“ 當(dāng)我們的論文內(nèi)容中涉及到了與細(xì)菌的鑒定有關(guān)的工作時(shí)，編輯或者在同行評(píng)審過(guò)程中總會(huì)要求您將需要在文章中補(bǔ)充細(xì)菌的16S rRNA在NCBI中的Genbank號(hào)。那么，我們?cè)趺磳⒆约簻y(cè)序得到的16S序列上傳至NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)以獲得登錄號(hào)呢？今天，小編帶大家從頭到尾梳理一遍！”

01 在線上傳

網(wǎng)站：NCBI官網(wǎng)（https://www.ncbi.nlm.nih.gov/）

上傳的序列格式：FASTA格式

需要大家提前注冊(cè)自己的個(gè)人賬號(hào)并確認(rèn)自己電子郵件等信息以便查看后續(xù)的總體進(jìn)度?。?！

具體上傳流程如下：
1）點(diǎn)擊首頁(yè)Submit選項(xiàng)，選擇其中的16S rRNA，然后在彈出的窗口中點(diǎn)擊GenBank；

2）點(diǎn)擊創(chuàng)建一個(gè)New submission，然后進(jìn)入到提交頁(yè)面；

3）完成第一項(xiàng)：提交數(shù)據(jù)的類型，我們提交的是細(xì)菌的16S rRNA，所以選擇以下選項(xiàng)，點(diǎn)擊Continue（標(biāo)有*為必填項(xiàng)，其他為選填項(xiàng)，下同）；

4）第二項(xiàng)是提交人信息，大家根據(jù)自己的個(gè)人信息進(jìn)行填寫即可（如果你在個(gè)人賬戶中已經(jīng)補(bǔ)充了相應(yīng)的信息，系統(tǒng)會(huì)自動(dòng)將其補(bǔ)充到這里面）（填寫如果有誤，點(diǎn)擊Continue不會(huì)跳到下一個(gè)選項(xiàng)并會(huì)提示你那個(gè)選項(xiàng)填的不符合要求，按照提示更正后繼續(xù)點(diǎn)擊Continue即可）；

5）第三項(xiàng)需要填寫的是序列測(cè)序的一些信息，大家一般菌種鑒定選擇Sanger dideoxy sequencing即可，裝配信息呢，如果測(cè)的是半長(zhǎng)（750 bp左右）選擇Unassembled sequence reads，全長(zhǎng)（1500 bp左右）就選擇Assembled sequences；

6）第四項(xiàng)是序列文件上傳及一些序列信息的選擇。第一個(gè)是問(wèn)你序列信息什么時(shí)候公開，不是什么保密工作的情況下一般都選擇處理完成后立即公開，因?yàn)閷徃暹^(guò)程中有的審稿人會(huì)查看的；下一個(gè)是詢問(wèn)之前你是否對(duì)你的序列進(jìn)行嵌合體檢查（細(xì)菌進(jìn)化過(guò)程中基因序列發(fā)生交換或水平轉(zhuǎn)移等情況，是天然存在的，也有可能因個(gè)人操作產(chǎn)生污染），我們統(tǒng)一選擇No；下一個(gè)詢問(wèn)你菌種的來(lái)源，培養(yǎng)或非培養(yǎng)獲得，根據(jù)個(gè)人情況選擇即可；然后點(diǎn)擊Choose file上傳你的序列（注：使用FASTA格式在TXT文檔編寫即可，可同時(shí)上傳多條16S序列）；點(diǎn)擊Continue后會(huì)在頂部彈出一個(gè)進(jìn)度條，結(jié)束后會(huì)返回這個(gè)頁(yè)面，再次點(diǎn)擊Continue即可；

7）第五步則是填一些菌株的信息。Organism寫你比對(duì)后的屬名就行，Strain則是你菌的株名，如果你提交多條序列，此時(shí)會(huì)顯示一個(gè)表格，按照表頭的題目進(jìn)行填寫就行；

8）第六步則補(bǔ)充一些文章和作者信息，一般填寫提交者名稱即可，文章信息有的情況下進(jìn)行補(bǔ)充，沒(méi)有就選擇未發(fā)表；

9）來(lái)到最后一步，這一步其實(shí)就是對(duì)你前面幾步所填寫信息的檢查，無(wú)誤情況下直接點(diǎn)擊提交即可。

10）我們可以在My submissions中實(shí)時(shí)關(guān)注自己序列處理進(jìn)展，如果序列無(wú)誤，最后NCBI會(huì)通過(guò)您的郵件將GenBank號(hào)發(fā)送到您的郵箱，您也可以在My submissions查看登錄號(hào)。

02 線下提交

線下提交核酸序列其實(shí)是一種不常用的方式，當(dāng)我們遇到NCBI官網(wǎng)打不開或者無(wú)法在官網(wǎng)完成提交時(shí)，或者我們提交的是批量而且比較復(fù)雜的序列時(shí)才會(huì)選擇這種方式。

線下提交我們需要用到一個(gè)序列提交軟件——sequin（大家自行在網(wǎng)上獲取哈，或者聯(lián)系小編獲取），使用該軟件將我們的序列數(shù)據(jù)進(jìn)行處理后，通過(guò)郵件將我們的處理數(shù)據(jù)發(fā)送給NCBI即可完成提交，下面我們看一下具體流程：

1）打開sequin軟件，點(diǎn)擊開始一個(gè)新的提交（當(dāng)然您也可以編輯已保存文件）；

2）填寫必要的信息：title、author、聯(lián)系方式及機(jī)構(gòu)信息等，后面默認(rèn)選Next;

3）添加序列：準(zhǔn)備FASTA文件，可以選擇上傳單個(gè)序列或者批量上傳多條序列：

4）添加必要的序列信息：

5）信息核對(duì)并保存文件為后綴為sqn格式的文件；當(dāng)然，我們也可以再次使用這個(gè)軟件打開剛保存的文件進(jìn)行信息修改。

6）最后我們只需要把保存后的格式為.sqn的文件通過(guò)郵件發(fā)送到gb-sub@ncbi.nlm.nih.gov就可以了，如果你的序列沒(méi)有問(wèn)題過(guò)一段時(shí)間就能拿到GenBank號(hào)了。

以上就是今天所有的內(nèi)容，希望對(duì)您有所幫助?。?！

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