服部平次的未婚妻。

第944―945集，帝丹小學(xué)新老師若狹留美登場，開始一步步試探柯南。

第949―950集，脅田兼則登場，刻意接近小五郎，還有一個義眼，十分詭異。

第951―952集，若狹留美武力拯救偵探團，上了新聞。引起脅田兼則的注意，她倆似乎認識。難不成是傳說中的朗姆和淺香。

第964―965集，黑田兵衛(wèi)也在調(diào)查羽田浩司案，并和若狹留美見面。若狹留美似乎見過黑田兵衛(wèi)。

劇場版22零的執(zhí)行人，揭曉黑田兵衛(wèi)是降谷零上級。

第971―972集，劍道大賽；沖田總司首次登場，撩小蘭引起柯南不滿；大岡紅葉和伊織無我第二次登場。

第980―981集，柯南獲得灰原哀信任，風(fēng)見警官第一次在TV版登場。

第982―985集，柯南第五次恢復(fù)，參加京都修學(xué)旅行遇上案件，破解案件后和小蘭親吻，開始正式交往。世良和領(lǐng)妹也開始行動。

第998―999，修學(xué)篇；工藤新一出現(xiàn)在清水寺暴露，引起轟動。最后，工藤優(yōu)作和有希子回國幫忙解圍，并解開羽田浩司案的真正暗號，烏丸?？履贤评沓鰹跬枭徱?，疑似組織大boss。有希子和工藤優(yōu)作開始留在日本幫助柯南。朗姆盯上工藤新一，讓降谷零搜集情報。

第1009―1011集，降谷零回憶宮野明美和愛蓮娜，似乎與烏丸集團有關(guān)系；緊接著，降谷零夜?jié)摴ぬ偌?，被赤井秀一逮著。然后，和有希子和工藤?yōu)作開始了紅茶談話。