1.請問大分子的多肽類藥物可以做網(wǎng)藥嗎？

答：可以查閱文獻看有無類似文章參考，現(xiàn)一般為小分子藥物成分，像大分子在swisstargetprediction可能無法預測，不過也可通過查閱文獻對相關靶點進行富集分析。大分子如蛋白-蛋白分子對接、多肽-蛋白分子對接、核酸-蛋白分子對接等大分子的分子對接，但是大分子涉及分子大，分子運動較小，比較符合硬性對接，且軟件運算相較于小分子更大。

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2.做出交集靶點后，怎么找交集靶點對應的有效成分，因為一個靶點可能對應幾個成分，一個成分也可能對應幾個靶點？

答：這樣尋找有效成分的條件不夠充分，可根據(jù)CytoCNA分析出成分與靶點的Degree值和靶點之間的Degree值等，選取排列靠前的核心靶點和核心成分進行分子對接等。也可以考慮作用疾病核心靶點、確證通路來進一步縮小有效成分的范圍，分子對接加強可信度，最終實驗來確認是否有效。從不同角度分析，采用方式不同。

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3.使用tcmsp數(shù)據(jù)庫和文獻補充藥物成分夠了嗎？

答：一般是可以的。但還是根據(jù)自己需求來，適當補充和加用其它數(shù)據(jù)庫。

可以多個數(shù)據(jù)庫取并集擴大化合物的數(shù)量，或者通過爬蟲程序爬取文獻中藥物相關成分的信息，進行匯總。

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4.swisstargetprediction數(shù)據(jù)庫預測完活性成分的靶點后，需要按照gene_symbol進行去重么？

答:先保存好每個成分靶點的文件，不用去重。然后匯總成一個總文件之后，篩選得到score＞0（大于零或零以上，根據(jù)自己需求調(diào)整）的成分靶點，再去重。

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5.如果成分沒有Pubchem?CID，是不是要用swissadme看它的類藥五原則符不符合從而考慮是否是有效化合物，而不能直接刪除不要它？

答：1.是數(shù)據(jù)庫查找的已經(jīng)經(jīng)過OB?DL篩選符合，但無pubchem?id?可不考慮再用SWISS?ADME，也不要刪掉（注：SWISS?ADME?畫結構也可預測）2.成分不是在數(shù)據(jù)庫測得和無ID?，最好用SWISS?ADME篩選再做判斷。

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6.請問基因的fold?change值是什么？要怎么算呢，算的話如何卡那些值？

答：差異倍數(shù)（FC），需要用到R語言進行差異分析，一般取log2(fold?change)的絕對值大于1。

（1）一般篩選差異基因參考的是logFC值，其公式表達為：log2（Mean（Exp（實驗組））-Mean（Exp（對照組）），簡寫為log2（Mean（Exp（A））-Mean（Exp（B））,或者有些基因出現(xiàn)表達為0甚至負數(shù)的情況，公式也可以為log2（Mean（Exp（A））-Mean（Exp（B）+1）[避免出現(xiàn)log2（0）的情況]

（2）一般選擇差異基因有兩個指標，logFC和p-value,其中l(wèi)ogFC取值一般為±1，即規(guī)定實驗組和對照組的基因表達平均數(shù)，前者是后者的2倍或者是1/2倍，如果認為閾值過低，篩選的差異基因數(shù)量過多，則可以考慮將logFC的閾值上調(diào)，logFC取±1.5或者±2【實驗組和對照組表達值比較，前者是后者的4倍或者1/4倍【log2（4）/log2（1/4）】】；p-value是默認基因表達數(shù)據(jù)【數(shù)據(jù)預處理后】符合高斯分布，p-value一般選0.05，即95%的置信區(qū)間，如果篩選的差異基因過多，可以考慮嚴格標準，p-value選0.01【99%置信】甚至0.001【99.9%置信】。

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7.?在篩選化合物時，用OB,DL值感覺篩選出來的跟這個藥沒多大關系了，都是谷甾醇，槲皮素等這些些成分？

答：OB和DL目前還是比較常用，可以增加篩選條件，例如，HL和BBB等，還可以根據(jù)文獻對活性成分進行補充。當然這也是TCMSP數(shù)據(jù)庫存在的問題，個別藥會存在成分篩選時的同質(zhì)化現(xiàn)象（可參考《網(wǎng)絡藥理學“異病-異方”關鍵成分篩選同質(zhì)化現(xiàn)象思考》該文章）。

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8.?疾病靶點和成分靶點取交集后有230個基因，導入string分析后只剩下190了，這個要怎么說明呢？是因為我把這里設置成0.9的原因嗎？

答：在minimum?required?interaction?score上的卡值會影響到我們獲得的基因數(shù)，根據(jù)string上的相應算法，選值越高，最基因之間的相互聯(lián)系越緊密，基因數(shù)會越少。其次，我們要知道，目前“蛋白－蛋白”關聯(lián)信息依然不完備，且表現(xiàn)出不同程度的注釋分散度和可靠性。STRING?數(shù)據(jù)庫的目的在于收集、評估及整合所有公用的“蛋白－蛋白”互作資源，并與計算機預測的結果互為補充。

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9.問一下大家，做化合物靶點篩選時，發(fā)現(xiàn)導出的化合物靶點中有這樣的“CHRNA3?CHRNB4”，請問在整理的時候需要把他們分開嗎？

答：一般是將它們分開的。但我們發(fā)現(xiàn)有時它們對應的是同一蛋白時，可以將它們同時寫在一起。

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10.Swisstargetpredicition中獲得的藥物成分對應靶點都需要在uniprot里面校準基因名嗎？

答：不需要。該數(shù)據(jù)庫中的靶點名稱就是參考uniprot數(shù)據(jù)庫，基因symbol是一樣的。但我們也可以根據(jù)自己情況適當?shù)臋z測校準基因（因為有些基因可能在Swisstargetpredicition中有而在uniprot上沒有，但其實影響不大）。

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11.PubchemCID粘貼到Pubchem，想獲取smile號，搜出來的成分比輸進去的要少，需要處理嗎？還是隨它自己少？

答：需要處理。我們要知道少哪個并記錄，為之后用其他方法找到該成分做好準備。（其他方法有：可以通過1.SWISSADME或SWISStargertprediction直接畫出結構找到smile號；2.可以通過https://www.novopro.cn/tools/mol2smiles.html
去轉(zhuǎn)換；3.可以用chemdraw軟件獲得）

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12.在TCMSP上的靶點做的效果沒有swisstargetprediction上的好，如果有成分在swisstargetprediction沒有預測到靶點的話，就這個成分可以加上TCMSP上的靶點嗎，別的成分不加？

答：最好只用一個數(shù)據(jù)庫預測靶點，不同數(shù)據(jù)庫的算法不一樣，一般不能聯(lián)合使用。如果聯(lián)用的話，缺少的話可以針對的對那個成分進行補充，但也可把所有的成分缺少的也補上。找成分靶點方式有多種，可用swisstarget找成分靶點較多，找的也比較全，靶點可能性控制在0.10以上較好。TCMSP上的靶點找后要在uniprot上轉(zhuǎn)換gene?symbol。還有TECM,BatMan等數(shù)據(jù)庫也可以進行靶點預測。

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13.關于疾病-通路-靶點-成分-藥物網(wǎng)絡構建的相關問題。問題①network文件里面的成分靶點是成分在swisstargetprediction預測的所有靶點呢，還是各成分相對的成分靶點和疾病靶點的交集靶點呢？②type文件里面的靶點又是什么靶點，是成分疾病交集靶點嗎？

答：1.network文件里原本是各成分對應的交集基因靶點，但“藥學生阿程”視頻里介紹是將各成分對應的所有靶點都列出來了，在cytoscape里刪掉那部分不屬于交集基因的。當然你也可以直接列出各成分對應的交集基因靶點（可用venny去?。?/span>
2.tape文件是疾病與各成分的交集基因靶點

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14.核心靶點TNF，在PDB查到TNF13，TNF9，TNF14等這些，該怎么處理？

答：在uniprot里找到Gene是TNF的那個就是。然后根據(jù)這個uniprot id在PDB找即可。也可在PubMed的gene或者protein確定這個靶點的蛋白名稱，或者通過gene?name在string數(shù)據(jù)庫里面轉(zhuǎn)化蛋白名稱再判斷。出現(xiàn)相似的基因名可能是同一個基因家族的基因，結構也比較相似，可以根據(jù)受體蛋白的選擇方式適當比較選擇。

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15.請問除了TCMSP、TCMIP、HERB數(shù)據(jù)庫可以查中藥成分，還有其它的嗎？（如找某種礦物藥沒找到，也試以下其它數(shù)據(jù)庫）除在TTD數(shù)據(jù)庫搜索疾病靶點，還有哪些數(shù)據(jù)庫？

答：成分搜取數(shù)據(jù)庫有?TCM@Taiwan（http://tcm.cmu.edu.tw）???The?Encyclopedia?of?Traditional?Chinese?Medicine?（http://www.nrc.ac.cn:9090/ETCM/）???SymMap（https://www.symmap.org/）???HIT（http://lifecenter.biosino.org/hit/）???Batman-TCM（http://bionet.ncpsb.org.cn/batman-tcm/）???YaTCM（http://cadd.pharmacy.nankai.edu.cn/yatcm/home）???NPACT（http://crdd.osdd.net/raghava/npact/）???NPASS（http://bidd2.nus.edu.sg/NPASS）???CHEM-TCM（http://www.chemtcm.com/）???TCM-ID（http://bidd.nus.edu.sg/group/TCMsite/）

相應的疾病基因靶點數(shù)據(jù)庫還有：Genecards,OMIM,DisGENet等

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16.找的一個中藥的成分，在TCMSP網(wǎng)站按照OB值≥30%，DL≥0.18，篩選出7個成分。但這7個成分里只有1個能夠在pubchem中找到Isomeric?SMILES，這個成分在SwissTargetPrediction中下載了成分基因表格。剩下的6個成分中，按照視頻教程，有3個通過TCMSP找出related?targets并進入uniport尋找基因名，并建立好表格。最后剩下3個成分，完全沒有相關靶點信息？

答：1.實在不能一個數(shù)據(jù)庫找全的，可以選取其他數(shù)據(jù)庫找成分及靶點 2.找不到對應SMILES號，可以TCMSP下載MOL2文件轉(zhuǎn)換SDF格式/還有模型轉(zhuǎn)化為SMILES號（百度有網(wǎng)頁版在線轉(zhuǎn)換）導入SWISS進行靶點預測，或者自己畫結構。（可參考11問的其他方法）

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17.在TCMSP里按照OB，DL設置后，比如當歸，只剩下兩種成分了，這樣會不會把一些有效成分篩選掉？

答：一：建議是把握住能把握的，能夠明確知道的幾個直接作用你目的疾病，雖然少但是相對來說范圍縮小了，富集結果不會太分散，分析的過程也是在不斷篩選最有可能的作用機制，盡量不要有太多干擾的因素，網(wǎng)藥的局限性是已知的信息，把握能夠獲取到的能夠有支撐的，未知的難以把握，精力也有限，與你疾病越相關理論上預測結果也越靠近，但是最終還是要回歸實驗的驗證，平臺的網(wǎng)藥是各個成分的組合，而實際上的復方組成不僅復雜，還有配伍、炮制等產(chǎn)生的作用，以及機體本身，這些都無法給出。

二：還有你收集文獻，中文的少就試試外文的，還有檢索方式等等，如果做不到收集的又準又全，那建議就單獨降低標準OB小于等于20、DL大于等于0.1，范圍放大一點點，后續(xù)再進行分析篩選。

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18.用TCMSP經(jīng)過ob和dl（30和0.18）篩選剩3個成分

各位大佬，請問一個中藥用herb數(shù)據(jù)庫篩選相對分子量小于等于500后剩8個成分，再用lipinsk五原則篩選后剩4個還有必要做下去嗎？
答：與17問疑惑相同，建議查詢篩去的成分是否與疾病直接相關再做取舍，不要局限于數(shù)值的限定，另數(shù)據(jù)庫有限，還可查閱文獻資料搜索成分加以補充。

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19.請問一下對于這種帶Cl離子化合物的SMILES號，在Swisstargetprediction庫檢索不出來怎么辦？主要問題是提供的smiles號和圖片上傳到Swisstargetprediction后，它說提供了多個分子號，那個Cl和其他的并不是連接到一起的，但是我手動刪除也感覺不太對，像是變成了另一個化學式。（芍藥-3-阿拉伯糖苷Peonidin-3-arabinoside，COC1=C(C=CC(=C1)C2=[O+]C3=CC(=CC(=C3C=C2OC4C(C(C(CO4)O)O)O)O)O)O.[Cl-]）

答：1.有嘗試過2D結構圖導入庫中也檢索不出來；是中草藥的主要成分的話，這個就要你自己考慮了先排除了或看看tcmsp等其它數(shù)據(jù)庫有沒有該成分對應靶點；2.碰到這種加了氯離子或者碘離子的，只要能載pubchem里找到就好辦直接輸入cas號或者分子名稱找到符合的點開,其實它就是一個整體和氯離子或碘離子組合在一起的，點進去的話有分開的結構式，用不含離子那個結構式就行。然后你再比對一下tcmsp上的。3.我遇到的基本分子量哪些是吻合的（6月8日記錄）；你可以試一下加氯離子之后預測的靶點和不加氯離子的靶點出來以后得結果是不是一樣的。

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20.成分靶點基因的獲得的兩種方法：一是獲得pubchem?CID，在Pubchem里找Isomeric?SMILES到再導入swisstargetprediction獲得；二是復制TCMSP的靶點名稱全名再用Uniprot轉(zhuǎn)換成靶點基因，但是有時候這兩種方法做出來的結果不一樣。這兩種方法哪種更準確一些呢？

答：不同數(shù)據(jù)庫算法不一樣，TCMSP的靶點來自drugbank，可能不全；swisstargetprediction主要針對靶點獲取而開發(fā)，缺點是需要對應SMILES或畫出結構等數(shù)據(jù)庫各有優(yōu)勢。相應的還有其他數(shù)據(jù)庫可以選擇視頻有介紹。

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21.如想做精油中100多種化合物對皮膚炎癥的網(wǎng)絡藥理學，是不是可以將所有化合物的靶點結合起來，然后與疾病靶點做一個交集？

答：可以，只是工作量有點大了。這些化合物都是有效成分嗎（是否經(jīng)過篩選），是否對治療疾病有意義。

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22.請問我在ETCM里面，找到的藥物成分，和在CAS化源網(wǎng)里面找到的同名成分分子量不一樣，怎么辦？

答：最重要的是看結構和相對分子質(zhì)量是否一致。