比較蛋白質(zhì)組又稱差異蛋白質(zhì)組，是指兩個樣本間存在表達(dá)差異的蛋白質(zhì)組。比較蛋白組學(xué)（comparative proteomics）即差異蛋白質(zhì)組學(xué)旨在尋找和鑒定不同條件或狀態(tài)下（如不同的外界刺激、不同的生長時期等）實驗組和對照組樣品存在差異表達(dá)的蛋白質(zhì)組。

蛋白質(zhì)作為生命活動的物質(zhì)承擔(dān)者調(diào)節(jié)各種生理活動，其在機(jī)體內(nèi)的種類和含量并不是一成不變的，而是處于動態(tài)變化中的，以適應(yīng)生命體的各種生長變化。對這類蛋白質(zhì)的表達(dá)水平進(jìn)行研究，即比較（差異）蛋白質(zhì)組研究，通過比較分析不同狀態(tài)下或近似物種間蛋白質(zhì)的表達(dá)圖譜，對體系內(nèi)代謝調(diào)控進(jìn)行動態(tài)監(jiān)測，尋找各種因素引起的蛋白質(zhì)表達(dá)差異可以揭示機(jī)體對內(nèi)外界環(huán)境變化產(chǎn)生反應(yīng)的本質(zhì)規(guī)律，解釋細(xì)胞生理和病理機(jī)制如：細(xì)胞調(diào)控機(jī)理、細(xì)胞應(yīng)激反應(yīng)途徑等。

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