宏基因組學(xué)習(xí)日志—2022.7.2

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常用命令—文件查看

cat:顯示文檔的所有內(nèi)容，往往與重定向配合使用，將多個文檔串聯(lián)起來

more（文本過長時使用）：分屏顯示文件內(nèi)容。顯示過程中按“enter”顯示下一行，按“space”顯示下一頁，按“b”鍵顯示上一頁，按“/”鍵可以執(zhí)行查找功能；按“q”鍵退出。

less（適用于大文件）:可查看文件內(nèi)容

less -S（大寫）：分列顯示，通過左右鍵移屏

head -n file:顯示頭幾行，n默認為10行（默認為10時不需要“-”，即$head file）

eg:前三行：$head -n 3 file

Tail -n file:顯示 文件末尾幾行，n默認為10

grep “keyword’’?file:顯示帶有關(guān)鍵字的行

進入文件頁面后，檢索：$：/_（輸入檢索詞，如protein）

eg:$grep -n ‘204’??file（檢索204時，加上n,可查看行號）

$grep -i ‘BMK’?file（-i表示檢索BMK時忽略大小寫）

$grep -v ‘bmk’?file（表示檢索后輸出不包含bmk的行）

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常用命令—文件編輯

vi:

vi filename:可新建一個文件

進入之后，輸入i鍵，下方顯示insert,可對文體進行編寫

保存退出：按ESC鍵，輸入：wq(包括：）

不保存退出：按ESC鍵，輸入：q!(單獨q也行，通常是未編輯時使用，加上！表示強制退出）

單純的保存：按ESC，輸入：w

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常用命令—壓縮和解壓縮

$gzip:將文件壓縮并壓成“.gz”結(jié)尾的文件（gunzip解壓）

$bzip2:將文件壓縮并生成“.bz2”結(jié)尾的文件（bunzip2解壓）

以上兩個方式只能對文件進行壓縮

tar -f[cxzjv]<file> ?此方式可對目錄進行打包

參數(shù)：

-f 必加參數(shù)

-c 創(chuàng)建備份文件（打包）

-x 從備份文件中還原文件（解包）

-z 調(diào)用gzip/gunzip來解壓或解壓文件

-j 調(diào)用bzip2/bunzip2來壓縮或解壓文件

-v 顯示命令執(zhí)行過程

tar -czvf newfile.tar(壓縮后文件的命名) file1 file2(1和2文件為壓縮的目標文件）

tar -xzvf newfile.tar(表示解壓縮該文件）

注：tar打包后原文件不會消失，因為c只是創(chuàng)建備份

對目錄的打包壓縮,以linux為例：

eg:$tar -zcf linux.tar.gz linux/

$gzip -d也可用于解壓

eg:$gzip -d stat.txt.gz