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原創(chuàng)?小果?生信果

R語言是一個強大的數(shù)據(jù)分析工具，其強大之處在于有各種各樣的R包幫助其實現(xiàn)各種各樣的功能。

關于R包安裝，你是否也遇到過一些困擾呢，比如我，對于一般的R包，可以使用install.packages(‘’)直接安裝，但是碰到比一般的軟件，就會出現(xiàn)如下慘案：

生信分析相關的部分R包可以用Bioc安裝，安不了的可以嘗試安裝源自Github（https://github.com/）的R包，需要先安裝devtools包，然后用devtools包里的install_github函數(shù)來進行安裝。

代碼如下：
```

install.packages('BiocManager')

library(BiocManager)

BiocManager:install("")

```


接下來便是安裝源自Github（[https://github.com/](https://link.zhihu.com/?target=https%3A//github.com/)）的R包了，需要先安裝devtools包，然后用devtools包里的install_github函數(shù)來進行安裝。

代碼如下：

```

install.packages('devtools')

library(devtools)

install_github('')

```

colortools和seurat可以用devtools安裝：

```

devtools::install_github("gastonstat/colortools",force=TRUE) ?

devtools::install_github('satijalab/seurat-data',force=TRUE)

```

代碼如下：
```
###更新代碼：
install.packages("rlang")
```

總結一下，R包的安裝主要有五種方法，包括：

1）install.packages("")直接安裝；

2）從R語言官網上直接下載相關R包并安裝；

3）從Bioconductor上下載R包并安裝；

4）從Github上下載R包并安裝；

5）手動安裝R包。其中前三種都是利用代碼直接自動化下載并安裝，最后一種需要手動下載并安裝。

今天的分析導成結束了，如有問題，可以留言或者直接找小果溝通哦。

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