新型冠狀病毒，即“2019-nCoV”——艾柏森生物首次表達相關蛋白

Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, complete genome

Basic Information（基本信息）

LOCUS

定位

MN908947 ? ?29903 bp ss-RNA ? ?linear ? VRL 17-JAN-2020

DEFINITION

定義

Wuhan seafood market pneumonia virus isolate Wuhan-Hu-1, Complete genome.

ACCESSION

分類

MN908947

VERSION

分型

MN908947.3

SOURCE

來源

Wuhan seafood market pneumonia virus

ORGANISM

生物

Wuhan seafood market pneumonia virusViruses; Riboviria; Nidovirales; Cornidovirineae; Orthocoronavirinae; Betacoronavirus; unclassified Betacoronavirus.

Taxonomy ID

分類ID

2697049
(for references in articles please use NCBI:txid2697049)

PROTEIN ID

蛋白ID

QHD43415.1QHD43416.1QHD43417.1QHD43418.1QHD43419.1QHD43420.1QHD43421.1QHD43422.1QHD43423.2QHI42199.1

CDS & GENE

編碼序列

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/MN908947

REFERENCE

參考文獻

1. A novel coronavirus associated with a respiratory disease in Wuhan of Hubei province, China (JOURNAL ? Unpublished)2. Direct Submission (JOURNAL ? Submitted (05-JAN-2020) Shanghai Public Health Clinical Center & School of Public Health, Fudan University, Shanghai, China)

Related services & products（相關服務和產(chǎn)品）

Protein Products

NAME

GENE sequence

Protein id & weblink

orf1ab polyprotein (pp1ab)

266..21555

QHD43415.1

ORF10 protein

29558..29674

QHI42199.1

structural protein-nucleocapsid phosphoprotein

28274..29533

QHD43423.2

ORF8 protein

27894..28259

QHD43422.1

ORF7a protein

27394..27759

QHD43421.1

ORF6 protein

27202..27387

QHD43420.1

structural protein-membrane glycoprotein

26523..27191

QHD43419.1

structural protein-E protein

26245..26472

QHD43418.1

ORF3a

25393..26220

QHD43417.1

surface glycoprotein

21563..25384

QHD43416.1

病原分離鑒定服務

基因組測序一般先將樣本制成勻漿并進行過濾，取上清用于RNA提??；提取的RNA在進行去除DNA和核糖體RNA后，通過體外隨機引物反轉錄進行建庫；測序在二代或三代高通量測序平臺進行。測序數(shù)據(jù)經(jīng)過質量控制，去除宿主基因組序列后進行拼接，此次病原學鑒定應該同時使用了二代和三代測序平臺，才能短時間內獲得病毒的全基因組序列（本過程需要2~3天）。

獲得病毒全基因組序列后，通過設計引物進行PCR反應，可以對樣本的核酸進行檢測，來確定樣本中是否含有該病毒的核酸（本過程1~2天即可）。肺泡灌洗液、咽拭子、血液等宿主來源并包含病毒的物質稱病料，病毒分離時，傳代細胞系、原代細胞是常用的分離方法，動物接種、雞胚接種必要時也可用于病毒分離。分離成功的病毒，首選細胞培養(yǎng)的方式進行擴增，動物、雞胚和組織也可用于病毒擴增培養(yǎng)，培養(yǎng)后的純病毒可用于鑒定、分型、感染特性和致病特性等研究（該過程時間一般較長，但由于有SARS的經(jīng)驗，順利的話3~5天）。

冠狀病毒簡介

冠狀病毒全基因組通常含有7個開放閱讀框，每相鄰兩基因之間存在間隔序列，5’端為非編碼區(qū)帽子結構，3’端為多聚腺苷酸非編碼區(qū)；從5’端起約占據(jù)全基因組的三分之二的ORF1（包含ORF1a和1b）也稱為復制酶基因，負責編碼16個以上與病毒復制相關的非結構蛋白；靠近3’端的4個開放閱讀框，依次編碼S蛋白(spike protein)、E蛋白(envelope protein)、M蛋白(membrane protein)和N蛋白(nucleoprotein)；S基因與M基因之間還含有一個非結構蛋白NS3。冠狀病毒通過棘突蛋白(S)受體結合區(qū)的基因重組或突變可以實現(xiàn)其從野生動物到人類的宿主范圍“跳躍”并導致高死亡率的疾病，如嚴重急性呼吸道綜合征(SARS)與中東呼吸系統(tǒng)綜合癥(MERS)。雖然SARS-CoV和MERS-CoV均來源于蝙蝠，但并不是直接感染人類，而是通過中間宿主實現(xiàn)其跨物種傳播。

疫情來源病毒相關信息

冠狀病毒是一類主要引起呼吸道、腸道疾病的病原體。這類病毒顆粒的表面有許多規(guī)則排列的突起，整個病毒顆粒就像一頂?shù)弁醯幕使冢虼说妹肮跔畈《尽?。冠狀病毒除人類以外，還可感染豬、牛、貓、犬、貂、駱駝、蝙蝠、老鼠、刺猬等多種哺乳動物以及多種鳥類。目前為止，已知的人類冠狀病毒共有六種。其中四種冠狀病毒在人群中較為常見，致病性較低，一般僅引起類似普通感冒的輕微呼吸道癥狀。另外兩種冠狀病毒——嚴重急性呼吸綜合征冠狀病毒和中東呼吸綜合征冠狀病毒，也就是我們簡稱的SARS冠狀病毒和MERS冠狀病毒，可引起嚴重的呼吸系統(tǒng)疾病。引起此次疫情的新型冠狀病毒不同于已發(fā)現(xiàn)的人類冠狀病毒，對該病毒的深入了解需要進一步科學研究。

國際病毒學分類委員會報告將冠狀病毒科分為四個屬即α、β、γ和δ屬。人冠狀病毒229E、人冠狀病毒NL63屬于α屬，人冠狀病毒OC43、人冠狀病毒HKU1、嚴重急性呼吸綜合征（SARS）屬于β屬。一般通過全基因組序列的多重比對后構建系統(tǒng)進化樹，可以確定分類。該新型冠狀病毒屬于哪一種，目前暫無報道。